Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0029000

Sequence Length

1579 nt

GC Content

0.4224

AUACUGAAAGGUCUGACGAUGGCAAAGAAUCAGGAAAAGAAAUCCGAAAAAUCCAAACAACUACUACGACACAAGCUGUGCAGGGUCGGUCUAUCACCCAACAAGACCGAGAUCUCCGAGUUGAUUUAGGAUUUCGAGGAAUGCCAAUGACUGAGGAACAGCGACGCCAGUUUAGCCCAGGUCCACGGACUACAAUGUUUCGUAUUCCUGAGUUUAAAUGGUCUCCAAUGCACCAGCGGCUUCUCACUGAUUUACUAUUUGCAUUAGAAACUGAUGUACAUGUUUGGAGGAGCCAUUCUACAAAGUCUGUAAUGGAUUUUGUCAAUAGCAAUGAAAAUAUUAUUUUUGUACAUAACACAAUUCACCUCAUUUCCCAAAUGGUAGACAACAUCAUCAUUGCUUGUGGAGGAAUUUUACCUUUGCUCUCUGCUGCUACAUCACCAACUGGUUCUAAGACGGAAUUGGAAAAUAUUGAAGUGACACAAGGCAUGUCAGCUGAGACAGCAGUAACUUUCCUCAGCCGGCUGAUGGCUAUGGUUGAUGUACUUGUGUUUGCAAGCUCUCUAAAUUUUAGUGAGAUUGAAGCUGAGAAAAACAUGUCUUCUGGAGGUUUAAUGCGACAGUGCCUAAGAUUAGUUUGUUGUGUUGCUGUGAGAAACUGUUUAGAAUGUCGGCAAAGACAGAGAGACAGGGGAAAUAAAUCUUCCCAUGGAAGCAGUAAACCUCAGGAAGUUCCUCAAAGUGUGACUGCUACAGCAGCUUCGAAGACUCCAUUGGAAAAUGUUCCAGGUAACCUUUCUCCUAUUAAGGAUCCGGAUAGACUUCUUCAGGAUGUUGAUAUCAAUCGCCUUCGUGCUGUUGUCUUUCGGGAUGUGGAUGAUAGCAAACAAGCACAGUUCUUAGCUCUGGCUGUUGUUUACUUCAUUUCGGUUCUGAUGGUUUCCAAGUAUCGUGACAUAUUAGAACCCCAGAGAGAGACUACAAGAACUGGAAGCCAACCAGGUAGAAACAUCAGGCAAGAAAUAAAUUCACCAACAAGUACAGUUGUGGUCAUACCAUCUAUCCCUCAUCCAAGUUUGAACCAUGGAUUCCUUGCCAAGUUAAUUCCUGAGCAGAGCUUUGGCCACUCAUUUUACAAAGAAACACCUGCUGCAUUUCCAGACACCAUAAAAGAAAAAGAAACACCAACUCCUGGUGAAGAUAUUCAGGUAGAAAGUUCAAUUCCCCAUACAGAUUCAGGAAUUGGAGAGGAGCAAGUGGCUAGCAUCCUGAAUGGGGCAGAAUUAGAAACAAGUACAGGCCCUGAUGCCAUGAGUGAACUCUUAUCCACUUUGUCAUCCGAAGUGAAGAAAUCACAAGAGAGCUUAACUGAAAAUCCUAGUGAAACGUUGAAGCCUGCAACAUCCAUAUCUAGCAUUAGUCAAACCAAAGGCAUCAAUGUGAAGGAAAUACUGAAAAGUCUUGUGGCUGCUCCAGUUGAAAUAGCAGAAUGUGGCCCUGAACCUAUCCCAUACCCAGAUCCAGCAUUGAAGAGAGAAACACAAGCUAUUCUUCCUAUGCAGUUUCAUUCCUUUGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-404.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -432.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 369.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((...((((((...((((...((..(((((........(((...((((((((((((((.......((((...))))..((((((((((...........)))))))....))).))))).))).))))))...)))..((((.....((((((((.((((.((.....(((.((........)).)))....)).)))).((((((((((((....((.((((..((....))((((((((.(.(((.....((.((((((((...)))))))).))))).))))))))).....(((((((((.....)))))))))....((((((((...........((((.......)))).(((((.............))).))........)))))))).(((((((.......)))))))((((.((.((.((((.((.((((((((.((....((.((((.....(((((((.(..((.((((((((((((((.(((((..((((.....((..(((((.....)))))..))......))))..))))).(((.(((.((((...)))).))).))).))))))......)))))))).))..).)))))))...)))).)))).)))))))).)).)))).)).))))))..((((((....((((......))))...))))))(((((.......))))).)))).))..)))).))))))))))))))))........((((((.(((((((.(.((((((....(((((....)))))((((.(((((.((((....)))).(((((.((((..(..((.((.(.((((....)))).).)).))..)..)))))))))((((((((((...((......)).((((((((((((((..(((................(((((((((((((.(........).))).)))))))))).)))..)))).)))..))))))).........((((....(((....((((((..........((((.(((......)))))))......((((((...(((........)))...))))))..))))))..)))....)))).((((.(((((((((((((((............(((.((((.(.((((((......................(((((.....)))))..(((.(((.....))).)))..(((((.............)))))))))))).)))).)))....(((((......(((((....................)))))))))).)))))))...((((...(((((((.....)))))))))))..((((.((.((.............)))).))))...))))))))))))..))))))))))..(((((.(((........)))...))))))))))...))))....))))))).)))))))..........))))))....)))))))))..))...))))...))))))..((((.((((((((.........)).))))))..))))....(((......))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{.,{({...((((((...((((...((..(((((........(((...{(((((((((((((.....,.((({...}))),.{({(((((((...........)))))))...,}},.))))).))).)))))),..|||..((((..,{{({((((({.((((.((,,.,.(((,((.,.....,)).))}...,)).)))).|||||{||||,{..}}||.|||,..((....))((((((((.{.,{...,,.{{.((((((((...)))))))).}})),.))))))))).....(((((((((.....))))))))).,..((((((((...........,(((.......),},.,,,{{.,,,,.....,,,))}.},........)))))))).{|(((((,......|||||{|({(({{(((({(,,{.,,{{((((((((({{...,,..))))},..,{{{{{(,(..((,((((({(((({{({.{{{|{.,((((..,{,((,.{(({{..,,,||}||.,||{,||,,}}||,,|}}}}.|{|.(((.((({...}))).))).}}}.}}}|}|......}}}}}})|,}},.|,|}}}}||{(((({,.,{{{,,..}}}|}|})}}}}},}}||},},}..{{{{{{....{{{{......)})),,,))})))|||{{......,))))).,}},{|||,|,}||||}||||,}}))))},.,}.,}.}||||||,{{||||{.|{{{({{{...,(((({....)))))|{,,.{{{{{.((((....)))).(((((.((((..(..((.((.(.((((....)))).}.)).))..)..)))))))))((((((((((...((......)).((((((((((((((..(((..,.......,.....(((((((((((((.(........).))).)))))))))).)))..)))).))}.,))))))).........((((.,..(((....((((((..........((({{(((......))))))}......{(((((...(((........)))...))))))..))))))..)))..,.)))).((((.(((((((((((((((............(((.((((.(.((((({......................(((((.....)))))..,,..{||.....}},.,,}|,(((((.............)))))))))))).)))).)))....(((((......(((((.,.,{{.......,,}.,..)))))))))).)))))))...((((...(((((((.....)))))))))))..((((.((.((..{,.....,,..)))).))))...))))))))))))..))))))))))..{{{{{.{{{...,,,.,)}),,,)})))}}))),,.)))),...})))))),))))))),}}}}}}...))))))....}))))))))..))...))))...)))))),.((((.((((((((.........)).))))))..)))),,}.}{|.,,...,}}.,)