Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0052000

Sequence Length

1126 nt

GC Content

0.3712

GUAAGUGAGAAUGUUGGGACAGUGAACUGUAACAGCCGUAGGGAGUAGUAGACAACACAUUUGCUUAUAGUUUAAGAAGCAGUUCAGGAGUUUUAGUAGAAUCCUAAACUACUUUGUGUCGUCCUGAAAAGAAAGGUGGAAAUUGAUUUUCAUUAUCUUACUUAAAUCUGGUUUACUGUGGCAUAUAUUAGACUGAAUAAUUUUACCUGUUCAUGUAUCCUAUUUCAGUGUUCAUCUACAAUUUUGUGUUAAGAGGUUUUUGGUGUUUUCAGGGUCAGCAAUAUUCUAAAUAGUGUUGUAUAUCAUGUACAAAGUUUUAUCUAUAUUUUUUGUUGGUUUAAUUUCUAUUUUAGUGCAGUUUUUUCUUUUUAAAAAAAAUUUAUCCCAAAGGAAAUUUUAUUUUUUUCUCAGCUUUAUUGGUAUAUAGUUGACAAAUAAAAAUUGUAUAUGUUUGGCUGGGUGUGGUGGUUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGCGGAUCACAAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGUGGGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGAAGAAUGGUGUGAACCUGGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCGAGCCAGUGCACUCCAGCCUGGGAGACAGAGCGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAUGUUUAUAAUAUACAAUGUGAUGGUUUGAUAUACAUAUACGUUGUGAAAUGUUUACCGUAGUCAAGAUAAUUAACAUAUUCAUCACUUCAAAUGUUAACCAUUUUUUACGGCACUUUUCUCUUGGUUCAAAGGAAGUUCCCUGUUAGUCACAUAAUGACAGUCACUGCUCCAUUUAAAAAUUUAAGUGUGUGAAAAGUAUACGAGUGGUGAGAACUGUGCUAUAUCUCCUGUUUUUGCCCCAAGGAUGAAAAAAACUUCUUUUACUCAAUGAAGCUUAGGAUUUGGCGGGUUGGUUUCUUUUGUUUUUUUUCUUUCUUCCUAGUUCAGAUUUCAAAAUGAUCCUGUGUUACAGCUUUUCAUUCUCUUUAUAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-288.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -310.03

Frequency: 0.0000

Diversity: 238.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.(((((((..(((........((((((((....(((((((..(((((.(((((...((((.(((((....(((.((((((((((.....(((((.........)))))........)))))))(((.((((((((((.....))))..)))))).)))....))).))))))))))))........((((((((........)))))).))...........)))))..)))))....(((.((.(((((((((((..((((((..((((..((((((((......))))))))............(((((..(((.(((.....))).)))..)))))......(((((((((((.....................(((((..((..((.(((((((((((((((((((....((((((((((..........))))))))))(..((((((((....(((((.(.(((((((..((((((....)))))).......)))))))))))))..((((((((...........)))))))).(((.((((..((((((((((..((((............))))..))).)))).)))...)))))))...))))))))..)..))))))))))..))))))))).))...)))))))...(((((((.(..((((((((((.....((((.((......))))))(((((((((.....)))))))))..............................(((((((((((..(....)..))).))))))))((((.((...((((((..(((((..(((((((..............)))))))..))))))))))).)).))))))))))))))..).)))))))((((((.........))))))((((((((((((((((....)))))))..............))))))))))))))))))))..............))))..))))))..)))))))))))..)).))).(((((..((((...(((......)))))))..)))))........)))))))...((((((.......))).))))))))))))))..))))))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.(((((((.,({{,,,,....(({|{{{|,,..(((((((.,{.{((,,{{{,,..{((((,,......,,||}||{(({((((..,..{{{{{..,,,...,))}))..,.,...)))))}}((({{{((((((((....,))))},},)))}.,,,...,|||{||||,|{||,,,,}}}.,||||}{{,.,,.,..((((({{{{...((((((,{{{({(,{,,,...}}....,((.((.(((((((((((..((((((..((({,((((({{,.....,,||,}||{{({{...,}}}}}|(({{..{{{.{{{.....))),)))..}}}},......(((((((((((,....,,,.....,,,.....((((,.,((..{{.(((((((((((((((((((...,((((((((((..........)))))))))),..((((((((..,.(((({{{.(((((((..((((({....}))))).......)))))))))))))..((((((((,........,.)))))))).(((.((((..((((((((((..((((............))))..))).)))).)))...)))))))...))))))))..},.)))))))))}.,))))))))).}}...)))))))...(((((((.(..((((((((((.....((((.((......))))))(((((((((.....))))))))).................{{{{{....,,,|(((((((((((..{....}..))).)))))))){{{{.{{...((((((..(((((..(((((((..............)))))))..))))))))))).}).))))))))))))))..).))))))){{{{{{,,,......))))}}((((((((({((((((....))))))|,{{,.....,,}}})))))))))))))))))))).......,},,...))))..)))))}..)))))))))))..)).)))))))),,)))))).}))))))).}}}},,},,,)))},,},,}}..))))))),..||{{{{.......))}}}}}}))))))))))..))))))))))))....