Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NAPEPLD_0003000

Sequence Length

2143 nt

GC Content

0.4176

GUGGCCUCAGCUUUUCCUCUGAACUUCCUAAAGAGAGAAGUAUCAUGAAAUCUUAAGAGUUUUCCCAGUGACAGAAAUGACAAAGCCAGGUGCUCUGGAGAAGAAUUUUUCCUGAAACGAGAUGGGAGGGAAAUGUUUCUGGGGUAAGUAGGAAGGUGGAGGUGGUACCAAGUCUGCAGCCUGAACACAUACAUGGUGAGUUUCAUGAGGUGGCUUCCUAUGAGAGACCUCCAUGCAGCUAUAUAGCAUGGUACCAGAGCACAAUUCAGUAAAAGAGCUUUAUAAAAGCCAGGACUGUGAUGCUGCAACCUUACCACUUUUUGUUGGCCUAGCUUAAUCCAAGUAUAAAAUGUAGAAUAACCAAGGGAUAAUACUCUUCACGCUUUGUUAUAGUUAUUGUUUUAUAUCCAUUUACGGCCCCCCUUAUCUCAGUGAUCAGCUUCUCACAGGAAGGGAUCAUAUUCACGUUGGUUUGAUUAAUGGUAGAAAAUCAGAAAGGUAAGGAAUGAGGAAAACAAUUUAUGACUGUGAUUUGUCCAGGAAUCAUCACAGCGCUCCAUUUUGAAUUAUAGGUACUCAGAAAGUGAGAUUCAGGCCAGGCACAGUGGCUCACGCCUAUAAUACCAGCACUUUGGGAGGGCAAGACAGGAUGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCAAGAUCAAUCUGGGCAACAUAAUGAGACCCUGUCUCUACAAAAAAUAAAAAAUUAGCUGGAUAUGGUGGUGCUGUGUGCCUGUGAUCCCAGCUGAGAGGUUGAGGUGGGAUGAUCACUUGACCCUGGGGGGUUGUGGCUGUAGAGAGCUGUGAUUAUGCCACUGCACCCCAGCCUGGGUAACAGAGCGAGAGCCUGUCUCAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAUAUCAGAUUCAUGAUUCAUGUCUGAGAGCCAAGAGCUACAAAUAAAUGGUCAUAAGCUUUCUUUACUAUUUCCAGGGACUGACCUGCUUUUAAGGCAGUUUUUAGCAGCAAAUACAUCAGCUGAGUAGAAUGGCAAUAGAAAAAUGACUGCAUCUAGGCCAGUCUACUUCUGGCAGUACUGAAGAGAGCCUUUAAAAAAUUGAUACAUUUAGCAGCACUCAAAGUUUUAAAUUUAAUUUUCUCUUUUGCAUUUGGGAGGAAGAAGAUUACCAUAUUAUCAUGAUUAUUAAGUCAGAUUCAGAAAGAAGUAUGCAUUUUCAAGAAAAAAGCAAAAGUGUAGCAAGUUUAUUGAAUGACUUUAGUUCUCUUAAAACAGCUCUUCUUGCCAUUAUUUAGGUCAAAAUGUGGACUAUGAUGAUAUAAUACUUUUUUUUCUAACUACUCUUUUGUCUUGCUUUCUUUAUACACAAAGGAACUAGACAAAGAACUCCCAGUGCUUAAGCCAUAUUUUAUCACUAACCCUGAAGAAGCUGGAGUGAGGGAAGCUGGCUUAAGAGUCACAUGGCUGGGACAUGCCACGGUAAUGGUGGAAAUGGAUGAGCUCAUAUUUCUCACGGAUCCCAUCUUUAGCUCUCGUGCUUCACCAUCGCAGUACAUGGGUCCAAAGCGAUUUCGUCGUUCCCCGUGCACAAUAAGUGAACUCCCUCCAAUAGAUGCGGUCCUUAUCAGUCACAACCACUAUGACCAUCUGGACUACAAUUCUGUCAUUGCUUUGAAUGAGCGAUUUGGUAAUGAGUUGAGAUGGUUUGUGCCUUUGGGUCUCCUUGACUGGAUGCAAAAAUGUGGCUGUGAGAAUGUGAUUGAGUUGGACUGGUGGGAGGAGAAUUGUGUCCCCGGACAUGAUAAGGUCACUUUUGUCUUUACACCUUCCCAGCACUGGUGUAAAAGGACUCUAAUGGAUGACAACAAGGUGCUAUGGGGCAGCUGGUCUGUCUUGGGGCCUUGGAAUCGAUUUUUUUUCGCAGGAGAUACUGGUUAUUGCCCUGCUUUUGAAGAGAUAGGAAAAAGAUUUGGACCUUUUGACCUUGCAGCUAUUCCCAUCGGAGCUUAUGAACCGAGGUGGUUUAUGAAAUACCAGCAUGUAGACCCAGAAGAAGCUGUAAGGAUUCACACUGAUGUCCAAACAAAGAAAUCUAUGGCAAUUCACUGGGGAACUUUUGCCUUAGCAAAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-616.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -658.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 609.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((....)))((((...((((((((((....)).))))).))).))))....((((((((.((((((((............((((((...(((((((((((((((.((((......((((((((.(((........(((((.(((...((((((((((((((((((((.(.(((.(((.((........(((((.(.(((((...(((......)))....)))))).))))))))))...)))).)))))))...(((((...((((....(.(((((...))))))...))))...)).))).))))..))))))))).))).)))))..........(((((((((((((.(((((.(((.(.............).))).)))))..))).))))))))))((......)).))).)))))))).((((((..(((((....))))).))))))((((((((((...(((((..(((....((((((.(...(((((...............)))))...).))))))..)))..)))))...)))))........)))))(((((((.((((.....)))).....(((((.......)))))...)))))))(((((((....(((((((((.((((((((((((((.(((((((......)))))))((((.((((((..((((((((((((...)))))...................((((...(((((((.((.......((((...((((((((.(.(((.(.(((((.((((((((..(((((....)))))..((((......)))))))))))).))))).)))))))).)))))..)))).((((((((.((((((((....................(((((((((....((((((...(((((.(((((((..((((((..(((((((......(((((((((..((((((((((.((((.((((((((((.(((.......)))))))).....((((..........))))((((((.((((..((((............)))).)))).))))))))))).)))).)))))))))).(((((((..((((...............))))..)))))))..((((((((((((((.......))))).)))))))))..........)))))))))((((((..(((((.(((.....((((((((.............)))))))).....))).)))))))))))))))))).........)))))).(((((........)).))).))))))).)))))))))))....)))))))))........(((((.((((.(.(((((((......)))))))).)))))))))....(((((((((((((((..((((.(((((....((.....))....))))).))))..)))))))))...))).)))))))))))..((((.......))))....(((((.(.((............)).).)))))...)))))))))).)))))))..)))).((((((.....((((((...)))))).))))))(((.....)))...(((((((........((((((...(((((((((.((((...((((((((.((((.((...(((..(((((((.....))))))).)))...)))))).))))))))..(((..((.((((.....)))).)).))).....)))).........)))))))))...))))))...))))).))))))))).))))))..))))..))))).)))))))))....)))))))))..)))))))..((((.((((((.....((((((.((.((((....)))).)).)).))))))))))))))))))..)))))))))))...))))...))))))(((((((((((((...)))).)))).......(((((((.((.(((((((((((((.(((((.((((..(....)..)))))).(((((((.............)))))))..)))..))))))))))..)))....)).)))))))((.((....)).)))))))))))))))))))))))))((((.....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,,|,,,,|||{{{{,{{({{{{{{{{{..,,)),))))).}}}.},......{((((((((((((((((,.....,|....((((((,,,(((((((((({{{,{.{{((.,....((((((((.(((,,,{{,..,((((.(((,,,((((((((((((((((((((.(.{((.(({,((........(((((.(.{(((({(,(((......)))}})})),})}.))))))))))...}})).)))))))..,((({{.,.((((....{.(((({...}))))}...)))),}.))})}).})))..))))))))}.}}}.)))}||||,.,|,,.(((((((((({({.(((((.((({(..........,..}.))).)))))..}}},,))))))))),{....,,}|,})}|)}}))))).((((((..(((((....})))).)))))).....(((((...(((((..(((....((((((.,...(({{{..,{...........)))))..,}.))))))..)))..)))))...))))),{{,.,,,{||,,{{{{{{{.{|||,,..,}))).....|{{((,,,,,..))))}...|||}}}}{{(((((,.,.{((((((((.(((((((({(((({.(((((((,.....))))))){{{{.{|||{{..{{{{{{{(((((...)))))...................{{((|,.|{(({({.((|,|.||{((((...((((((((.(.(({|{.(((((.((((((((..(((((....))))),.((((......)))))))))))).))))).))))))))},))))..)))).||||,|||,||{((((((({.........................,,.....,{({,,....||,,},.))))))))|{{,.{{,|||,....{{{(((((({,,.((((((((((.((((.((((((((((.(((.......)))))))),....((((..........))))((((((.((((..((((....,,....,,)))).)))).)))))),)))).)))).))))))))))..,,,.....,|||}.}}}}}}|,|||.,,,,,,|||,,,,,..,}}}}}},,,,,,,{{{,,{(((((((((((((.{{..((((((((((({{,,..,||||{..{{{,,.((({{{..,((,{(((.,{{,....,{{.|||||}},.{{,.,,,.))),,,}))))),))}.))},.,}}..}}.}}}}}}|{{{,.{{{,.||,,.,,,,}}})}}}))))))))))..},.,)))))))).......((((((((((.(.(((((((......)))))))).))))))))).)))))))}}|((((((((..((({.(((((...{({.....}}..}}))))).})))..))))))))|{{....,{{|||,|,.{{{.((((.,.....))))..})),,),))),})),,,,)))..,|,},}}}}}},,}}}}}},},}},})))))},.)))).((((((.....((((((...)))))}.))))))(((.....)))..{(((((((........((((((...(((((((((.((((...((((((((.((((.((.,.(({..(((((((.....))))))).})).,.)))))).))))))))..{((,,((.{(((,....}}}},)).))}.,...,,)),.}}}.,..)))))))))...))))))}.,))))).}.))))))).)))))).,))))..})))).)))))))}|,,,,||}}}}}}}..}})))))..{|||.|{{{{{,||,,{{{..(,(({({((...,||||,}}.}}}))))))))}))))))}}}..}}}}|||||}},|{||}|,,,}}}}})|||{,|||||{{,...}))),}})}.....,.(((((((.,{.(((((((((((((.(((((.((((..(....)..)))))).(((((((,............)))))))..)))..))))))))))..)))....}}.))))))},..,,...,)).,}}},,,)))))))))))))))|||,,,,,},..))))