Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0028700

Sequence Length

1143 nt

GC Content

0.3946

AGAAUGGUGCCCUUGUGGAGGUUGAAUCUCUGUUGGAUAAUGUAUAUAGUGCUGCUGUUGAGAAACUCCAGAACAAUGUACAUGGAAGUGUUGGUAUCAUUAAAAAAAAUGAAGAAAAGGAUAAUGGUCCAUUGAUAACAUUAGCAGAUGAGAAAGAAGACCUUCCCAAUAGUAGUACAUCAUUUCUCUUUGAUAAAAUACCCAAACAGGAGGAAAAACUACUUCCUGAACUUUCUAGCAAUCACAUUAUUCCAAAUAUUCAGGACACACAAGUACAUCUUGGUGUUAGUGAUGAUCUUGGAUUGCUUGCUCACAUGACCGGUAGCGUAGACUUAACUUGUACAUCCAGUAUAAUAGAAGAAAAAGAAUUCAAAAUCCAUACAACUUCAGAUGGAAUGAGCAGUAUUUCUGAAAGAGACUUAGCGUCAUCAACUAAGGGGCUGGAGUAUGCUGAAAUGACUGCUACAACUCUGGAAACUGAGUCUUCUAGUAGCAAAAUUGUACCAAAUAUUGAUGCAGGAAGUAUAAUUUCAGAUACUGAAAGGUCUGACGAUGGCAAAGAAUCAGGAAAAGAAAUCCGAAAAAUCCAAACAACUACUACGACACAAGCUGUGCAGGGUCGGUCUAUCACCCAACAAGACCGAGAUCUCCGAGUUGAUUUAGGAUUUCGAGGAAUGCCAAUGACUGAGGAACAGCGACGCCAGUUUAGCCCAGGUCCACGGACUACAAUGUUUCGUAUUCCUGAGUUUAAAUGGUCUCCAAUGCACCAGCGGCUUCUCACUGAUUUACUAUUUGCAUUAGAAACUGAUGUACAUGUUUGGAGGAGCCAUUCUACAAAGUCUGUAAUGGAUUUUGUCAAUAGCAAUGAAAAUAUUAUUUUUGUACAUAACACAAUUCACCUCAUUUCCCAAAUGGUAGACAACAUCAUCAUUGCUUGUGGAGGAAUUUUACCUUUGCUCUCUGCUGCUACAUCACCAACUGGUUCUAAGACGGAAUUGGAAAAUAUUGAAGUGACACAAGGCAUGUCAGCUGAGACAGCAGUAACUUUCCUCAGCCGGCUGAUGGCUAUGGUUGAUGUACUUGUGUUUGCAAGCUCUCUAAAUUUUAGUGAGAUUGAAGCUGAGAAAAACAUGUCUUCUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-274.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -299.76

Frequency: 0.0000

Diversity: 342.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.....(((((...)).)))....)))((.(.(((((((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))(((((((..(((.(((((......)))))......((((....))))(((((((((((((.(((((.....((((...((((((((..((.(((((((((((((.((((..........))))(((((((........))))))).(((((((.(((.(((......(((((((..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).)))))(((((.(((.....(((((((..(.(((((((...((((((.....))))))...)))...............(((((.(.......)))))).(((((((((((((.(......(((((((.((.........)).))).))))...).))))).)))))).))..)))))..)))).)))....))))))))...............)))))))))))))......((((((........)))))).....((((((((((((((.(((.....((((..((((((((((((.......((((...))))..((((((((((...........)))))))....))).))))).))).)))))))).(((..((((..((((.(((((..((((.((.....(((.((........)).)))....)).)))).))))).))))....)))).)))...((....))..))).)).)))))))....)))))...))))).))))))))))..)))).))))...)))).....))))))))))....))))))))....((((((((...))))))))..............))).)))))))..((((((.((.....))))))))....(((((((.......)))))))((((.(((..((((((((((..(((((...((.(((....(((((.(((((..((.......(((......)))...))..)))))..)))))....))).))...)))))))).)))))))(((((....)))))(((.((((...)))).))).....))).))))......)))))...).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({,,,{{({(({,,.||,|||,..,}||((,{.{{,,.((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).)))))))){{{{(((,,(((.(((((......)))))......((((....)))){{(({{{{{{{({{(((((.....((((...((((((((..((.(((((((((((((.{{{{..........,,,.(((((((........))))))).(((((((.((,,(({......(((((((..(((.(((((.((((.....)))))))))..)))..)).))))),{{({{(((..,..,...|||}}}|,||,,.....{(((((.....}}}}},{((((({.......,,{....(((((.{.......}))))).{{(((((((((((.,......(((((((.((.........)).)))}})))...}.))))),}))))).},.{{{,|,...},)}))))))))||}|||....|}},,..,....))))))))))))).....,((((((.,,.....)))))).|{{.(((((((((((({{.,{(,,.,{({,.,{(((({(((((((.,...,.((({...}))),.{({(((((((...........)))))))...,}},.))))).))).)))))))}.(((..((({..((((.(((({..((((.((,{.,.(((,((.,.....,)).))}...,)).)))).})))).))))....)))).)))..,{|..,,))}}}))|)}.)))))))....)))))|,|))))).))))))))))..)))).))))...)))).....))))))}})),,,,)))))}}},{{{({((,,,....,}},}|||.......},.....}}}.}}}}}}}..,,,|{{,{{,.,,,|{{|||}}|||.{{|(((({{..{{{|,,||||((((.((({,,{{{({((({,,,{{((((,{...}},,))))}}....}}}..}}},,....}},}}}}}}||,}}}}}}},|))}}..))))}},||{|,},,,})))),,})}})})})}|||||||||.{{|.(((.((({...}))).))).,)),)))}}}},......))))),,.)}))