Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NBEA_0041800

Sequence Length

1313 nt

GC Content

0.4341

GCACGGAAGAAGAUGUAGUAAAGUCAAAGAAAACAUUCAGAAGUCAAGCAAUAGUGAACCAAAAUGCAGAGACAGAACUUAUGCUGGAAGGAGACGAUGAUGCAGUCAGUCUGCUACAGGAGAAAGAAAUUGACAACCUUGCAGGCCCAGUGGUUCUCAGCACCCCUGCCCAGCUCAUCGCUCCCGUGGUGGUGGCCAAGGGGACUCUCUCCAUCACCACGACAGAAAUCUACUUCGAGGUAGAUGAGGAUGAUUCUGCCUUCAAGAAGAUCGACACGAAAGUUCUUGCAUACACUGAGGGACUUCACGGAAAAUGGAUGUUCAGCGAGAUACGAGCUGUAUUUUCAAGACGUUACCUUCUACAAAACACUGCUUUGGAAGUAUUUAUGGCAAACCGAACCUCAGUUAUGUUUAAUUUCCCUGAUCAAGCAACAGUAAAAAAAGUUGUCUAUAGCUUGCCUCGGGUUGGAGUAGGGACCAGCUAUGGUCUGCCACAAGCCAGGAGGAUAUCAUUGGCCACUCCUCGACAGCUUUAUAAAUCUUCCAAUAUGACUCAGCGCUGGCAAAGAAGGGAAAUUUCAAACUUCGAAUAUUUGAUGUUCCUUAAUACUAUUGCAGGACGGACAUAUAAUGAUCUGAACCAAUAUCCAGUGUUUCCGUGGGUGUUAACCAACUAUGAAUCAGAAGAGUUGGACCUGACUCUUCCAGGAAACUUCAGGGAUCUAUCAAAGCCAAUUGGUGCUUUGAACCCCAAGAGAGCUGUGUUUUAUGCAGAGCGUUAUGAGACAUGGGAAGAUGAUCAAAGCCCACCCUACCAUUAUAAUACCCAUUAUUCAACAGCAACAUCUACUUUAUCCUGGCUUGUUCGAAUUGAACCUUUCACAACCUUCUUCCUCAAUGCAAAUGAUGGAAAAUUUGAUCAUCCAGAUCGAACCUUCUCAUCCGUUGCAAGGUCUUGGAGAACUAGUCAGAGAGAUACUUCUGAUGUAAAGGAACUAAUUCCAGAGUUCUACUACCUACCAGAGAUGUUUGUCAACAGUAAUGGAUAUAAUCUUGGAGUCAGAGAAGAUGAAGUAGUGGUAAAUGAUGUUGAUCUUCCCCCUUGGGCAAAAAAACCUGAAGACUUUGUGCGGAUCAACAGGAUGGCCCUAGAAAGUGAAUUUGUUUCUUGCCAACUUCAUCAGUGGAUCGACCUUAUAUUUGGCUAUAAGCAGCGAGGACCAGAAGCAGUUCGUGCUCUGAAUGUUUUUCACUACUUGACUUAUGAAGGCUCUGUGAACCUGGAUAGUAUCACUGAUCCUGUGCUCAGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-355.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -383.41

Frequency: 0.0000

Diversity: 323.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((....(((........)))..........((((.((((((((...(((((((........(((((.(((((((....((((..((((.((((((.((.((((((((.(....).)))......)))))......(((((....(((........))).)))))...))))))))))))(((((((((((...((((....)))))))))))))))......((((.(((.((((((((..........)))))))).))).))))((.(((.(((((.((((((((.((((((((((.((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..)).)))..((((((((......))...)))))).......((....))...))))))))))))...((((((((((.(((((...(((((......))).))...)))))..)))))..)))))..((((((....))))))(((.((((...(((((((((((((.(((((((((((((.(((((....(((((((..((((.(((((((((.(((.((((.(.(..((((..((.((((....)))).))((((((((...)))).))))(((((((...))).)))).......((((...((((((.((((.((((.((((((.(........).))))))...))))...)))))))))).....))))...(((((((........))))))).......))))..).).)))).)))..)))))..)))).)))))))))))....)))))........(((..((.(((.((((((((.....(((((((((........((((...((((.....))))..........((((..(((...(((((..(((((((..(((((((.....)))))))..))).))))..))))))))....)))).....(((((((......)))))))(((..((((((........))))))..)))...))))))))).))))....)))))))).))).))..))).))).)))........).)))))).))))))....)))))))..)))))))...........)))))))))))))((((.(((((.((((...(((((.........))))).)))).))).....)).))))..((((.......(((......))))))).))))....))))).))))))).......))))))))))))))).))))...))))))..(((((((((.(((...))).)))).).))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

,(((((,....(((,,......|||,.,,,...,.((((.{(((((((...(((((((..,,,{,.(((((.(,(((((....((((..((((.((((((.((.((((((((.{....,.}}..,,...)))))......(((((....(((.,......))).)))))...))))))))))))(((((((((((...((((....)))))))))))))))......{(((,(({.{{{||||(,.,,,...,,}}})))}}.}}}.}|||({.((({(({({{(({(((((.(((((((.,{.,,..{({{,,{{{(,(({(,{,,,,,,,,,.}})))))))))..}},))}..,{|||,........{|,|.||||}}..,,,,.||,...}}}..))))))))))))...{{{{{(((((.(((((.,.((,,{......})}.)).,.)))))..)))))..)))}},,((((((....)))))|(((.((((...(((((((((((((.((((((,(({,,,.(((((....(((((((..{(((.(((((((((.(((,{{{(((((,.,.(((((.........})))).})))))}....,|,}}},.({.(((((((...))).))))..}},,,|{||,,,{{((((.{{((,{{{,.{|{{{{.{......,,|,||||}}...}))),},))}}))))}},,,.(((.....(((((((,.....,.)))))))..))}..}}}.,((,({{....}))).)))))..)))).)))))))))))....))))).....,,.(((..((.(((.((((((((.....({(((((((........(((({{.((((,....}}}}..|||,..,{({,...,,,...(((((..(((((((..(((((((.....)))))))..))).))))..)))))))),..,))})}}}.,|||||{{,.....,))}|},(((..((((((........))))))..)))...,))))))))))}))....)))))))).))).))..))),)||.,.,..,.,},,).)))))).))))))}...,))))))..)))))))}......,,,,}}))))))))),}||||.,|{{{.({((...{{{{{,,.....,.))))).)))).}}),.,..}}})))),.||||....,{.(({....,.})),)),.))))....))))).},)))))..,.,,,))))))))))))))}.)))),..))).})|.{||{,{|{{||||.}},,)}),)))}|}}.}..)