Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0062200

Sequence Length

2127 nt

GC Content

0.4843

CACAAACUAGAAGGGGCUCUGUUGGCCCUUGGUCAGUUCCAGCAUGCCUUAGAGGAACUAAUGAGUUGGCUGACUCAUACCGAAGAGUUGUUAGAUGCUCAGAGACCAAUAAGUGGAGACCCAAAAGUCAUUGAAGUUGAGCUCGCAAAGCACCAUGUCCUAAAAAAUGAUGUUUUGGCUCAUCAAGCCACAGUGGAAACAGUCAACAAAGCUGGCAAUGAGCUUCUUGAAUCCAGUGCUGGAGAUGAUGCCAGCAGCUUAAGGAGCCGUUUGGAAGCCAUGAACCAAUGCUGGGAGUCAGUGUUACAGAAAACAGAGGAGAGGGAGCAGCAGCUUCAGUCAACUCUGCAGCAGGCCCAGGGCUUCCACAGUGAAAUUGAAGAUUUCCUCUUGGAACUUACUAGAAUGGAGAGCCAGCUUUCUGCAUCUAAGCCCACAGGAGGACUUCCUGAAACUGCUAGGGAACAGCUUGAUACACAUAUGGAACUCUAUUCCCAGCUGAAAGCCAAGGAAGAGACUUAUAAUCAACUACUUGACAAGGGCAGACUCAUGCUUCUAAGCCGUGACGACUCUGGGUCUGGCUCCAAGACAGAACAGAGUGUAGCACUUUUGGAGCAGAAGUGGCAUGUGGUCAGCAGUAAGAUGGAAGAAAGAAAGUCAAAGCUGGAAGAGGCCCUCAACUUGGCAACAGAAUUCCAGAAUUCCCUACAAGAAUUUAUCAACUGGCUCACUCUAGCAGAGCAGAGUUUAAACAUCGCUUCUCCACCAAGCCUGAUUCUAAAUACUGUCCUUUCCCAGAUAGAAGAGCACAAGGUUUUUGCUAAUGAAGUAAAUGCUCAUCGAGACCAGAUCAUUGAGCUGGAUCAAACUGGGAAUCAAUUAAAGUUCCUUAGCCAAAAGCAGGAUGUUGUUCUGAUCAAGAAUUUGUUGGUGAGCGUGCAGUCUCGAUGGGAGAAGGUUGUCCAGCGAUCUAUUGAAAGAGGGCGAUCACUAGAUGAUGCCAGGAAGCGGGCAAAACAAUUCCAUGAAGCUUGGAAAAAACUGAUUGACUGGCUAGAAGAUGCAGAGAGUCACCUGGACUCAGAACUAGAGAUAUCCAAUGACCCAGACAAAAUUAAACUUCAGCUUUCUAAGCAUAAGGAGUUUCAGAAGACUCUUGGUGGCAAGCAGCCUGUGUAUGAUACCACAAUUAGAACUGGCAGAGCACUGAAAGAAAAGACUUUGCUUCCCGAAGAUAGUCAGAAACUUGACAAUUUCCUAGGAGAAGUCAGAGACAAAUGGGAUACUGUUUGUGGCAAGUCUGUGGAGCGGCAGCACAAGUUGGAGGAAGCCCUGCUCUUUUCGGGUCAGUUCAUGGAUGCUUUGCAGGCAUUGGUUGACUGGUUAUACAAGGUGGAGCCACAGCUGGCUGAGGACCAGCCCGUGCACGGGGACCUUGACCUCGUCAUGAACCUCAUGGAUGCACACAAGGUUUUCCAGAAGGAACUGGGAAAGCGAACAGGAACCGUUCAGGUCCUGAAGCGGUCAGGCCGAGAGCUGAUUGAGAAUAGUCGAGAUGACACCACUUGGGUAAAAGGACAGCUCCAGGAACUGAGCACUCGCUGGGACACUGUCUGUAAACUCUCUGUUUCCAAACAAAGCCGGCUUGAGCAGGCCUUAAAACAAGCGGAAGUGUUUCGAGACACAGUCCACAUGCUGUUGGAGUGGCUUUCUGAAGCAGAGCAAACGCUUCGCUUUCGGGGAGCACUUCCUGAUGACACAGAGGCCCUGCAGUCUCUCAUUGACACCCAUAAGGAAUUCAUGAAGAAAGUAGAAGAAAAGCGAGUGGACGUUAACUCAGCAGUAGCCAUGGGAGAAGUCAUCCUGGCUGUCUGCCACCCCGAUUGCAUCACAACCAUCAAACACUGGAUCACCAUCAUCCGAGCUCGCUUCGAGGAGGUCCUGACAUGGGCUAAGCAGCACCAGCAGCGUCUUGAAACGGCCUUGUCAGAACUGGUGGCUAAUGCUGAGCUCCUGGAAGAACUUCUGGCAUGGAUCCAGUGGGCUGAGACCACCCUCAUUCAGCGGGAUCAGGAGCCAAUCCCGCAGAACAUUGACCGAGUUAAAGCCCUUAUCGCUGAGCAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-671.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -710.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 574.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...(((...(((((((.....)))))))....((((((.............)))))).(((((((....))))))).......)))))((.(((((((((.((......(.((((...(((...((((..(((((((((((((((((((((((((..((..............(((((.....))))).((.(((((...((((....((((..((((.(((((((((......((((((........))))))..)))))))))))))((((((((.((..(((((((((.....)))))))........(((((..((.(((((....)))))..))..))))).....))..)).))))))))))))....))))...))))).))((((..((.((((....(((..((((((((((((((((..((((.(((((.(((.(((((.....((((((((((...(((((.....(((((..((((..(((..(((...)))...)))))))..))))).((((....)))).(((((((((((..((((((.(((..((.((.((((((..((((.........)))).)))))))).)).)))..))))))..)))(((..((((..((.(((..((((..........(((((...((((((...(((........))).......))))))(((((.......))))).......))))).(((((.((...))))))).....))))))).))))))...)))............))))))))((((((...((.(((((.......((((((.....))))))))))).))..((((((.((...)).)))).))...))))))))))).....))))))))))......))))).))).))))).((((....(((((((..(((.(....((((.....))))).)))..)))))))....))))....)))).((((.....))))(((((..(((((.........(((((.......)))))....))).))..)))))....))))))))))))....)))).)))....)))).))..))))..(((((..............(((((..((((..((...((((((((....))))))))....)).....(((.((...((((......))))..)).)))))))..))))).((((((((((((((((((..((((.(((((....))))).))))....)).)))).)))))((((((((....))))))))(((..((((((......)))).))..)))(.(((....))).)))))))))))))))..))))).)))))))).((((((((((.(((((((..(((((((.(((.(.(.(((((.((..(...((((((((....(((((((...(((((...(((..(((..(((((.......(.((((((((......)))))))).)...(((((.((.....))))))).(((((((((.((..((((((.((.....((.(((((.((....))))))).))....))))))))..))..))))....))))).((((..(((((..((((.((((((((.........(((.((....)).)))........)))))).)).))))..)))))..))))..((((.(((((.(((((((((((((((.((((....)))).)).)))))))))).((((.((......))))))..((((..(((.((((.((...((....))...)))))))))..)))).........((((........)))).((((((((((.(((.(....).))))))))).))))))).))))).)))).....(((........)))........)))))))).)))...))))))))))))..))))))))...)..))))))).).).)).....).)))))))...))))))))))))))))))))))).......)))))))))).))).)))).)(((((..(((.....((((((.(((((((.........))))))).)))...)))....)))..)))))...)).)))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((...{((...((((((,.....))))))){{|,(({{((,,{.....,,,,.}}}})),|{|{|||.,,,))))}},.......}))))((.(((((((((.((......(.((((...(((...((((..(((((((((((((((((((((((((..{,......,|.||||||{(((,....}}|||.,{,(({{{,..{{{,...,((((,,{(((.(((((((((.....,((((((........)))))),,))))))))))))}((((((((.((..((..((((({,,,{|.,|||{.......,|{(((..((.(((((....)))))..))..))))}}}}}}))..)).)))))))}}|||,,..||}|.,,}}}}},}||{||..||.||{{...,|||,}|||(((((((((((((.{((({.(((((.(((.(((((.....((((((((((...(((((.....{{{({..{(((.,(((..(((...)))...))))}))..})}}}.{(({....,))}.{((((((((((..((((((,(((..(({,,.((((((..((((.,,...,,.)))).)))))),,.,)}),)},))))))..)))(((.{((((..((,{({..((((...........,{{....((((((,..(((........)))..,....)))))){((((.......))))).....,,|}|||{.{{{{.,,.}})},})))}....))))))).}})))),}.)))............)))))))}((((((...((.(((((.......((((((.....))))))))))).)),,{{((((.{(...)}.)))).))...)))))))}}}}.....))))))))))......))))).))).))))).{({{....{{{(((({,{,({(.(..({((,,,{{|}|,.,|},..))}})},}}},)))).,..)}))},|||,,,,.}},|(((,(..,,|,|}},......(((((.......)))))....}}}.}}..}})))}...))))))))))))|...,||},|||....}},),}...)))}.,{((((.,............,{{{(((({{,,|||...((((((({....}))))))),{{{{(..,{.{{{,{({|.{{,,,,}}|,,|||,.,|{}||{|||,,||||..(((((((({{{(((((((..,{{{.(((({....})))).}}}|{{..||{,,,|{||,||((({{{{{....))))))})}}}..,|||,,}}},,.,||||,,..)))|,,||}}}},,,},))))))))))))))..))))).)))))))).{((((((({{.{((((({.,(((((((.({{|{||.{{||||{{..(.,.((((((((..,,(((((((...((((({((((({(((.{(((.{{,......{,((((((((......)))))))),|...((((,,((.....))))))).,{,(.((((.((..((((((.((.....((.(((((.((....))))))).))....))))))))..))..)))).).}}.{||{((((..(((((..((((.((((((({.........(((.((....)).))).,,.....})))))}}).))))..)))))..)))).}}.}},|,,((((({{(((((((((((.((((....)))).))))))))))))))))))}.{,,|,...||{{{{.,,,,.}}}}}||||}|,},.||}}.}))..})))))).,,...........,{{{(((({{{......,,,.((((((((((.(((,{....}.))))))))).))))......|||,|,,,.....,,,........||||,..,,,.,,))),.)))))))})))))))))))),.))))))))..,|.{|,}}})).)}},}},....}.))))))).,.}))))))}))))))))))))))),,.....)))))))))).))).)))).)(((((..(((.....{{{(((.(((((((.........))))))).)))...)))..,.)))..)))))...)).)))))))))))