Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0028300

Sequence Length

1222 nt

GC Content

0.3993

CUCAUAAGGAAUACCUAGCCAAAAUGUAUGAGGAAUAUCAAAGACAAGAGGAGGAAAACAUUAAAAAGGGAAAGAAAGGGAAUGUGAGCACCAUCUCUGGUCUUUCAUCACAGACAACAGGAGCAAAAGGUGGAAUGGAAAUUCGAGAGAUAGAAGAUCUUUCACAAAGCCAGAGCCCAGAAAGUGAGACCGAUUACCCUGUCAGCACAGAUACUCGAGACUUACUCAUGUCAACAAAAGUGUCAGAUGAUAUUCUUGGAAAUUCAGAUAGACCAGGAAGUGGUGUACAUGUGGAAGUACAUGAUCUUUUAGUAGAUAUAAAAGCAGAGAAAGUGGAAGCAACAGAAGUAAAGCUCGAUGAUAUGGAUUUAUCACCGGAGACUUUAGUAGGUGGAGAGAAUGGUGCCCUUGUGGAGGUUGAAUCUCUGUUGGAUAAUGUAUAUAGUGCUGCUGUUGAGAAACUCCAGAACAAUGUACAUGGAAGUGUUGGUAUCAUUAAAAAAAAUGAAGAAAAGGAUAAUGGUCCAUUGAUAACAUUAGCAGAUGAGAAAGAAGACCUUCCCAAUAGUAGUACAUCAUUUCUCUUUGAUAAAAUACCCAAACAGGAGGAAAAACUACUUCCUGAACUUUCUAGCAAUCACAUUAUUCCAAAUAUUCAGGACACACAAGUACAUCUUGGUGUUAGUGAUGAUCUUGGAUUGCUUGCUCACAUGACCGGUAGCGUAGACUUAACUUGUACAUCCAGUAUAAUAGAAGAAAAAGAAUUCAAAAUCCAUACAACUUCAGAUGGAAUGAGCAGUAUUUCUGAAAGAGACUUAGCGUCAUCAACUAAGGGGCUGGAGUAUGCUGAAAUGACUGCUACAACUCUGGAAACUGAGUCUUCUAGUAGCAAAAUUGUACCAAAUAUUGAUGCAGGAAGUAUAAUUUCAGAUACUGAAAGGUCUGACGAUGGCAAAGAAUCAGGAAAAGAAAUCCGAAAAAUCCAAACAACUACUACGACACAAGCUGUGCAGGGUCGGUCUAUCACCCAACAAGACCGAGAUCUCCGAGUUGAUUUAGGAUUUCGAGGAAUGCCAAUGACUGAGGAACAGCGACGCCAGUUUAGCCCAGGUCCACGGACUACAAUGUUUCGUAUUCCUGAGUUUAAAUGGUCUCCAAUGCACCAGCGGCUUCUCACUGAUUUACUAUUUGCAUUAGAAACUGAUGUACAUGUUUGGAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-286.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -311.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 332.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((....)))..........))))))........(((((.(((((.((...(((((..................))))).....)).))))).)))))((.((.((((((..((((((....((((.(.((((.....(((((((.....))))))).....((....)).......((((((((((...((((((((((...((((...(((.....))).)))).......(((((........(((((((.............)))))))((((((......((((.((.((.((((((((((((.........((..(((((((............(.(((((((((.(((((......))))).).))).))))).).((((((((((((((((..((((.(((((((...(((((((((....((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))....((((((...(((((......)))))......((((....)))).....))))))))))))).)).......))))))).)).....))..))))).)))))))........))))....(((((((........))))))).))))))).))...........(((((((..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).)))))...((((((..(......)..)))).)).(((...((((((.....))))))...)))...............(((((.(.......)))))).(((((((((((((.(......(((((((.((.........)).))).))))...).))))).)))))).))..(((((((....(..(((((.(((.(((.(((......))).))).))).)))))..)..)))))))))))))))))))))))(((........))).(((.......)))......))))......)))))))))))..)))).))))))))))))..))))..........((((((((..((.....))..))))))))......((((..((((.(((((..((((.((.....(((.((........)).)))....)).)))).))))).))))....)))).)))).).))))....))))))...............((((((((...))))))))..)))))))).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({...{((....|||..{{....{{|,{{|,.....}}|,{{{{.,{{{{.{{...,{{{{...............{{.,||||{,{{,||,|}|||{||||,|{.,,.,.{{{,..,(({{{....((({,,.(((......(((((((.....))))))).....,}},..})},....,((((({((((..,{{(((({,,{,,,|,||.},|.|.|,,,)},.})))..,,..,(((((....}}}}}|{|||{.......},.}}})))))},|||||{,.((((((....)))))}{((({,{{..|},,.....,{{..(((((((,.......,...{.(((((((((.(((((......))))).},))).))))).}.{{{(((((((((((((..((((.(((((((...(((((((({....((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))....{(((({...(((((......)))))......((((....)))).....}}})))))))))).)).......))))))),)),....,)..)))))}))))))),.......,}}}....(((((((........))))))).))))))),||,,,........(((((((..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).)))))}}}}}||||}}}}}..}}|,|}}|{{{{{{{,...{(((((.{{{.||||,.{{(((({.......,,|....(((((.{.......}))))).{{(((((((((((.,......(((((((.((.........)).)))}})))...}.))))),}))))).},,{((,|,,..}.}}})}})})}{{,,((,.,,{||,...},,.})),))).))),)}}}},,{((((.,.)))))))))))}}}|,|,,,.....|||.(((.......}}|,,..,,||||,,{,{||,},.,|,|||..}}))})}}|||||||||{..,,,......,}}}|||,,{||,,,|}}}}.))}.)))))))}.{{{..((((..((((.(((((..((((.((,{.,.(((.((.,.....,)).)))...})).)))).))))).))))....)))).)))..,{|,,}.}}})||||||.|,||,.....,,.((((((((...)))))))).}))))})))))}}