Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MTO1_0002100

Sequence Length

845 nt

GC Content

0.4675

UGGAUGGAAGCACAGUAUAUGCAGAGAGUGUGAUUCUGACUACUGGGACAUUUCUGAGAGGCAUGAUUGUAAUUGGAUUGGAGACGCAUCCAGCAGGACGUUUAGGGGAUCAGCCUUCUAUAGGAUUGGCUCAGACACUGGAGAAGUUAGGGUUUGUGGUGGGAAGGUUGAAGACUGGGACUCCACCCCGAAUUGCCAAAGAGUCCAUUAAUUUCAGUAUUCUAAACAAGCAUAUACCGGACAAUCCAUCCAUACCAUUCAGCUUUACCAAUGAGACAGUAUGGAUUAAGCCAGAAGAUCAGCUGCCAUGUUACUUGACUCACACCAACCCUAGAGUGGAUGAGAUUGUCCUUAAGAACCUUCACCUUAAUAGUCAUGUUAAAGAAACGACAAGAGGACCUCGAUACUGUCCCUCCAUUGAAUCAAAAGUUUUGCGUUUUCCAAACCGUCUACAUCAGGUUUGGUUGGAACCUGAAGGAAUGGAUUCUGACCUUAUCUACCCACAGGGGUUAUCUAUGACGCUACCAGCUGAGUUACAAGAGAAAAUGAUCACAUGCAUCAGAGGCUUGGAGAAAGCUAAAGUGAUUCAGCCAGGCUACGGUGUUCAGUAUGAUUACUUAGAUCCCCGUCAGAUCACCCCUUCCUUGGAGACUCAUUUGGUUCAACGACUCUUCUUUGCUGGACAGAUCAAUGGCACCACUGGUUAUGAGGAAGCUGCAGCUCAAACAGAGUGUUGCUCUGUUGCCAGGCUGGAGUGCAGUGAUAUGAUCUCCCAGCUUCAAGCGAUCCUCCUGCCUCAGCCCUCCCUAGUAGCUGGGACUGCAGGCAUGCACCACAACACCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-235.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -253.30

Frequency: 0.0000

Diversity: 212.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..((((.((((.(..........).)))).))))..)))(((((.((.(((((((((((.(((((....((((((((((......)))).......))))))..)))))))).))).))))).)).(((((..(((((.((.....(((((.(.(((((((.((((((((.((((((....(((((..........((((((((((..((((((..((((((.............(((((((((((((((.....((((.........((((.(((((.......(((..........))).......))).)).))))........)).))))))))).))))))))...............((((((....)))))).((((((.(((((((((.........)))).................)))))))))))(((((((..........))))))))))))).)))))).)))))))))).................)))))((((..((.((((.(((((((((((.((((.(((..(((((............(((((((.(((.((....))..)))..)))))))((((.(.((((((....))))..)).).))))..)))))....)))))))..))))))..(((((((..((.((((((.....))).)))))..))).))))(((((.....(((.((.(((.(((.....)))))).)))))...))))))))))))))))..)))).....)))))))))))).....))))))))).)))))))).)))))..)))))..((((....))))........)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.,((({.((((.{..........}.)))).}))),.)))(((((.((.(((((((((((.(((((.(..,(({{((({(......)))),.....,},}},.}.))))))))}})).))))).)).(((((..(((((.(,....,((({{{(.(((((((.((((((((.((((((....{......,,{{{...((((((((((..((((((..((((((.............(((((((((((((({....,(({{.........((((.{((({{{{....{{{..{.....,.})),}}},,.,}}}}).)))}........,,.))))))))).))))))))....{.....,....{(((((....)))))}.((((((.(((((((({.........))}),}}....,.........}})))))))))(((((((..........))))))))))))).)))))).)))))))))).......,........,{||||,(((..{({(({{.((,(((((((({(,,{.{,,..(((({....,.,||...((((({{.,,|,||,...))}})))}}),,))}},,((|{,({({{{.,,.))))..)}.,.,)))}}))),)}}}})||||||..|||}||..(((((((..((.({((({.....))).))}))..))).)))),||||,.}}}||}.(({.(((((,.{(((((({...)))))))),,,,))))),)))))),},,,,.}...)))))))))))).,..,))))))))).)))))))}.)))))..))))).,{(((....))))........)))))