Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MTO1_0001300

Sequence Length

1459 nt

GC Content

0.4626

AAAGAAAUCUUGAAUACACCACUGCUUACUGUUCAGGAGGGAGCUGUAGAAGAUCUUAUUCUUACAGAACCAGAGCCUGAACACACUGGGAAAUGCCGUGUCAGUGGGGUUGUUUUGGUGGAUGGAAGCACAGUAUAUGCAGAGAGUGUGAUUCUGACUACUGGGACAUUUCUGAGAGGCAUGAUUGUAAUUGGAUUGGAGACGCAUCCAGCAGGACGUUUAGGGGAUCAGCCUUCUAUAGGAUUGGCUCAGACACUGGAGAAGUUAGGGUUUGUGGUGGGAAGGUUGAAGACUGGGACUCCACCCCGAAUUGCCAAAGAGUCCAUUAAUUUCAGUAUUCUAAACAAGCAUAUACCGGACAAUCCAUCCAUACCAUUCAGCUUUACCAAUGAGACAGUAUGGAUUAAGCCAGAAGAUCAGCUGCCAUGUUACUUGACUCACACCAACCCUAGAGUGGAUGAGAUUGUCCUUAAGAACCUUCACCUUAAUAGUCAUGUUAAAGAAACGACAAGAGGACCUCGAUACUGUCCCUCCAUUGAAUCAAAAGUUUUGCGUUUUCCAAACCGUCUACAUCAGGUUUGGUUGGAACCUGAAGGAAUGGAUUCUGACCUUAUCUACCCACAGGGGUUAUCUAUGACGCUACCAGCUGAGUUACAAGAGAAAAUGAUCACAUGCAUCAGAGGCUUGGAGAAAGCUAAAGUGAUUCAGCCAGGCUACGGUGUUCAGUAUGAUUACUUAGAUCCCCGUCAGAUCACCCCUUCCUUGGAGACUCAUUUGGUUCAACGACUCUUCUUUGCUGGACAGAUCAAUGGCACCACUGGUUAUGAGGAAGCUGCAGCUCAAACAGAGUGUUGCUCUGUUGCCAGGCUGGAGUGCAGUGAUAUGAUCUCCCAGCUUCAAGCGAUCCUCCUGCCUCAGCCCUCCCUAGUAGCUGGGACUGCAGGCAUGCACCACAACACCCAGGGUGUGAUAGCCGGAAUCAACGCCAGUCUUCGGGUCAGUCGCAAGCCUCCCUUUGUGGUUAGCCGAACAGAAGGUUACAUAGGAGUCUUGAUUGAUGACCUCACUACUCUGGGCACCAGUGAACCAUACCGCAUGUUUACCAGCCGAGUAGAGUUCCGUUUGUCACUGCGCCCUGAUAAUGCUGACAGCCGGCUCACACUGCGAGGGUAUAAAGACGCUGGCUGUGUGUCCCAACAACGAUAUGAAAGAGCUUGUUGGAUGAAGUCUUCUUUAGAAGAAGGCAUUUCUGUGUUGAAAUCUAUUGAGUUUUUGAGCUCUAAAUGGAAAAAAUUAAUCCCAGAGGCUUCUAUAAGUACUAGUAGAAGUCUGCCUGUCAGAGCUCUCGAUGUUCUGAAGUAUGAGGAAGUUGACAUGGAUUCAUUAGCCAAGGCUGUUCCAGAGCCCUUGAAGAAGUAUACUAAAUGUAGAGAGCUGGCUGAAAGACUGAAAAUAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-429.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -461.22

Frequency: 0.0000

Diversity: 282.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(......)(((.......((((((......(((((((..((..((((((((.......))).)))))..))....)))))))((((.((......))))))))))))(((.(((.(((((.(((...((((((((....(((((.......)))))..)))))...((.(((((((((((.(((((....((((((((((......)))).......))))))..)))))))).))).))))).)).(((((..(((((.((.....(((((.(.(((((((.((((((((.((((((....(((((..........((((((((((..((((((..((((((.............(((((((((((((((.....((((.........((((.(((((.......(((..........))).......))).)).))))........)).))))))))).))))))))...............((((((....)))))).((((((.(((((((((.........)))).................)))))))))))(((((((..........))))))))))))).)))))).)))))))))).................)))))((((..((.((((.(((((((((((.((((.(((..(((((............(((((((.(((.((....))..)))..)))))))((((.(.((((((....))))..)).).))))..)))))....)))))))..))))))..(((((((..((.((((((.....))).)))))..))).))))(((((.....(((.((.(((.(((.....)))))).)))))...))))))))))))))))..)))).....)))))))))))).....))))))))).)))))))).)))))..)))))..)))...))).))))).))))))(((((((((((((.((((((..((....))....((((((....((((.((((...((((..(((((........))))))))))))).)))).....))))))..((((((..(((....((((((..........))))))..))))))))).)))))).)))))))...))))))......((..((((((((((((((.((.((.((......)).)).)).))))...((((((((...........).))))))).....((((((((...))))))))(((((......)))))(((.(((((((..(((((((....(((.........)))(((((((((((((........))))))))))..)))..)))))))(((((.((((........)))).)))))...))))))).))).(((((((.......)).)))))........(((.....)))..))))))))))..))...........)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(......)(((.....{.((((((.....,(((((((..((..((((((((,,.....})))}))))..))....)))))))|(((.((......)))))})))))).,,(((((((((({.,{{{(,({((,(...,,,,...|,||||.||||,.||}|||||||}.,(((((.((((,,((,{(((..(((.(((((((((((...((((.(((..((((((((..{(..((((..(((((...((((..((((.......((((((((.((({((((.(((((((({.,,,((((((...........,.....)))))).....,}}))||,|,|,.....,|.,.,,...(((...)))((((((((..((((..........))))...))))))))...{,,{{.......,))},...,,,})))..)))}))).))))))))))))..))))...)))))..)))).}})).))))))..))).))))...,,..,,,,,,(((({{,........)}}))))..}}}..,,........)))))))))))).)))..))))))((((..((((((((((.........)).))))))))..)))}......((((((.(((,.,((((...{{.((((((((((..,,....,((,{,.,,,,.,))...(((((.....)))))...))))))))))..))|{,.(({{.({({{{,,,.)))),}),.,,,)))))))).))))))..((((((((((((...((((((((((((((.(((.((((((((,....((((...(((((((...(((((.(((...{|...((((((((...))))))))||.{((((((((..((......))..))))})))))..}))..))))).(((((((({,,{{({........)))}))).)))))............((((((((((((..,{{((,.......,,.),.,}}|(((((.{{,((((.((((...((((..{((((........))))))))))))).))))..,}}))))))))).)))))))).)))))))..))))....,.)))...))))).))).))))))(((.((((((..(({.........,)))))))).)))..(((((.((.((.((......)).)).)).)))))..((((((({...........}.)))))))..{{,((((((((...))))))))..,},...))))))}))...)))))))))))).,,.....(({.........,,),},{(((((((((........)))))))))))))).)))))|,,.(({((.((((......,.)))}.})))}..,|,..,},,,{{{{{.{|||,},,,},))}},||..,,}}.,}|||}...}))),.,,))))))),,....}},,,.,,,.)))