Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0051000

Sequence Length

1024 nt

GC Content

0.4697

GUGAAUGGACUUGGCCAGGGAUUAAUUCAGAGUGCAGGAAAAGACUGUGAUGUACAGGGUUUAGAACAUGACAUGGAAGAGAUCAAUGCUCGAUGGAAUACAUUGAAUAAAAAGGUCGCACAAAGAAUUGCACAGCUACAGGAAGCUUUGUUGCAUUGUGGGAAGUUUCAAGAUGCCUUGGAGCCAUUGCUCAGCUGGUUGGCAGAUACCGAGGAGCUCAUAGCCAAUCAGAAACCUCCAUCUGCUGAGUAUAAAGUGGUGAAAGCACAGAUCCAAGAACAGAAGUUGCUCCAGCGGCUCCUAGAUGAUCGAAAGGCCACAGUAGACAUGCUUCAAGCAGAAGGAGGCAGAAUAGCCCAGUCAGCAGAGCUGGCUGAUAGAGAGAAAAUCACUGGACAGCUGGAGAGUCUUGAAAGUAGAUGGACUGAACUACUCAGUAAGGCAGCAGCCAGGCAAAAACAGCUGGAAGACAUCCUGGUUCUGGCCAAACAGUUCCAUGAGACAGCUGAGCCUAUUUCUGACUUCUUAUCUGUCACAGAGAAAAAGCUUGCUAACUCAGAACCUGUUGGCACUCAGACUGCCAAAAUACAGCAGCAGAUCAUUCGGCACAAGGCUCUGGAAGAAGACAUAGAAAACCAUGCAACAGAUGUGCACCAGGCAGUCAAAAUUGGGCAGUCCCUCUCCUCCCUGACAUCUCCUGCAGAACAGGGUGUGCUGUCAGAAAAGAUAGACUCAUUGCAGGCCCGAUACAGUGAAAUUCAAGACCGCUGUUGUCGGAAGGCAGCCCUACUUGACCAAGCUCUGUCUAAUGCUAGGCUGUUUGGGGAGGAUGAGGUGGAGGUGCUCAACUGGCUGGCUGAGGUUGAGGACAAGCUCAGUUCAGUGUUCGUAAAGGAUUUCAAACAGGAUGUCCUGCACAGGCAGCAUGCUGACCACCUGGCUUUAAAUGAAGAAAUUGUUAAUAGAAAGAAGAAUGUAGAUCAAGCUAUUAAAAAUGGUCAGGCUCUUCUAAAACAAACCACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-308.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -327.54

Frequency: 0.0000

Diversity: 237.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((......))(((((((((((.....))...((((((((..(..((((..((.......(((((((((((((((.((.....)).))).((((((.....)))))).......(((.(((((...........((((......))))(((((((((((((.....((((.(((.((((((((((....))))..(((((((((..((...(((...))))).)))))))))...(((((.((((((((((((...(((((.........((((.......((.((((((....)))))).))....)))).....))))).......))))))..)))))).))))).......(((((((((((...))))))))............((.((((((((.(((.(((((..((((........(((((.....)))))..(((....)))((((.....((((((.......((.(((..(((......)))..))).))..)))))).)))).)))).))))).))).))))).))).)).......(((((((.........)))))))....((((((............)))).))....))).))))))))).))))....)))).......))))))))).))))))))...((((((...(((((((.((((((((((((((.......(((((((....((((...(((((......))))))))).))))))).(((((((((((...........))))).)))))).((((((((......(((........)))........)))))))))))))))).)))).))...))))))).))))))((((((.(((....))).))))))))).))))).))))......)).))))..).)))))))).(((((....))).)).))))))..........................((((((..((.(((((............)))))..))))))))...........)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((......))((((((((({{.....}}...((((((((..{..((((..((.......{{,,(((((({|||{.,..,.{{||..||.((((((.....)))))).......{{{,{{{{{......,,,,,((((......)))|(((((((((((((.....((((.{((.((((((..(((..(({{,.((((,(((((((...{.(((,.{{{,..}}}}..,|||...(((((.(((((((((({{...(((((.....,.,.((({.,.....{{.((((((....)))))).}}....)))).....)))})..}....,)))}}|.}))))).))))),......}},((((((((...)))))))).....,,.....||.||||{{{|,||{||{{||,,|,,|,||,.,..(((((.....)))))..(((....))){(((.....{{{{{(.......{|,{||,,(((,,,...|||,,|}},||,.}|||}|,||}}.||||,|||,,,},..}}))).))),))....}}}||||{{|,,,,,,..,)))))),}}).}.)))))).....}))))))}||....,,))).)))))))))}))),....)))).......))))))))),))))))||{{.(((({{...(((((((.((((((((((((((,......(((((({....((((..,(((((......))))))))).))))))).(((((((((((...........)))))},))))).{(((((((,{{,..(((........)))....}.,})))))))))))))))).)))).)),..))))))),))})))|(((((.(((....))).))))))))}}))))).}}},...,.,)}.))))..}.)))))))).(((((....))).)).))))))..............||{{{..,,,..((((({.,{(.(((({............))))),.}}))))))...,,,.....)))