Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0039800

Sequence Length

1268 nt

GC Content

0.3241

GAACUACCAUUUUCAGGUACUUUUUAGUGACACCAGAAACUUCGUGACUUACUUUUGAGAUUUUGGAGCCAGAGGAAAUUACACUGAGGUAUUAAAUCCCCAAUCAAAGUCUGUCUUCUUCACUAAGUAAAUCAGGAUCUUAAAAUCUAAUCUUACAGUUUGGGCAUGCACUCUUUCCCCUAGUUUGUAGGAGAUCUGAAAUAGUAUACUCCCAUUCUCUGAUGACAAAAACUGAAAUUAAGACAUAGGGAAAAUUAUUUGUCCAAAAUUAUAAUGCUGCUGAACAACAGAACGUAGAUACAAACUAGUUCUCCCUUUUGUUCUGUAAUCUAUAUAUAAUGAAAAAUGAAUUUGUCUGACCUAUCCUAUUGCCUUUUCUAUUGAUGUAUUUUUCAUCAAGUAAUAGAAAUUGUUUAUAUUUAAAAUGCAAGAUCUCACAGUCUGAGGUCAAAGACAUGCAUUUAAAAGAUAACAAACUGCAUAAAGUCAGUUACUUCCAAGAACAUCAGAACUUGCUUGUUGACAUCUAUUCCAUUUUGAAUAGGAUACUUUGUUCUGUUAACUGACUUCUUUUUUCUGGUAUUCAUGACAACUCUUAUCUGUUAUUAAACAGAAAAGAAUAGGACUGGAUAAACUAUUUUCUGUUUCUGUUUCCUAUGGAAAAUAACCUUGCAUUAGAAAAUGAACAUCACUUCAUUCACUUUCUGUGUUGUAUAGAUACUCCAAGUAGGAAAUGUUCUGUAAUAGCUAUUCUUAAAUUAUCUGAUGUUUUAUUUACCUUGUUUUUUCCAUGUUAAAUGUACUGUACAGUUUUAUAGCUUUAACAAAAAUGACAUGAUCAUUAAAAUUCUAUUUUUCUUAGUGUUCUUCUUCCCACAUAACAUACUCAUGCAUUCAUUCAGUCAUUUAUCCAUUUAGCUGUAUACUAUUGGUGAUUUCAUACUUCAUGACAGGUACCAUGCAAAUCAUACUGGAUACUGAGAUAAAUAGAUUUUGUACGUCAUUUACUGAAUUUUACAGUUUUAGAAAGUGAAAGACUUUUUAAAAGAAAAUAAGAGGAAAUAGCCAAGCUAGUGUGAUAAAUAAAUAUCCGGAACAUCUGAGAGAUUGGGAGAGGUCUCUUAGCUCUAUAGGGAUGAGGGCGUGGCAGGGGUUAUAAGAAGAAGAAAUGGCAUAUAUAAAGGCCCUGAAAUAGCAUGACUCAUUAAAGGAAAUACAAGGGUUGUUCAAGGAUAUAGAAUAAAUAUGUUAAAGUGGCAGCAGAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-259.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -285.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 427.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..(((...((((((((....((((((((....((((....((.(((((....(((.(..(((((.(((..((.........))..))).)))))..).)))...)))))))..)))))))))))).......((((......))))..((((((((.(((((..............))))).)))))))).))))))))..)))...))(..(((((((..........(((..(((..((((((.(((((((..((((((((..(((((((((.(((.((((((.(((((.(((.......)))))))).....)))))).)))...))).))))))...........((((((((..(((((((((((........((((((.......)))))))))))))...(((((....(((.(((((((.(((((((.....))))))).......))))))).)))...)))))........((((((((((......((((((....(((......))).....((((((......)))))).......))))))..)))))))))).........)))).))).))))).((((.((((((....)))))).)))).......))))))))..)))))))..((((((.((((.((((.(((......((((((((.((((((......))))))..........((((((((((...(((.....))).....))))).))))).............))))))))........((((((..(((((.(((((((.(..(((((......)))))))))))))..(((((((((..((((((.............))))))(((((((((....(((((....((((((.(((((((....(((((((((((.((((((((.(((...((((((((((((((......)))))...)).)))))))..)))))))(((((((((.....))))).).)))...((((.......))))((((((((((.....))))))))))...........((......)).)))))))).))))))).......((((...))))((((.(((((((....)))))))))))....))))))).)))))).....)))))..)))))))))..(((..........))).........))))..)))))...))))).))))))))).)))))))).))))))....))))))..)))..)))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({..{{{,.,((((((((.{{,{{((((((....(({{....{,.((({{,,{{((({(({(({((.(((.,((,,.......}}..}}}.,,}}},},.,,,,,,}))),,)}}))))))}))}}}.....,,{|||......)}}}..{(((({({.{{(((,,,{,.,,,....|}}||}.}}}|||||{||||}}}}..},,..,||(,,{((((((..........{{{..{{{..(({(((,(((((((..((((((({..{{((({,{{.(((.((((((.(((((.(((.......)))))))).....)))))).)))...}}}.}}}}}}...........||{|{{{,.,,,{,((((({(..,,{{{{((((((.......)))))},,}))))},,{((((,{,.(((.(((((((.(((((((.....))))))).......))))))).))}.,}))))}........((((((((((......((((((.,{,{((......)))....{((((((......))))))}......))))))}.))))))))))..,,.,{{{|},,.|}|,||||,.{(({.((((({....}))))).))))}}}}},.})))))))..))))))).,||||((,((((,((({..,{{,,...((({(((({((((((......}}}})),,.,}}}})}||{|{{{{{{,,.|||...,,))),,}|||}||},,|}}},,,,..,...,,.}||}}}||,,{{{{,.((((((.,(((({.(((((((.{..{((((......)))))})))))))..((((({,{{..,,,{{({{..{{{{{{.{{{|||||((({{{{{{....{{{{{....{{{(({.,{{{{{(,,,.{{{{{{{{{,,{{{{||,{{.,,,.,,(((((((((({(({......})))}..})).))))))}..,))))))}}|||,|||}}}}}))))}..})))}},{(((.......)))|((((((((((.....)))))))))),,,,,,...},||,}}},}}}.)))))))}.)))))))...,,,.||||.,,}}|||||||{||||||,}}})))))))}})).,,})))}))).))))),,.,,,))))}..)))))))},..{{|.,......,,}))}}},.,..,}}}}.,}}}},...}}}}}.}}}})))))}}}}},}}|||||}}}....))))))..})),,))))}))))})