Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0034300

Sequence Length

1473 nt

GC Content

0.3028

AUUUAAACUGGACCUCUUCAUAAUCACCUCAAAUAUUUAUGAAUGGUUGGUAUAGAAAUGCUAAUUUAGUAUUCCUUAAUUCAACAAAAAUGUAUGAAUGGUAUUUUUAUAUAGUUGCUACAUUCUCAUUUUAUCAGUAUAGCUUUGGUUUCAGUGUUUCUCAUUUAUUAAUACAAAUCAUUAAUUUAUACCACUAUUUAAUAUGCAAGUAACUCAUAUAUUGUUAAAUAUAUUACUUUUUUAACAUUUAUAAACAUGAAAGUAGAAAGUCAUUAUAGAGUUGUUCAAUGCCAAGGGUAAGCCAAAAUACAAAUCUUUGUAGCCAAGCUCAAAAGUUGGAUUUUUUUCUUUUUUAGCUGUAUACAGUUAAUUCAGUAUCUAAAUAUUCUAUCAGUGAUUUAUAAUCAAACAUGUGUUCUAAACUUUAUACCAAAGUGGCCUCAACUAAAAUCAAAGACUUGUGGAAAGUUAACAUGGACAACAAUGAACCACCUUGGGUCAUGCUGCCUUUUUUCAUUUGCAAAAAAUGCUCAUGUUGCAGCAGUUCUUGCAUUACUAGCUUUGCCCACUCUACUUGAACAGCAUAAACACAGUUUCUGGCAACUAACAUUUUAAUAUUGGACACCUUCUAUCAUUAUCAUUUCCUUCCAGGUGUUUAUAUCAAGGUUGUUUCUCUAUUGUUUGCAGUGAAACCUUGAUAACCUAAUGGUUAUUUCAUGUACCACUGGAUUAAUUUGUAGUUGAAAUUUUCUUUCCUAAAUAAAUGCAUAUGAUUUAUAAAUAAAAUGGAUAUUUCAAAAAGUGAGUAGAAAUUAGUGGUCAAAUCUCUGCAUCUUGUUUUUCAUAAGCAUAUCCUAUUUCAUAUACCUUUUAUUGAUGUCAUGGAGAUAUGGAUUAUGUUUUAGCUACAGUAUUUUGCUGUUGCAUGAUACAUGUACUUUUAACACACAAACAUGAGAAUAUUUCAUUAUAAUAUACUUUUGCUUUUAAUUUUAUUAUUCAAAUUAAACAUCAUCCUACCAUUCCAGUUCAUGUUUUUUCACCAUUUAAAACACUAAGACUUAUCAUUUUCUUUUUCUUCAUUUUUAAUGCUUUUAUAUCCAUUAUAUGUACAAAAAGUAAUAGUAUAGUGAACCUUCUAGUUCUGAGUUUCUUGUGUAUUUGUAUGUCUCUGUGUAUGUUGCUAGAAUUACUCUACUUAACAAAUGUAUUAUUUUCUUUCUCUUAAUACAUAAACUCUUUUCUUCAGAGAUGCAUUCGUUAUUGCUAGUAUUGUUUGCAUGUUGCAGUAAUACAGAAUUGUCAUGGAUCUUCAGUGGACCAUGUGGCAGGUUGUUACAUGCUGGCUCAAAUUUGAUUCCAUGAUUUUCUCCACAGUUGUGGUCAUACCAUCUAUCCCUCAUCCAAGUUUGAACCAUGGAUUCCUUGCCAAGUUAAUUCCUGAGCAGAGCUUUGGCCACUCAUUUUACAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-273.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -307.39

Frequency: 0.0000

Diversity: 509.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((......((((..(((((((.............))))))).)))).(((((((((((((................((((((((....))).))))))))))))))))))(((((((.(((.............((((((...((((((..(((((...........))))))))))).....))))))...........)))..))))))).(((((((....)))))))(((((((.................)))))))..((.((......)).))......((((...))))...........))))((((((((((((((((.......(((......)))...(((((((....)))))))........................(((((...)))))..((((.((((.((((((.........((((((.(((((.......((((.(((((((((((((.((((((((((.((((.(((...))).)))).(((((......(((..(((.....)))..)))((((((((((....(((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.....((((............((((..((((.....))))..))))..........))))))))))))......)))))))..((((.(((..(((((..((...(((((((....)))))))....))..)))))....)))..))))(((((((.((((((.....((((((.......)))))).....))).))).))))))).....))))))).....)))).))))....(((((((((((...(((((.((((((((((..(((.............)))..)))).))))))..)))))....)))(((((((((.(((....))).))))).))))......(((.(((((((((((((...((((......((((((.((((((((......................................((((..((((((..........))))))....))))........................(((((..(....)..)))))........)))))))).))))))..((((......)))))))).)))))))))..)))).))).........(((((.((((.....))))..))))).((((((((............))))))))...............)))))))).........))))))).)))..)).))))))))....(((....)))(((((.(((.....)))))))).))))))))))).)))).))))).........))))))))))))......))))).))))))..................)))))))))))))).......(((((.(......).)).))))))).))))).........)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,,...,{,((((..(((((((.............))))))).))}}{((((((((((((({...}}}}}}}.....,,{{{{{,...,||}.}}}|}|||||}},}}}}}{{{|{{{||||.,..,,,,,....({{{{{.,.((((({..(((((...........)))))}))))).....}))))),,,,,,,,,,,||{,{{{|{{,,.{((((((....))))))},{{{{(({,.{{.{{{{{....}}))).))}}}||||,,,,,,,||(({{({{{{,{,...(({{{{{|.....,,{{|,,,{{|||{{({,,||||,,,|}}}||{,......,,...(((((((....)))))))...,|,|,..,,,,}}},,,....{((({...,}}}}..,,{({((({..((((({...{,,{{((,,,..,,.,..........,}}}}|||||}}}}},.,,|||||{,|.{(({.(({...})).}))){((({,......{{{.,(({..,,.}}|..},,..)})))|||,.,}}}|..,,,,}}}}||}}}.......}}))}}}}},,,,,..,||,,,|||||{{{|,,((..{{{({..(((((((((......................))))))))){(((((((((..,.{{{.,,.....},)).},)))))))))},,(,,.{||||||.....},}})},})}}}}}}..)}))}|||{{{{.{{{,,,.....{(((((.,.....))))))......,}.))).}}))}},.,,,}}}|{{(({{{.((((((((((.((((((.{{.,{,....,,.{({(((((((((((((,{{{{,..,.....}),)}.})})))))).)))}})))}}}.{{,(((((((({.(((....))).))))).)))),,....{{(.({(((((((((((..,({({,,,,,.{(((((.((({{((((((((........))))))}}.................||,,..{(({({..........)))))}..,,||,,..................,,,...{{{{{..,.,,,|..}}})).},}....}))))))}.)})))),,|||{......))))}))}.)))))))))..}))).}}|,{{{|||,.{((({.((((.....))))..}}}}}.((((((((............))))))))...,,{{......,))))}}(((........})).,|||{||,,{|||,..}))))}))))){{{{..{{((((({((,....{||,|||||(((({,..})))}))},.}}).}}}...,,)},}))))))).})}}{|||,,..)})),,,....{{,,{,...,,{...,,,,,))).,,)))}}}....|||}}.|......,.,),)))))).)))))))))).,}))))),,,,