Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MBNL1_0011300

Sequence Length

556 nt

GC Content

0.3543

GUAGAGAGUGUAGAAAUCACAGAUAUAUUCCUUUACUCACUUAAUGCACCCGAGCAGAGUGUUUAGCAGAUCCAGGCUUUCAGCCUAAAUGUUGUUGGUGUGAUAGCAAGAAAAAAAAAAAAAUCGUGUGACAACCUUCUGUGCUUUCCCCUCUCACGUUCACAUUCUGGUUUGUUAAAAAAAAAACUGUGUUGCCAUGGCUGACGCUCCUGUGAGGCCCAACAUCUCCAUACUUUUCAUCUUAACUAAGCACUUAAGAAUAUGCACUACAGCUUCUGAUUGCCAUUUAGAACAGAGCACCUUGUGAUGACUAAGCUCUUUCAAGUAUCUAUGCUUAACGUGAUGGCUUCAAUACCCUUUUGCUAUAUAGACUCAUCUGUAGAUACUUGGUACAAGUUCCAUAGUUUAUAGUUGUCAUCUAUUUUUAUUUGUAUGUUUAUUGUUAAUAUGGAUCUUUUUCUGAAAAACUAUUCAAGGAUACUAGACACAUACUGUAUAUGAAAUGAUUCUAAAAAUUCUGAGACUUUUCUAUUUUAUUCUCAGUGGUAAUUUUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-105.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -116.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 140.55

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((((.(((..(((((((...............(((((..(((......))))))))(((((((((.(((((((.(((..((((......))))..))).)))..................((((((........((((...........)))).)))))).))))))))))))).........((((((....((((..(((....))).))))))))))..............((((((........))))))............(((.(((.((........)).))))))...)))))))..))).)))))))(((((((((((..........(((((..............)))))............)))))))))))((((((((...((((..............))))....))))))))((((..(((((.((((..(((..(((((((......))).))))....)))..)))).)).)))..))))...)(((((((((((((((..............))))))....)))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{.{((((((.(((..(((((({.,,,,,,,.......({{{{..(((......)))}))))(((((((((,({(((((.,,|}}|}.{,{{{,,,,||.,,||.|||,,{{,.............{{{{{{...,.,,,},||,,.,,.,,...,}}),},}}},.,,)))))))))},.........((((((....((((..(((....))).))))))))))..............{{{{{{....,,,.)))))),,,,|,......|{{{(((,{{.....,,,)),}})))}...,))))))..))}.))))))|((((((((((({.......,.(((((..............)))))..,,.......,))))))))))){{{{((({,,,((({...{{{{,.,.,{,}}|}....}}}))}))|{{{|}|||.,.||||,,{||,.{((((((......)))},)))....})}..}}}}.}}.}}},,}},,...,(((((((((((((((..............))))))....)))))))))