Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0024200

Sequence Length

1743 nt

GC Content

0.3964

GAGAAAAGUUGAAAUUAUGCACACCCAUAGUCUUUUCACUCUUCUUGGAGAAAGGCUGAUGUUGCAUACAAACACUGUGACUGUCACCACAUACAACACACUUUAUGAGAUCUUGACAGAACAAGUAUGUACUCAGGUCGUACACAAACCACAUCCAGAGCCAGAUUCUACAGUGAAAAUUCAGAAUCCAAUGAUUCUUAAAGUGGUGGCAACUUUGUUAAAAAACUCUACACCAAGUGCAGAGCUGAUGGAAGUUCGUCGUUUAUUUUUAUCUGAUAUGAUAAAACUUUUCAGUAACAGCCGUGAAAAUAGAAGAUGCUUAUUGCAGUGUUCAGUGUGGCAGGAUUGGAUGUUUUCUCUUGGCUAUAUCAAUCCUAAAAAUUCUGAGGAACAGAAGAUUACCGAAAUGGUCUACAAUAUCUUCCGGAUUCUUUUGUAUCAUGCAAUAAAAUAUGAAUGGGGAGGCUGGAGAGUCUGGGUGGAUACCCUCUCAAUAGCCCAUUCCAAGGUCACUUAUGAAGCUCAUAAGGAAUACCUAGCCAAAAUGUAUGAGGAAUAUCAAAGACAAGAGGAGGAAAACAUUAAAAAGGGAAAGAAAGGGAAUGUGAGCACCAUCUCUGGUCUUUCAUCACAGACAACAGGAGCAAAAGGUGGAAUGGAAAUUCGAGAGAUAGAAGAUCUUUCACAAAGCCAGAGCCCAGAAAGUGAGACCGAUUACCCUGUCAGCACAGAUACUCGAGACUUACUCAUGUCAACAAAAGUGUCAGAUGAUAUUCUUGGAAAUUCAGAUAGACCAGGAAGUGGUGUACAUGUGGAAGUACAUGAUCUUUUAGUAGAUAUAAAAGCAGAGAAAGUGGAAGCAACAGAAGUAAAGCUCGAUGAUAUGGAUUUAUCACCGGAGACUUUAGUAGGUGGAGAGAAUGGUGCCCUUGUGGAGGUUGAAUCUCUGUUGGAUAAUGUAUAUAGUGCUGCUGUUGAGAAACUCCAGAACAAUGUACAUGGAAGUGUUGGUAUCAUUAAAAAAAAUGAAGAAAAGGAUAAUGGUCCAUUGAUAACAUUAGCAGAUGAGAAAGAAGACCUUCCCAAUAGUAGUACAUCAUUUCUCUUUGAUAAAAUACCCAAACAGGAGGAAAAACUACUUCCUGAACUUUCUAGCAAUCACAUUAUUCCAAAUAUUCAGGACACACAAGUACAUCUUGGUGUUAGUGAUGAUCUUGGAUUGCUUGCUCACAUGACCGGUAGCGUAGACUUAACUUGUACAUCCAGUAUAAUAGAAGAAAAAGAAUUCAAAAUCCAUACAACUUCAGAUGGAAUGAGCAGUAUUUCUGAAAGAGACUUAGCGUCAUCAACUAAGGGGCUGGAGUAUGCUGAAAUGACUGCUACAACUCUGGAAACUGAGUCUUCUAGUAGCAAAAUUGUACCAAAUAUUGAUGCAGGAAGUAUAAUUUCAGAUACUGAAAGGUCUGACGAUGGCAAAGAAUCAGGAAAAGAAAUCCGAAAAAUCCAAACAACUACUACGACACAAGCUGUGCAGGGUCGGUCUAUCACCCAACAAGACCGAGAUCUCCGAGUUGAUUUAGGAUUUCGAGGAAUGCCAAUGACUGAGGAACAGCGACGCCAGUUUAGCCCAGGUCCACGGACUACAAUGUUUCGUAUUCCUGAGUUUAAAUGGUCUCCAAUGCACCAGCGGCUUCUCACUGAUUUACUAUUUGCAUUAGAAACUGAUGUACAUGUUUGGAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-425.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -462.94

Frequency: 0.0000

Diversity: 338.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..(((((((..((((((((.(((.((((.(((((.((((((((((((((((.(((((.((((((((.((((((((((.(((((((((.....................((((......))))..(((((.......))))).....(((....((((.....))))...))).......((((((....))))))....)))))))))(((((.........((((.(((...))).))))......))))).((((.((((((((((((((...(((.........)))....)))..))))))))))).))))....))))))))))..)))).)))).)))))...)))))))((((((.......((((..........))))((((((((.(.(((.((.(((.......))))).)))).)))))))).(((((........))))).(((((.(((((..(((...((((....)))).)))..)))))..)))))((((..(((((((...)))))))....))))))))))......(((......)))....)))))))))))))).))))....))).......((..(((((((((((((.((((((((.((......((((............(((....(((......(((((((.....)))))))......)))..))).....((((((.((((.((..((((....)))).)).))).).))))))..))))..(((.((((((....)))))).)))........)).))))))))..)))))...((((((....))))))..((((((.......))))))...(((((((............(.(((((((((.(((((......))))).).))).))))).).((((((((((((((((..((((.(((((((...(((((((((....((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))....((((((...(((((......)))))......((((....)))).....))))))))))))).)).......))))))).)).....))..))))).)))))))........))))....(((((((........))))))).)))))))(((((.........(((((((..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).)))))))))).))))))))..)).)).))))))..)))))))((((.....)))).......(((......)))....(((((.(.......)))))).(((((((((((((.(......(((((((.((.........)).))).))))...).))))).)))))).))((((........)))))))((.....((((..(((((((....((((((((((.(((....((((((...)))))).(((.......)))...(((((((((.(((.....((((..((((((((((((.......((((...))))..((((((((((...........)))))))....))).))))).))).)))))))).(((..((((..((((.(((((..((((.((.....(((.((........)).)))....)).)))).))))).))))....)))).)))...((....))..))).)).)))))))))).))))))))))....))..)))))..))))....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({..{((((((..(((((({{.(((.((((.(((((.((((((((((((((({.(((((.((((((((.((((((((({.(((((((((.........,,,.,,,|,{,{({{{,.,,..},,|,,|||,(,,.||,,|}}}......,||..,.,|||..,|||||}..,}}).....,.((((((....))))))....))))))))},{(({.,.......((((.(((...))).)))).|.,..}}}}},{(((.((((((((((((((.{{(((.........))).}}.)))..))))))))))).))))....})))))))))..))))}}))).)))))...)))))))((((((,......((((..........))))((((((((.{.(((.{{.({{.......))}}}.)))}.)))))))).(((((........))))).{((((.(((((..(((...((((....)))).)))..)))))..))))}{(((..(((((((...)))))))....))))))))))......(((......))}....)))))))))))))).))))....))).......((..(((((((((((((.((((((((.((......{{,,.,.{{.,.....(((.,..(((......(((((((.....)))))))......)))..)))}....((((((.((((.{{..((((....)))).}}.))).).))))))..}}}}..(({.{(((((....)))))).)))........)).))))))))..))))),..((((((....)))))){{((,,,,..}}}}.,,,,}|,..(((((((,.......,...(.(((((((((.(((((......))))).},))).))))).}.{{{(((((((((((((..((((.(((((((...(((((((((....((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))....{(((({...(((((......)))))......((((....)))).....}}})))))))))).)).......))))))),)),....,)..)))))}))))))),.......,}}}....(((((((........))))))).))))))){{{{{,,.......((((({(..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).)))))))))),))))))))..)).}}.))))))..))))))|{{{{.{|{.||}}..,,{{{({.......}}}....(((((.{.......}))))).{{(((((((((((.,......(((((((.((.........)).)))}})))...}.))))),}))))).},,(((.{....}.)))))))||,.,..(({{..((((({{....{(((((((({.(((|...,,(((({{.,,,,.,.})))}}.,,,,,,...,(((((({{..,(,..{{({,.{{((((((((((((.....,.((({...}))),.{({(((((((...........)))))))...,}},.))))).))).))))))}}.(((..((({..({((.(((({..((((.(({{.,,(((,{(,{,....|||,}}}...,)).)))).}}))),})))....)))).)))..,{{..,.))},)))})).)))))))})).)))))))))}....))..))))).,))))..,,))