Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_MMP10_0000100
Sequence Length
1375 nt
GC Content
0.4247
GAUUGUGAAUUAUACACCAGAUUUGCCAAGAGAUGCUGUUGAUUCUGCCAUUGAGAAAGCUCUGAAAGUCUGGGAAGAGGUGACUCCACUCACAUUCUCCAGGCUGUAUGAAGGAGAGGCUGAUAUAAUGAUCUCUUUUGCAGUUAAAGAACAUGGAGACUUUUACUCUUUUGAUGGCCCAGGACACAGUUUGGCUCAUGCCUACCCACCUGGACCUGGGCUUUAUGGAGAUAUUCACUUUGAUGAUGAUGAAAAAUGGACAGAAGAUGCAUCAGGCACCAAUUUAUUCCUCGUUGCUGCUCAUGAACUUGGCCACUCCCUGGGGCUCUUUCACUCAGCCAACACUGAAGCUUUGAUGUACCCACUCUACAACUCAUUCACAGAGCUCGCCCAGUUCCGCCUUUCGCAAGAUGAUGUGAAUGGCAUUCAGUCUCUCUACGGACCUCCCCCUGCCUCUACUGAGGAACCCCUGGUGCCCACAAAAUCUGUUCCUUCGGGAUCUGAGAUGCCAGCCAAGUGUGAUCCUGCUUUGUCCUUCGAUGCCAUCAGCACUCUGAGGGGAGAAUAUCUGUUCUUUAAAGACAGAUAUUUUUGGCGAAGAUCCCACUGGAACCCUGAACCUGAAUUUCAUUUGAUUUCUGCAUUUUGGCCCUCUCUUCCAUCAUAUUUGGAUGCUGCAUAUGAAGUUAACAGCAGGGACACCGUUUUUAUUUUUAAAGGAAAUGAGUUCUGGGCCAUCAGAGGAAAUGAGGUACAAGCAGGUUAUCCAAGAGGCAUCCAUACCCUGGGUUUUCCUCCAACCAUAAGGAAAAUUGAUGCAGCUGUUUCUGACAAGGAAAAGAAGAAAACAUACUUCUUUGCAGCGGACAAAUACUGGAGAUUUGAUGAAAAUAGCCAGUCCAUGGAGCAAGGCUUCCCUAGACUAAUAGCUGAUGACUUUCCAGGAGUUGAGCCUAAGGUUGAUGCUGUAUUACAGGCAUUUGGAUUUUUCUACUUCUUCAGUGGAUCAUCACAGUUUGAGUUUGACCCCAAUGCCAGGAUGGUGACACACAUAUUAAAGAGUAACAGCUGGUUACAUUGCUAGGCGAGAUAGGGGGAAGACAGAUAUGGGUGUUUUUAAUAAAUCUAAUAAUUAUUCAUCUAAUGUAUUAUGAGCCAAAAUGGUUAAUUUUUCCUGCAUGUUCUGUGACUGAAGAAGAUGAGCCUUGCAGAUAUCUGCAUGUGUCAUGAAGAAUGUUUCUGGAAUUCUUCACUUGCUUUUGAAUUGCACUGAACAGAAUUAAGAAAUACUCAUGUGCAAUAGGUGAGAGAAUGUAUUUUCAUAGAUGUGUUAUUACUUCCUCAAUAAAAAGUUUUAUUUUGGGCCUGUUCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-376.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -405.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 281.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((.(((.((..(((....)))..)).))))))))).)).)))(((....)))....(((((((..((((((((......)))).))))))))))).....(((((((((((.(...(((((..((((((.((((((.((((((((.(((((((...(((((((((((((((((((.......(((....)))...((....))....(((((..(((.(((...(((..........(((((((...((.(((.((((......(((((((.....(((((((((((((....((((...((((.((....))))))..))))..))).))))((((.(((((((.((....................)))))))))....))))...(((.((((((......)))))).))).....((((......)))).................))))))....)))))))......))))(((((...(((((((.....(((.((.((((........)))).))((((((((((.....))).)).)))))(((((((((((((.......))))))))))))))))..)))))))...))))).)))..))....))))))))))..))).)))...))))).....((((.......))))(((((.............)))))((....))....((((((((...)))))))))))))))))))))))))))...))))).......((....)).(((((((((((((((.(((((((..((((........(((((..(.((.(((((((((((....(((.(((((((........))))))).....((((......(((..((((.....))))..)))))))..(((((...)))))))))))..)))))))))).).))))).))))..))))))).))..((((((........))))))(((((...((((((.....))))))..))).))......((((..((((..((((((.(..(((((.(((.((((....))))...).)))))))..).)).)))).....))))..))))...)))))))))))))........(((((((((......)))).)))))..(((((...)))))........)).)))))))).)))))).))))))(((..(.(((((....))))).)..)))((((((((.........))))))))...((((((..((((((((((.................))).)))))))...((((.(((.(((.(..(((....)))..).))))))))))...)))))).))))).).))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{((((((.(((.((..(((....)))..)).))))))))).,,.,||{((,...})),.,.((((((({,({{{((({......)))).)))}))))))).....((((({(((((.(...,,..,,,((((({.((((((.((((((((.(((((((...(((((((((((((((((((...,,..(((....)))..,,,...{(,.,{{((((({{(((.((.{({(((....,{{{{{({{(({....((.{,,,(((({{{...(((((((.....(((((((((({{(....{(((...((((.{.....}})})}..}))}..))),,}}),{{{,{((((((,((................,...}}))))))).,,,,))},,.(((.((((((......)))))).))).....(({{......|)}}........,,.......))))))....)))))))......,,|.(((((...(((((((....,((({{{.(((({......,)))).)|((((((((((.....))).)).)))))|(((((((((((({{....})))))))))))))))),.)))))))...))))).,,|,....,,,,|}}},,,)),,}})})))}}},}}))....,||||}}},...))))}|||,}}},,,}})}}..}}}))))..,.,|,,{{(({{{,,,...})))))),)))))))))))))))))))...))))).......((,...}}.(((((((((((((((.(((((((..((((........(((((.,{.{{.((((((((((({...,{(.(((((((........))))))).,.,,{{,,....{((((..((((.....))))..)))))},..(((((...)))))),}})}..))))))))}),}.))))).))))..))))))).)),.((((((,,...,,,)))))){{{{,...((((((.....))))))..}}}.},...,,.((((..((((..((((((.(..(((((.((,.{,({....,}))...,.)))))))..).)).)))}...,.))))..))))...}))))))))))))......,||,(({({{{......,})),,)))),.(((({...}))))........)).)))))))).)))))).}))))}{((..(.(((((....))))).)..))}{(((((((.........)))))))}..,{({{....((((((((((..............,..))).))))))),,,|(((.(((.(((.{..(((....)))..}.)))))))))|,,,{,..,.,))))}.}.))))).)))))).
Back