Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MYH11_0016800

Sequence Length

1964 nt

GC Content

0.5586

CCAUAUUGAAGGUGGUAUCAUCGGUCCUGCAGCUUGGAAAUAUCGUCUUCAAGAAGGAAAGAAACACAGACCAGGCGUCCAUGCCAGAUAACACAGCUGCUCAGAAAGUUUGCCACCUCAUGGGAAUUAAUGUGACAGAUUUCACCAGAUCCAUCCUCACUCCUCGUAUCAAGGUUGGGCGAGAUGUGGUACAGAAAGCUCAGACAAAAGAACAGGCUGACUUUGCUGUAGAGGCUUUGGCCAAGGCAACAUAUGAGCGCCUUUUCCGCUGGAUACUCACCCGCGUGAACAAAGCCCUGGACAAGACCCAUCGGCAAGGGGCUUCCUUCCUGGGGAUCCUGGAUAUAGCUGGAUUUGAGAUCUUUGAGGUGAACUCCUUCGAGCAGCUGUGCAUCAACUACACCAACGAGAAGCUGCAGCAGCUCUUCAACCACACCAUGUUCAUCCUGGAGCAGGAGGAGUACCAGCGCGAGGGCAUCGAGUGGAACUUCAUCGACUUUGGGCUGGACCUACAGCCCUGCAUCGAGCUCAUCGAGCGACCGAACAACCCUCCAGGUGUGCUGGCCCUGCUGGACGAGGAAUGCUGGUUCCCCAAAGCCACGGACAAGUCUUUCGUGGAGAAGCUGUGCACGGAGCAGGGCAGCCACCCCAAGUUCCAGAAGCCCAAGCAGCUCAAGGACAAGACUGAGUUCUCCAUCAUCCAUUAUGCUGGGAAGGUGGACUAUAAUGCGAGUGCCUGGCUGACCAAGAAUAUGGACCCGCUGAAUGACAACGUGACUUCCCUGCUCAAUGCCUCCUCCGACAAGUUUGUGGCCGACCUGUGGAAGGACGUGGACCGCAUCGUGGGCCUGGACCAGAUGGCCAAGAUGACGGAGAGCUCGCUGCCCAGCGCCUCCAAGACCAAGAAGGGCAUGUUCCGCACAGUGGGGCAGCUGUACAAGGAGCAGCUGGGCAAGCUGAUGACCACGCUACGCAACACCACGCCCAACUUCGUGCGCUGCAUCAUCCCCAACCACGAGAAGAGGUCCGGCAAGCUGGAUGCGUUCCUGGUGCUGGAGCAGCUGCGGUGCAAUGGGGUGCUGGAAGGCAUUCGCAUCUGCCGGCAGGGCUUCCCCAACCGGAUCGUCUUCCAGGAGUUCCGCCAACGCUACGAGAUCCUGGCGGCGAAUGCCAUCCCCAAAGGCUUCAUGGACGGGAAGCAGGCCUGCAUUCUCAUGAUCAAAGCCCUGGAACUUGACCCCAACUUAUACAGGAUAGGGCAGAGCAAAAUCUUCUUCCGAACUGGCGUCCUGGCCCACCUAGAGGAGGAGCGAGAUUUGAAGAUCACCGAUGUCAUCAUGGCCUUCCAGGCGAUGUGUCGUGGCUACUUGGCCAGAAAGGCUUUUGCCAAGAGGCAGCAGCAGCUGACCGCCAUGAAGGUGAUUCAGAGGAACUGCGCCGCCUACCUCAAGCUGCGGAACUGGCAGUGGUGGAGGCUUUUCACCAAAGUGAAGCCACUGCUGCAGGUGACACGGCAGGAGGAGGAGAUGCAGGCCAAGGAGGAUGAACUGCAGAAGACCAAGGAGCGGCAGCAGAAGGCAGAGAAUGAGCUUAAGGAGCUGGAACAGAAGCACUCGCAGCUGACCGAGGAGAAGAACCUGCUACAGGAACAGCUGCAGGCAGAGACAGAGCUGUAUGCAGAGGCUGAGGAGAUGCGGGUGCGGCUGGCGGCCAAGAAGCAGGAGCUGGAGGAGAUACUGCAUGAGAUGGAGGCCCGCCUGGAGGAGGAGGAAGACAGGGGCCAGCAGCUACAGGCUGAAAGGAAGAAGAUGGCCCAGCAGAUGCUGGACCUUGAAGAACAGCUGGAGGAGGAGGAAGCUGCCAGGCAGAAGCUGCAACUUGAGAAGGUCACGGCUGAGGCCAAGAUCAAGAAACUGGAGGAUGAGAUCCUGGUCAUGGAUGAUCAGAACAAUAAACUAUCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-705.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -740.90

Frequency: 0.0000

Diversity: 580.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((.((((((.(((((..(((((((((((((........(((((......).))))........)).(((......))).(((..(((((((((((.(((((((...(((((((.((((......((((......))))((((((((...((((..(((((.(((....))))))))..))))(((((((((.((((.(.........).)))))))).)))))..(((....)))(((((...........))))).((((..(((...((.((((.(.(((..(((((((......((....)).....)))))))..)))))))))))))))))......))))))))...)))))))))))))))..)))))))))))))).)))...............))))))))((((((((((..((...((((((((......(((((((.(((((((((((((..((((.((...((((((((..((((....((((((......))))))....))))((((...)))).................((((.((((.(((((((((((.((.....)).)))).......(((((((.......))))))).....(((....))))))))))))))))))..)))))))))).))))..))((((((.(.......))))))).((((((.(((.........))).)))))).......((.((...)).))...(((......)))....)))).........)).))))))))))))....((((((((..((.(((((((((...(((.....)))..((((.(((((((...((((..........))))..)))).)))..((((...((((((((..((((..(((.......(((.((((((((...))))))))))))).)..))))..)))))))))))).....)))))))))).))).((((((((.......(((((((((...(((...((((.(.(((...((((((....))))))...))))))))...))).....)))))))))...))))).)))..((((........))))(((.(((((((((((..((((((.(((((((...((((((((..((((.((...((((...(((...((((((((((....(((((........))))).(((((((((.(((.(((((...((((((...((((.............)))).))))))....((((.(((((((((.....(((......)))........))))))).))..))))..)))))((.(((.((.(((.((((...)))).))))).)))))...((((((.((((....))))))))))((((.((.((((((((.((((.....))))..)))).....)))))).)))).((((..((((.(..(((.((((((((((.....((((((....)))))))))))))))).)))..).))))..))))..))))))))))))..)).)))))....)))...).)).)))).))..))).)..))).........((((...(.((((...(((..(((((((((.((..((..((.......((((...))))..(..(((((.((((........)))).)))))..)))..)))).)))))))))..))).)))))...)))).))))))))))))))).)))..)).)..)))))))))))))..))))))))....(((((.(((((((((...((((..............)))).)))...)))))).)))))..)))))..))).))..)))).))))))..(((...(((((..((((....))))..)))))...)))..............))).))))).)))(((((((....)))))))........))).))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{,,.{{{{,((((((,({{((..((({,{{{{{{||...,,,,,|||||,,...,}...,,......,,||{((({,,,.,}||,(,,..(((((((((((.(((((((...(((((((.{{,..,....|{{,.{{,,,||||((((((((,{{{(((..(((((.{((....))})))))..)))}(((((((((.((((.(.........,.)))))))).)))))..(((,,,,}}}(((((...........))))),(((((.((.......|)|))).))},,|||||{{{{,...,.{{{,..||.,,||}}}}}||}}}},)))},))),))),....}))),,}))}}}))).)))))))))))..)))))))))))))).,}}..............,.,}||||,((((((((((..((...{({(((((.,{,{.(((((((.((((({((((((,{.((((.((...((((((({..((((....((((((......))))))....)))}((((...)))).............,,..((((.((({{(((((((((((.{(,,,,.}}.))))},,...,(((((((....,,.}}}}})),....{|{.,}.}}})))))))))))))))..}))))))))}.))))..|{(((((.{({{{....,,,,||},((((((.(((,......,,))).)))))).......,|.,}},)})}))),.{{{......)))...))))).........)),})))))))))))....((((((((..({.({{{(((({.,.{{(,{{..,||.{((((.(((((((...((((..........))))..)))).)))..,{{(.{{((((((((..((((...,{.......(((.((((((((...))))))))))),}.,..))))..))))))))))),.....))))))),)),},,.|||||{{{.,,,,,{(((((((((.{.(((.,,((((.{.(({...((((((....))))))...)))}))))...))}...}.))))))))}.}}))))},}}}..|(((|||{{,|,|,||(({,(({{{{{|||..,|||,{({((,,((((((.{((,((....||...}},.}))))).}}}}}.|||{{{{{{{....(((((........))))).((((({(({{(((,{{.,,...((((((...((((.............)))).)))))).,,.,,..,(({((((({,..,{{((.{{{{.|||,.,,....))}))})}.}},||||,.}}|||{(.{{{.((.(((.((((...)))).))))),))|||{,.((((({{{{{,..,,}}}})))}}},(((,((,{{.|||{{,||{|.,,..)))).,))))..,..|||||}|||||.((((..((((.(..(((.((((((((((..,{,(({(((....)))))))))))))))).)))..).))))..)))),})})})))))}))..}}.}}}))..||})}.....}}..}}.,}}}},)),}..}||......,.{((((...}}))},...{{{..||{{{|{{{,||,.||..{|.,.....||||},.}}))..{,,(((((.((((........)))).)))))..)))}.)))),))))))))),,|}},|}})||..,}||||},,||}}}}}))}}.}))),)},},})}}}))),)))))..))))))))....(((((.(((((((((...((((,............,)))).})}...)))))).)))))..)))))..))}.))..)))),,)))))..{((,,.{{||{..{(((,,..}|||,.}}}}}..,)))....}},,,...,}))},)))),.,,)|||||||,,,.||||}||.........}},))}...