Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_MBNL1_0015600
Sequence Length
1963 nt
GC Content
0.3571
GCUCAAUAUUGUGCAUGACACCCGCUACAAGUGUUGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAGGUUUGCUAAUUUACAGCUUUGUUUCUUAAAAAACAACUCUAAUAGGGCUCAAUCCAACAGCCCUUACGCACGUGGAUUUCCCAUUGAGGUCAGUGGGAAUCGUGUGUACGUGAGGGCUGUAGAGGGUGCUUUAAUAAGCAUGGGGUUUCAAAGAUACCUCUUGUUGGCCUACACAUUCUCUCUAUGAUGAGCAGCAGAAUGCUUUUAUGCCAUUUAUAAGUGCUCCAAAGUCGUCGCAGCUCCAUUUCUGAAGCUACUAAAAUGAUAUUUACACAAGCAAUUCUCAAUUGGUUUCAACCAAUCGUGCAGGUAUUUUGACCAAUCAAAAAUAGAGGCCAUUUUAAGGUUUUUAUUUAAAAUAUUUGGUAUAUACAGUUUCUUAGUUCUUGCCUAAAUGAUUAAUAGAAAGUAAAAUACUUAAAUGUAUUACGUAUGCCACAAAUGACCACUCUUGUAAAUAAGUUUGUUAUAAAUUCAUUAUAAUCUGAAUCAUUUAAUGAGCAGAUUCAAAAUAAAUUGUUUGCAUGUAGCAUUUCUAAGCUUUUAUUCUCAAUGCUUUCAGUGAAAGAAAAAUCCUAAGCGCUCUUAUUUUUAUAAUUACCCUGCAUAAAUGUUGGAGAUUUAUGAAGGAAAAGAAAAGAAAUUAAGUAUGGCAAAUUGACAGUCAUUCUGUAUUCCAUGCAAAUUUAUUGCAGGAUACUUUUAAGUGAAAGGGAUUUGUUUCAUAAAUUUAAAUUUUAUGAUAUACAAUAAUAACUAUUUAAAAAUAAAUGAUGAUUUAAAAUAUUUAAAAUUUAAAAAUUGACAUUUAUUCACCCAGCAUUUUCUGAUUCUACUUAAAAAUAUUUUCUAGAAAAUACUGGUUGAUUUCAAGUUUCAUUUAUGUAGAUUUGGGCUUCAAUAGAGUUGAUAGUGUAUGAAAAACAUAGAGCCAAGCCACAUUUCAGAUAAUCCACAGAGGAAGAUUAAAGGUAGCCAAAUGAAUCUCAAAAGAAUGAGUGUCAGAUGAAAAUGAACAUGUUCCCCCUUGGGAAGGGAAGACCAAUUAAGACAUAGAUUUGUUGUUAUUACUGUGAGGAGUAGCCACCCUUGUUCUAUAAUACAUCACGUACUGUUGAUGAAGAACAUUCAGCUAUUAGUACAGCCAUUAAAAACUUUCAAAAUCAGAACACAAAAAUGAAUUUAACGUUUCAGUCAAGCUUUAAACAUUUCUUGGCAAAGAAUCAUUAAUUUUUCAGAAGCUUGUCAAAAUAGCCCUGGGUUUACAUGAACACGUCAGACUCAUUUACAAGAAUGCUAGAUUGUGCAUAUGUGGCAUGUUAAUAAGUAACCUUUGGUAGAACUAUUAUGAUGGAUUCAAUACAAUCCAUCUAUGGUGCAAAUCAAUGAUAAAGAACUCUCAUGCGUCUACCAUGUAUGACUGUAGAAUUGCUGGUGUAAGCAGAACUAUAGCAGAGCAAAUUUCAACAUGCCCUUGGCCACCUGGGUUGUAGGGGACACUUUACUUUUUGCAUUGUGCUGUGACCAUUUCAUGCAUAAUCUUGGAUCUUCAUACUAUUUGACAACCAAAAGAAAGAAAAGGGAAUGGAUAUAUAUAUACACACAUAUAUUAUAUCUACAUAUACAUACAUAUGUAUAUGCCUACAGUACAUUAGCAAUGCUGGAAAUAGCUGAUGCCACAAAAUGCAGCCUGCAUGCAUGCAGAAGUUUAUAGCUGGCCCUUCAUCUGCAUCGAUUGGUGUUGAAGGUCCUUGGUAUGUUUCGACAGCCCCAUCCUUGAUGCUUCUACACUGUUGGGUGCAACAUCCUGUCCUGCAGCAGCAGGAAAAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-481.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -523.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 578.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.((((((((((((......((.((((((((.(..(((.((((((((((.....)).)))))))))))..).)))))))).))......)))))......((((.((.(((...((((.....)))).)))...)).)))).((((((......))))))......((((((.(..((..(((((((((((((((((((..(((((((((....))))))))))))))))..)))))))))))).))..).)))))).((((.(((((((((((((.(((((......((((.((..(((((((((......)))....))))))....)).)))).......((((....((((.((((((((..(((((..(......)..)))))...(((((((.(((((((((((((((((....))))))((((((((((....(((.......(((((((((((.......)))))))))))...(((((((((((.(((..(((.((((((.((.....)).)))))).)))..)))..)))).)))))))..(((((((((.((((.....((.((((((((((.((((((........((((((..............))))))((((((............)))))).((.((((((.................))))))..))((((((...(((((((...((((.................(((.(((((((.......))))))).)))................((.(((((.........))))).))((((.((.(((((.....))))))))))).....))))...))))))).))))))...(((((((((((.(((((.....(((...((((((....))))))...)))....))))))))))))))))...(((.((((..(((.((((.(((((((((..................)).))))))).)))).)))....)))).)))((((((((((((((((((.....((((((..(((((((((.....)))).......((.((.(((..(((..(((.....)))..)))))).)).))((..(((..((((......))))..)))..))............(((((....)))))((.....))(((...((((......))))...))).(((((...((((((......((((((......(((((........))))).))))))....))))))..))))).)))))..))))))...................((((........))))(.((((((((......(((((....)))))..............)))))))).).....))))).))))))))))))).....)))))).)))))))))).)).....)))))))))))))(((((..............(((((...(((((...((((((((......)))))))).)))))....)))))..............)))))))))))).))))))..)).))))))))).)))))))..........((((.(((((........(((((((((((.....)))..)))))).))........))))).)))))))))))).))))...))))......((((((((((((((.((((............(((.(((((..(((((((((((((......))))).))))))))(((((((((....))))))))).........(((((((.((.......)).)))))))..........(((((((((....))))).........)))).)))))..)))...)))).))))).)))))))))..))))).))).)).)))))))).))))))))....))).))))))))....(((....((((((....))))))...)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
({.{{,.,,{(({{,,{,{{,..|,.|||,(((((({.,{,{((({((((((((((.....)),}))))))},|(((({|||||||..||....{((((((((((..((((...)))).{(((({..{(((((..((((......{{..((((((......))))))..,,...{((((....,{{.((((((((((((((((,,({,(((((((((....))))))))))),)))),.)))))))))))).{,||{(({{{....}||||,(((((.((...}}.))))).||||{{,.....|||||||{{,,,{,.{||{,{,,|||||{{,,...|||},,.....}|||,,.,||||,{||||{|||,{{,,,.,|..|||.,....,}}...{((((((.(((((((((({{(((((....)))))|{(((((((((,,{{((,...,,,,{((((((((((.......)))))))))))...{{{{|||||{{.|{|..{{{{{((((({{(.....}}.}}}}}..}}}}}|},..}|||||}}||}|.,(((((((({{((((.,...((.((((((((((.((((((...((((((((((..{{((((..((((...}))),||}}},..........,||||||.,,.{{{{,,.....|||,,,........,|||{.,,{,||,|,.....,,,,,}}}|,{{{{{{{(({,,,..,..(({.(((((((.,.....))))))).)))..}},...,|||},,,}}.{((((....(((((.(((((((((({{((.(((((.....))))))))))),{{{{{{{|...{{,{{((((,(((((((.......))))))}.,,},},.,,,...|||}}},,,{((((((.,{{(({.,,||.,....,}))),,)}}}}|.}))))}}(((.((((.(((((((((..................)).))))))).)))).)))...{{{({({{{,,,,||,}||}}||(((((({{{...}}}}}..{{,{|{{....,))),,}}},.,||,.|,,,|..{{(..(((.....)))..))}..,||}.,),.,,}}}}}})}...))))))).))))){(((.....{{{{{..{((((....))))}((.....))......{(((......)))),|||||.{{,,,,|,||||||..,,,.}}}}}.......}}}}..((((({.{|,{{{|...,,}})),},}.)))))).)})}}.......,}}}....,,,}}.......))))))))))(((((((((,,((((((,......{{,(({{{,|||,.{{............)).,))))})}}...,|,,..}))))}}}.)))).)))))))))).)))))))))).)).....)))))))))))))|{|||,.......,...,.{{|||.,.{{(({...((((((((......)))))))).)))))....))))).,...........,|||||{{.}}}},))))))}.}).))))))))).))))))},,......,,}}||}|||...........))}}}}))).)))))))))))))))))))))).......,}}.}))))))))),,.,,.},,.||||,,{{..((((((((({{{{{.{{{(...,|,,..{,.{({.{((((..(((((((((((((......)))))}})))))))(((((((((....)))))))))......{{.{{{{{{{.,,,||,...||.}||||||,......,{{({{{{{|||,,,.)))))..|},...,)))}.)))))..)))...))}}.)))))}}))))))))..)))}}|}...||.|{{..({....}),.))},,.,))}))}))))}}}},|||....((((((....))))))...,})
Back