Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MBNL1_0011100

Sequence Length

1335 nt

GC Content

0.5086

GCCCUCCUGGCUUUUUUAAUUCCUGGGAAGUCAGCUGUGUUAUAGAGGAGAGGUCCCCAACCCUGGGCUGCACAGCAGGAGGUGAGUGGCUGAUGAGUGGAUGAAGCUUCAUCUCUAUUUACAGCUGCUCCGCAUUGCUGGCAUUACCACCUGAGUUCUGCCUCCUGUCAGAUCAGUGACAACGUGUUGGAUUCUCAUAGGAGUGUGAACCCUAUUGUGAACUGUGCAUGCAGGGGAUCUAGGUUGGAGACGCUUUAUGAGAAUCUAAUGCCUGAUGAUCAGUCACUGUCUCCUGUCACCCCCAGAUAGGACCAUCUAGUUGCAGGAAAACAAGCUCAGGGCUCCCACUGAUUCUACAUUAUGGGCCGUUGCUCCAGGGAGAACUGCAAAUAUCUUCAUCCACCCCCACAUUUAAAAACGCAGUUGGAGAUAAAUGGACGCAAUAACUUGAUUCAGCAGAAGAACAUGGCCAUGUUGGCCCAGCAAAUGCAACUAGCCAAUGCCAUGAUGCCUGGUGCCCCAUUACAACCCGUGCCAAUGUUUUCAGUUGCACCAAGCUUAGCCACCAAUGCAUCAGCAGCCGCCUUUAAUCCCUAUCUGGGACCUGUUUCUCCAAGCCUGGUCCCGGCAGAGAUCUUGCCGACUGCACCAAUGUUGGUUACAGGGAAUCCGGGUGUCCCUGUACCUGCAGCUGCUGCAGCUGCUGCACAGAAAUUAAUGCGAACAGACAGACUUGAGGUAUGUCGAGAGUACCAACGUGGCAAUUGCAACCGAGGAGAAAAUGAUUGUCGGUUUGCUCAUCCUGCUGACAGCACAAUGAUUGACACCAAUGACAACACAGUCACUGUGUGUAUGGAUUACAUCAAAGGGAGAUGCUCUCGGGAAAAGUGCAAAUACUUUCAUCCCCCUGCACAUUUGCAAGCCAAGAUCAAGGCUGCCCAAUACCAGGUCAACCAGGCUGCAGCUGCACAGGCUGCAGCCACCGCAGCUGCCAUGACUCAGUCGGCUGUCAAAUCACUGAAGCGACCCCUCGAGGCAACCUUUGACCUGGGAAUUCCUCAAGCUGUACUUCCCCCAUUACCAAAGAGGCCUGCUCUUGAAAAAACCAACGGUGCCACCGCAGUCUUUAACACUGGUAUUUUCCAAUACCAACAGGCUCUAGCCAACAUGCAGUUACAACAGCAUACAGCAUUUCUCCCACCAGGCUCAAUAUUGUGCAUGACACCCGCUACAAGUGUUGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-428.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -454.26

Frequency: 0.0000

Diversity: 298.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((((((........))))))))..((((...))))))))).)))(.......((((((((..((((.(((((.(((((((((.(((((((((((....))))))..))))))))))))))(((.(((.(((((......((((((((.....((((((.(((.(((((((...(((((((((((((((((.(((((....((.(((..((.((.((....)).))..))..))).))..)))))))))))))))))))))).(((...)))))))))))))((((((.......))))))...........)))))).....))))))))...((((.((((.....))))))))..((((((.(.(((((((.(((................................(((((((((((((..((((((........((...((.(((.....((((((...((((((...((....)).....))))))))))))....))).))...))........))).))).))))))))))))).....(((.((((.....(((....)))....................((((((.((((....))))..))))))(((((.....)))))((((((..((.(((((((((((((((..(...)..)))))))...((((((.((....)).)))))).......(((((.(...((((((.(((((((..(((((.(........).)))))...((((((((.((........)).)))).))))((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).))))(((.....)))....(((((...)))))((((((((((....))))))..))))..((((....))))((((........))))........(((((((((...((((((((((.....))))))))))........((((.(((....((((.((.(((......)))))))))...))).))))....))))))))).....))))))))))).))...).)))))...(((((.....))))).....)))))))).)).....))))))........(((((((....)))))))...))))..)))....((((.((....)).))))...))).)))))))((((((..(((((((((((.........)).)).)))))))..))..))))((((((((((.....)).))))))))..).))))))......)))))))))))...)))))))))...))))).))).......)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((((((((........)))))))),.((((...})))})))).)))(.......((((((((..((((.(((((.(((((((((.(((((((((((....))))))}})))))))))))))),(({(((,(((({......((((((((.,,..((((((,(((.(((((((...(((((((((((((((({{(((((...,(({(,,,,,..(({(....}))),,..},}})),.},..)))))))))))))))))))))).(({...})))))))))}){((((((.......))))))}..........))))))...,,)))))))),..((((.((({.....)}}}))))||((((({,{,(((((((,(((...,,,,,,,,.....................||,|||||||||,..{((..((..,,,((((...((((.({{{{{((((((,,,(({(((((((({.{{({{....,,...))}})),.})|,))).))}.......,,,..}|))),,))))))).)))).,.)))).},,))..})}.|||.,..}))},.}}......,,,,.....|||{{{.{{{|....}|||,,|||}}}((,((,{{,.||||}(((((({,{..,((((((((((((((..,...}..)))))))}..{(((((.({..,,)),))))}}.......(((((.(,..{{((((.(((((((.,..(((((((({{(....||}.....((((((((.((........)).))))))}))((((..((((...))))..))))...{(((((.((((......)))).)),)))),{{.....}}}}...,}|.|.)))))))((((((((((....))))))..))))..((({....})))((((........))))........(((((((((...((((((((((.....))))))))))......,.((((.(((....((({,((.(((......)))))))))...))).))))....))))))))))}...))))))))))).}),,...)))))...{((((.....))))),....,})))))|||}...,,))))))........(((((((....)))))))...(({....)))...{(((.{{....}}.)))}...))).)))))))||||||,.(((((((((((.........)).))}}}))))).,}),.))),((((((((((.....))}}))))))}..},})}}}}.....,)))))},}))),..)))))))))...))))).))).......)