Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0027100

Sequence Length

1552 nt

GC Content

0.3963

UGAUUCUUAAAGUGGUGGCAACUUUGUUAAAAAACUCUACACCAAGUGCAGAGCUGAUGGAAGUUCGUCGUUUAUUUUUAUCUGAUAUGAUAAAACUUUUCAGUAACAGCCGUGAAAAUAGAAGAUGCUUAUUGCAGUGUUCAGUGUGGCAGGAUUGGAUGUUUUCUCUUGGCUAUAUCAAUCCUAAAAAUUCUGAGGAACAGAAGAUUACCGAAAUGGUCUACAAUAUCUUCCGGAUUCUUUUGUAUCAUGCAAUAAAAUAUGAAUGGGGAGGCUGGAGAGUCUGGGUGGAUACCCUCUCAAUAGCCCAUUCCAAGGUCACUUAUGAAGCUCAUAAGGAAUACCUAGCCAAAAUGUAUGAGGAAUAUCAAAGACAAGAGGAGGAAAACAUUAAAAAGGGAAAGAAAGGGAAUGUGAGCACCAUCUCUGGUCUUUCAUCACAGACAACAGGAGCAAAAGGUGGAAUGGAAAUUCGAGAGAUAGAAGAUCUUUCACAAAGCCAGAGCCCAGAAAGUGAGACCGAUUACCCUGUCAGCACAGAUACUCGAGACUUACUCAUGUCAACAAAAGUGUCAGAUGAUAUUCUUGGAAAUUCAGAUAGACCAGGAAGUGGUGUACAUGUGGAAGUACAUGAUCUUUUAGUAGAUAUAAAAGCAGAGAAAGUGGAAGCAACAGAAGUAAAGCUCGAUGAUAUGGAUUUAUCACCGGAGACUUUAGUAGGUGGAGAGAAUGGUGCCCUUGUGGAGGUUGAAUCUCUGUUGGAUAAUGUAUAUAGUGCUGCUGUUGAGAAACUCCAGAACAAUGUACAUGGAAGUGUUGGUAUCAUUAAAAAAAAUGAAGAAAAGGAUAAUGGUCCAUUGAUAACAUUAGCAGAUGAGAAAGAAGACCUUCCCAAUAGUAGUACAUCAUUUCUCUUUGAUAAAAUACCCAAACAGGAGGAAAAACUACUUCCUGAACUUUCUAGCAAUCACAUUAUUCCAAAUAUUCAGGACACACAAGUACAUCUUGGUGUUAGUGAUGAUCUUGGAUUGCUUGCUCACAUGACCGGUAGCGUAGACUUAACUUGUACAUCCAGUAUAAUAGAAGAAAAAGAAUUCAAAAUCCAUACAACUUCAGAUGGAAUGAGCAGUAUUUCUGAAAGAGACUUAGCGUCAUCAACUAAGGGGCUGGAGUAUGCUGAAAUGACUGCUACAACUCUGGAAACUGAGUCUUCUAGUAGCAAAAUUGUACCAAAUAUUGAUGCAGGAAGUAUAAUUUCAGAUACUGAAAGGUCUGACGAUGGCAAAGAAUCAGGAAAAGAAAUCCGAAAAAUCCAAACAACUACUACGACACAAGCUGUGCAGGGUCGGUCUAUCACCCAACAAGACCGAGAUCUCCGAGUUGAUUUAGGAUUUCGAGGAAUGCCAAUGACUGAGGAACAGCGACGCCAGUUUAGCCCAGGUCCACGGACUACAAUGUUUCGUAUUCCUGAGUUUAAAUGGUCUCCAAUGCACCAGCGGCUUCUCACUGAUUUACUAUUUGCAUUAGAAACUGAUGUACAUGUUUGGAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-377.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -410.48

Frequency: 0.0000

Diversity: 392.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..(((((..(((.((((((..............((((.(((...))).))))(((((......((((((((....((((((......))))))(((((((((((.(((((.......((((((.((((((((.((.((....((((((.(((((((.((((..((....))..))))))))))).....(((((.....)))))............(((((((..((((((((...(((((((((.(((((........))))).(((((.(((((..(((...((((....)))).)))..)))))..)))))((((..(((((((...)))))))....))))............(((......)))...))))))))))))).....................((..(((((((((((((.((((((((.((......((((............(((....(((......(((((((.....)))))))......)))..))).....((((((.((((.((..((((....)))).)).))).).))))))..))))..(((.((((((....)))))).)))........)).))))))))..)))))...((((((....))))))..((((((.......))))))...(((((((............(.(((((((((.(((((......))))).).))).))))).).((((((((((((((((..((((.(((((((...(((((((((....((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))....((((((...(((((......)))))......((((....)))).....))))))))))))).)).......))))))).)).....))..))))).)))))))........))))....(((((((........))))))).)))))))(((((.........(((((((..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).)))))))))).))))))))..))))))..)))))))....((((((.....)))))).....(((......))).....)))))).....))..)).))))))))...)))))).......(((((.........))))).)))))..(((.((..........)))))...(((((((....(..(((((.(((.(((.(((......))).))).))).)))))..)..))))))))))))))))))..))))))))......))))).........(((...((((((((((((((.......((((...))))..((((((((((...........)))))))....))).))))).))).))))))...))).)))).)).))).)))))..)(...((((....(((.((((...((((((......).)))))...)))).)))....))))((((((.(((.(((.(......).)))..........((((((((...))))))))..)))))))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(..,,,,({{(((,,,,,|,,}}}}}.......}((((.,,({{{|||.||{{(((,({,.,{,|{(((,(({{{{((((((,,...,||}}},,,{{{|||{||.}}|,,|}}}}}}}}||.,||{{,,..,|||{{.|||{{{,{{{|(((((({(((((..((....)}..))))))))))}.....(((((.....))))}..,,........{((((((..{{((((((...(((((({((.((((({{......,,,||.(((({.(((((..(((...((((....)))).)))..))))),.)))),((((..(((((((...)))))))....))))........}}}}|||......}}}...)}}}}})))))},.....................((..(((((((((((((.((((((((.((......{{,,.,.{{.,.....(((.,..(((......(((((((.....)))))))......)))..)))}....((((((.((((.{{..((((....)))).}}.))).).))))))..}}}}..(({.{(((((....)))))).)))........)).))))))))..))))),..((((((....)))))){{((,,,,..}}}}.,,,,}|,..(((((((,.......,...(.(((((((((.(((((......))))).},))).))))).}.{{{(((((((((((((..((((.(((((((...(((((((((....((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))....{(((({...(((((......)))))......((((....)))).....}}})))))))))).)).......))))))),)),....,)..)))))}))))))),.......,}}}....(((((((........))))))).))))))){{{{{,,.......((((({(..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).)))))})))),))))))))..))}}}}..))))))}....{(((((.{{{.||||,,{{(((({.......,||....(((((.{.......}))))).{{(((((((((((.,......(((((((.((.........)).)))}})))...}.))))),,))))).},,{((,|,,..,.}}})}))))}{{,,({,.,{{||,...},}.})),))).))),)}})},,|||||.},))))))))},}))})})))}..,,,}}},||,.......{{(...{(((((((((((((.,...,.((({...}))),.{({(((((((...........)))))))...,}},,))))).))).)))))),..}}}.,}))}.,.})),}}||},.||({.((((.,,,(((.((((...((((((......))}))))...)))).))).,,.)))).}}|...||.}}}|)})}}}}})})),.......{{.((((((((...)))))))).}}),,))),))))