Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MYH11_0015000

Sequence Length

2660 nt

GC Content

0.5462

GGAGAGCUGGAAAAGCAGCUUCUACAAGCAAACCCGAUUCUGGAGGCUUUCGGCAACGCCAAAACAGUGAAGAACGACAACUCCUCACGAUUCGGCAAAUUCAUCCGCAUCAACUUCGACGUCACGGGUUACAUCGUGGGAGCCAACAUUGAGACCUAUCUGCUAGAAAAAUCACGGGCAAUUCGCCAAGCCAGAGACGAGAGGACAUUCCACAUCUUUUACUACAUGAUUGCUGGAGCCAAGGAGAAGAUGAGAAGUGACUUGCUUUUGGAGGGCUUCAACAACUACACCUUCCUCUCCAAUGGCUUUGUGCCCAUCCCAGCAGCCCAGGAUGAUGAGAUGUUCCAGGAAACCGUGGAGGCCAUGGCAAUCAUGGGUUUCAGCGAGGAGGAGCAGCUAUCCAUAUUGAAGGUGGUAUCAUCGGUCCUGCAGCUUGGAAAUAUCGUCUUCAAGAAGGAAAGAAACACAGACCAGGCGUCCAUGCCAGAUAACACAGCUGCUCAGAAAGUUUGCCACCUCAUGGGAAUUAAUGUGACAGAUUUCACCAGAUCCAUCCUCACUCCUCGUAUCAAGGUUGGGCGAGAUGUGGUACAGAAAGCUCAGACAAAAGAACAGGCUGACUUUGCUGUAGAGGCUUUGGCCAAGGCAACAUAUGAGCGCCUUUUCCGCUGGAUACUCACCCGCGUGAACAAAGCCCUGGACAAGACCCAUCGGCAAGGGGCUUCCUUCCUGGGGAUCCUGGAUAUAGCUGGAUUUGAGAUCUUUGAGGUGAACUCCUUCGAGCAGCUGUGCAUCAACUACACCAACGAGAAGCUGCAGCAGCUCUUCAACCACACCAUGUUCAUCCUGGAGCAGGAGGAGUACCAGCGCGAGGGCAUCGAGUGGAACUUCAUCGACUUUGGGCUGGACCUACAGCCCUGCAUCGAGCUCAUCGAGCGACCGAACAACCCUCCAGGUGUGCUGGCCCUGCUGGACGAGGAAUGCUGGUUCCCCAAAGCCACGGACAAGUCUUUCGUGGAGAAGCUGUGCACGGAGCAGGGCAGCCACCCCAAGUUCCAGAAGCCCAAGCAGCUCAAGGACAAGACUGAGUUCUCCAUCAUCCAUUAUGCUGGGAAGGUGGACUAUAAUGCGAGUGCCUGGCUGACCAAGAAUAUGGACCCGCUGAAUGACAACGUGACUUCCCUGCUCAAUGCCUCCUCCGACAAGUUUGUGGCCGACCUGUGGAAGGACGUGGACCGCAUCGUGGGCCUGGACCAGAUGGCCAAGAUGACGGAGAGCUCGCUGCCCAGCGCCUCCAAGACCAAGAAGGGCAUGUUCCGCACAGUGGGGCAGCUGUACAAGGAGCAGCUGGGCAAGCUGAUGACCACGCUACGCAACACCACGCCCAACUUCGUGCGCUGCAUCAUCCCCAACCACGAGAAGAGGUCCGGCAAGCUGGAUGCGUUCCUGGUGCUGGAGCAGCUGCGGUGCAAUGGGGUGCUGGAAGGCAUUCGCAUCUGCCGGCAGGGCUUCCCCAACCGGAUCGUCUUCCAGGAGUUCCGCCAACGCUACGAGAUCCUGGCGGCGAAUGCCAUCCCCAAAGGCUUCAUGGACGGGAAGCAGGCCUGCAUUCUCAUGAUCAAAGCCCUGGAACUUGACCCCAACUUAUACAGGAUAGGGCAGAGCAAAAUCUUCUUCCGAACUGGCGUCCUGGCCCACCUAGAGGAGGAGCGAGAUUUGAAGAUCACCGAUGUCAUCAUGGCCUUCCAGGCGAUGUGUCGUGGCUACUUGGCCAGAAAGGCUUUUGCCAAGAGGCAGCAGCAGCUGACCGCCAUGAAGGUGAUUCAGAGGAACUGCGCCGCCUACCUCAAGCUGCGGAACUGGCAGUGGUGGAGGCUUUUCACCAAAGUGAAGCCACUGCUGCAGGUGACACGGCAGGAGGAGGAGAUGCAGGCCAAGGAGGAUGAACUGCAGAAGACCAAGGAGCGGCAGCAGAAGGCAGAGAAUGAGCUUAAGGAGCUGGAACAGAAGCACUCGCAGCUGACCGAGGAGAAGAACCUGCUACAGGAACAGCUGCAGGCAGAGACAGAGCUGUAUGCAGAGGCUGAGGAGAUGCGGGUGCGGCUGGCGGCCAAGAAGCAGGAGCUGGAGGAGAUACUGCAUGAGAUGGAGGCCCGCCUGGAGGAGGAGGAAGACAGGGGCCAGCAGCUACAGGCUGAAAGGAAGAAGAUGGCCCAGCAGAUGCUGGACCUUGAAGAACAGCUGGAGGAGGAGGAAGCUGCCAGGCAGAAGCUGCAACUUGAGAAGGUCACGGCUGAGGCCAAGAUCAAGAAACUGGAGGAUGAGAUCCUGGUCAUGGAUGAUCAGAACAAUAAACUAUCAAAAGAACGAAAACUCCUUGAGGAGAGGAUUAGUGACUUAACGACAAAUCUUGCAGAAGAGGAAGAAAAGGCCAAGAAUCUUACCAAGCUGAAAAACAAGCAUGAAUCUAUGAUUUCAGAACUGGAAGUGCGGCUAAAGAAGGAAGAGAAGAGCCGACAGGAGCUGGAGAAGCUGAAACGGAAGCUGGAGGGUGAUGCCAGCGACUUCCACGAGCAGAUCGCUGACCUCCAGGCGCAGAUCGCAGAGCUCAAGAUGCAGCUGGCCAAGAAGGAGGAGGAGCUGCAGGCGGCCCUGGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-921.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -968.75

Frequency: 0.0000

Diversity: 686.81

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((......)))).))).........))(....((((.((((...(((...)))......((((.((........)).))))(((.(((.........))).)))......((.((((((.((((..(((((((((((.......(((....)))..............(((((.(((((.((((((.....(((((((........(((...........)))((.(((((((....(((((.((((......)))))))))....))))))).)).........)))))))...)))))).((.(((.((((((((.....(((((((((((((((((((((..((((((...))))))....(((((........((((((..((((((.(((...(((((((((((((......(((........))).)))))))))))))...)))...............(((......))).(((..(((((((((((.(((((((...(((((((.((((......((((......))))((((((((...((((..(((((.(((....))))))))..))))(((((((((.((((.(.........).)))))))).)))))..(((....)))(((((...........))))).((((..(((...((.((((.(.(((..(((((((......((....)).....)))))))..)))))))))))))))))......))))))))...)))))))))))))))..)))))))))))))).)))................)))))).....)))))).......)))))....))))))))))(..((....))..)((..((((.((...((((((((..((((....((((((......))))))....))))((((...)))).................((((.((((.(((((((((((.((.....)).)))).......(((((((.......))))))).....(((....))))))))))))))))))..)))))))))).))))..)).(((((.(.......))))))))).))))))))....)))))))).)).).))......))))))))))))))..(((......))).))))).)).))))..)))))).))(((((......((((((((......(((.(((((....((((...((.(((((.(((((((...((((..........))))..)))).)))..((((...((((((((..((((..(((.......(((.((((((((...))))))))))))).)..))))..)))))))))))).....))))))).))))...((((((((.......(((((((((...(((...((((.(.(((...((((((....))))))...))))))))...))).....)))))))))...))))).)))...((....)).((((((((((..((((((((....)).((.((((((((..((((((((...((((........))))))))....((.((((((...(((((........))))).(((((.(((.(((((.......((((((...((((.............)))).))))))...(((..(((((((((......(((.(((((((((.((....)).)).))..((((....)))).((.(((.((.(((.((((...)))).))))).)))))((.(((((((......(((.(((((....))))).)))..((((.((((.....))))..)))).....(((((((((((.((((..((((.(..(((.((((((((((.....((((((....)))))))))))))))).)))..).))))..)))).((...(((((..((.......))..))))).....))..)).))))).)))).............(((((...)))))....(((..(((((((((.((..((..((.......((((...))))..(..(((((.((((........)))).)))))..)))..)))).)))))))))..)))..))))))).)))))))))))))))))))..))))))))))).)))))....))).))))).......(((((.(((((((((...((((..............)))).)))...)))))).)))))..))))..)))))))).)))))))))))).))))))(((((((.((((((..((((..(((....)))..))))......(((((((.((((((((((((((....)))))))...........................((((....))))((((((..((.(((.........((((....))))........))).))..))))))..((.(((........))).)).......)))))))....(((((((.(((((................)))))......(((((....(((....(((...)))...)))....))))).)))))))..(((.....)))..)))))))(((.....)))....)))))).)))))))))))).)))))))))))....))))).))))))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({((((((......))))}}||.....,....{({....})).||||,,,{{{..,(({......(({,.{,.......,||,||}},,{,{(({,..,,,.,|||{|||..,,,,,,.((((((.((((..{{((((({{((,.....{{,.....}}}...,}.....,}.{(((({,(((((.((((((..,..(((((((.......,{{{...........),|{{.(((((((....(((((.((((......)))))))))....))))))).)),........))))))),..)))))).((.(((.((((((((.....(((((((((({((((((((((..,(((((((.((((({...,))))).}}}},,}|,{(((,,{{,{{{.{({...{(((((((((({{..,,{{(.,....|||{||..,}}}}}|||||}}...}))..},........}},|||.....,))).(({..(((((((((((.(((((((...(((((((.{{,..,....|{{,.{{,,,||||((((((((,{{{(((..(((((.{((....))})))))..)))}(((((((((.((((.(.........,.)))))))).)))))..(((,,,,}}}(((((...........))))),(((((.((.......|)|))).))},,|||||{{{{,...,.{{{,..||.,,||}}}}}||}}}},)))},))),))),....}))),,}))}}}))).)))))))))))..)))))))))))))).}))............,,,.}||}}}..}.})))))).......}}}})},..)))))))))){..((....))..}((..((((.((...((((((((..((((....((((((......))))))....))))((((...)))).................((((.(((,{(((((((((((.{(...,.}}.)))),......(((((({.......})))))).....{|{,.,.})})))))))))))))))..)))))))))).))))..)).((((,,(.......)))))))))}})))))))....)))))))).)).).))......)))))))))))}}}..{{{......))).))))).}}.))))..)))))).||(((({,,....((((((((..{,.,{{{,(((({..,,({{{..,||.(((((.(((((((...((((..........))))..)))).)))..,{{(.{{((((((((..((((...,{.......(((.((((((((...))))))))))),}.,..))))..))))))))))),.....))))))).}}}}...((({((((..,..,,(((((((((.,.(((.,.((((.(.(((...((((((....))))))...)))}))))...))}...}.))))))))).,}))))).)))..,{{,,,,||.{(({(((((,{{(((((({{...|||.((.((((((((,,{((({(({...{{{,.|...,}})))}))}}..,|{(,(({({...,(((((........))}}}.(((((,(({{((({(,......((((((...((((.............)))).))))))...,{{..((((((((({,..,,{((.(((({{(({.{{....)),)).)).,|,{{||,.}}||,{(.{{{.((.(((.((((...)))).))))),|||||(,.(((((({{{,...,,|}|||||}}}.||||{{,||.||||,}||||,,,,.)))).})))}..,..{{{{{|{{(((.((((..((((.(..(((.((((((((((..,{,(({(((....)))))))))))))))).)))..).))))..)))),||.,.|||||.,|,.,..|..))..))})}.....}}..}}.))))),))}}..,||......,.(((((...}))))....(((..(((((((((.{{..((..({.......{||{,..)}))..{,,(((((.((((........)))).)))))..))),.)))).)))))))))..))).|))))},}.}})|}}}})}))))))))).,)))}))})})),))))),})})),.)))))}}}..,,|||||,{{{{(((((...||||}....},,}..}}))}}|{{|{...,))))).||||,..},,,..))})))),}))})))}})))).|||}},(((((((.((((((..((((..(((....)))..))))......(((((((.,{,(((((((((({....}}}}}}}............|{.............((((....))))((((((..((.(({.........((((....}})),...,...})}.))..))))))..{{.(((........))).}|.,.....}}})))}....{(({{((,(((((................))))).}...,((({{...,|||....,{{..{|||,..},}....))))).})))))).}|.|.},}},},..)))))))(((.....)))....)))))).)))))))}))),.}}}}))))))),},,)},))})))),,,}}},}