Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MMP10_0000400

Sequence Length

1121 nt

GC Content

0.4567

CAAUACCUAGAAAAGUACUACAACCUCGAAAAGGAUGUGAAACAGUUUAGAAGAAAGGACAGUAAUCUCAUUGUUAAAAAAAUCCAAGGAAUGCAGAAGUUCCUUGGGUUGGAGGUGACAGGGAAGCUAGACACUGACACUCUGGAGGUGAUGCGCAAGCCCAGGUGUGGAGUUCCUGACGUUGGUCACUUCAGCUCCUUUCCUGGCAUGCCGAAGUGGAGGAAAACCCACCUUACAUACAGGAUUGUGAAUUAUACACCAGAUUUGCCAAGAGAUGCUGUUGAUUCUGCCAUUGAGAAAGCUCUGAAAGUCUGGGAAGAGGUGACUCCACUCACAUUCUCCAGGCUGUAUGAAGGAGAGGCUGAUAUAAUGAUCUCUUUUGCAGUUAAAGAACAUGGAGACUUUUACUCUUUUGAUGGCCCAGGACACAGUUUGGCUCAUGCCUACCCACCUGGACCUGGGCUUUAUGGAGAUAUUCACUUUGAUGAUGAUGAAAAAUGGACAGAAGAUGCAUCAGGCACCAAUUUAUUCCUCGUUGCUGCUCAUGAACUUGGCCACUCCCUGGGGCUCUUUCACUCAGCCAACACUGAAGCUUUGAUGUACCCACUCUACAACUCAUUCACAGAGCUCGCCCAGUUCCGCCUUUCGCAAGAUGAUGUGAAUGGCAUUCAGUCUCUCUACGGACCUCCCCCUGCCUCUACUGAGGAACCCCUGGUGCCCACAAAAUCUGUUCCUUCGGGAUCUGAGAUGCCAGCCAAGUGUGAUCCUGCUUUGUCCUUCGAUGCCAUCAGCACUCUGAGGGGAGAAUAUCUGUUCUUUAAAGACAGAUAUUUUUGGCGAAGAUCCCACUGGAACCCUGAACCUGAAUUUCAUUUGAUUUCUGCAUUUUGGCCCUCUCUUCCAUCAUAUUUGGAUGCUGCAUAUGAAGUUAACAGCAGGGACACCGUUUUUAUUUUUAAAGGAAAUGAGUUCUGGGCCAUCAGAGGAAAUGAGGUACAAGCAGGUUAUCCAAGAGGCAUCCAUACCCUGGGUUUUCCUCCAACCAUAAGGAAAAUUGAUGCAGCUGUUUCUGACAAGGAAAAGAAGAAAACAUACUUCUUUGCAGCGGACAAAUACUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-323.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -344.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 311.14

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(((((.......((((.(((.....))).))))......))))).........(((((.((((..(((((....((((((((((((......)))))))))))).....))))))))).((....((((..((...))..))))..))(((.(((.(((...((((((..((((....))))....))))))...)))))).))).....(((((((((((((((((.......))).....((((((.(((.((..(((....)))..)).)))))))))((((.(((.((.(((.(((..(((.((((..(((....)))..)))).)))(((((((((((..((((((((..............))))))))))))))........)))))(((((...(((((((((((((((((((.......(((....)))...((....))....(((((..(((.(((...(((..........(((((((...((.(((.((((......(((((((.....(((((((((((((....((((...((((.((....))))))..))))..))).))))((((.(((((((.((....................)))))))))....))))...(((.((((((......)))))).))).....((((......)))).................))))))....)))))))......))))(((((...(((((((.....(((.((.((((........)))).))((((((((((.....))).)).)))))(((((((((((((.......))))))))))))))))..)))))))...))))).)))..))....))))))))))..))).)))...))))).....((((.......))))(((((.............)))))((....))....((((((((...)))))))))))))))))))))))))))...))))).....)))))).)))))..)))).........)))))))))))))).((....))....(((.(.(.(((((((((....))))(((((((........))))))))))))).)))).)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{,,.,(({{,...,,..((((.(((.....))).))))..||.,|||,,......,||{{{{..{{{{.||({{{....((((((((((((......)))))))))))).....}}}}}|}}}.,|....{{{{..{{...})..)))).,}|(((.({{{(((...((((((..((((....))))....))))))...)))))).))).....(((((((((((((({{(,.{,...,|}..}||({{{{,.,{,.((||(({....}||{,||,|}|||||||{{{{.{{{|({.,,|}||{.,{{{{({({.,({((((,.....,)))}.})|||||||||{{,.{{((((((..,.........,.))))))))})}|||.....,,.}}}}}{((((...(((((((((((((((((((...,,..(((....)))..,.,...{|,.,{{(((((,{(((.((.{{{(((....,{{{{{({{(({....((.{,{{(((({{{...(((((((.....(((((((({({{(,...{(((...((((.{.....}})})}..}))}..))),,}}),{{{,{((((((,((................,...}}))))))).,,,,))},,.(((.((((((......)))))).))).....(({{......||}}........,,.......))))))....)))))))......,,},(((((...(((((((....,((({{{.(((({......,)))).)|((((((((((.....))).)).)))))|(((((((((((({{....})))))))))))))))),.)))))))...))))).,||,..,.,,,,|}}},,}}},,}})})))}}}}}})}....,||||}}},...))))||||,},},.,}}}}}..}}}))}|..,.,|,{{{(({{,,,,...})))))),)))))))))))))))))))...))))).....)}))},.}))}}..)))},,,......)))))))))))))).{{....))....}||.{.{,({(((((((,...}}|}(((((((........)))))))))}))}},,,,.},)))..,