Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NFIX_0000700

Sequence Length

670 nt

GC Content

0.5761

GAUGAGUUCCACCCGUUCAUCGAGGCACUGCUGCCUCACGUCCGCGCUUUCUCCUACACCUGGUUCAACCUGCAGGCGCGGAAGCGCAAGUACUUCAAGAAGCAUGAAAAGCGGAUGUCGAAGGACGAGGAGCGGGCGGUGAAGGACGAGCUGCUGGGCGAGAAGCCCGAGAUCAAGCAGAAGUGGGCAUCCCGGCUGCUGGCCAAGCUGCGCAAGGACAUCCGGCCCGAGUUCCGCGAGGACUUCGUGCUGACCAUCACGGGCAAGAAGCCCCCCUGCUGCGUGCUCUCCAACCCCGACCAGAAGGGCAAGAUCCGGCGGAUUGACUGCCUGCGCCAGGCUGACAAGGUGUGGCGGCUGGACCUGGUCAUGGUGAUUUUGUUUAAGGGGAUCCCCCUGGAAAGUACUGAUGGGGAGCGGCUCUACAAGUCGCCUCAGUGCUCGAACCCCGGCCUGUGCGUCCAGCCACAUCACAUUGGAGUCACAAUCAAAGAACUGGAUCUUUAUCUGGCUUACUUUGUCCACACUCCGGAAUCCGGACAAUCAGAUAGUUCAAACCAGCAAGGAGAUGCGGACAUCAAACCACUGCCCAACGGGCACUUAAGUUUCCAGGACUGUUUUGUGACUUCCGGGGUCUGGAAUGUGACGGAGCUGGUGAGAGUAUCACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-241.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -252.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 170.14

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.(((((...(((((.((((((((....))))))((((((((..((((.........((.(((....(((..((((....))))..)))......))).)).)))).)))))))).)).))))).)))))(.(((((...((.(.(((.((((((......(((((...((.....))..)))))..)))))).))).)))..))))).).........((((.((((.(((....))).)))).))))..))))..((((.....))))....(((.(((((..((((((((((.......(((((.(((((...)))))...)))))..((((.(((.....))).))))(((((((((.((((..(((...........(((((...)))))....((((((((....(.((((((.....)))))))))))))))...)))..))))...).))))))))..........((((((((((....((..((((((((((..((((......(((((.....(((((...)))))......)))))......)))).)))))((((....)))).......(((((...)))))........)))))..))...)))))))))))))))).))))..)).))).)))..((((.....))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({{{{{{.,,,{{||,||((((((....)))))).(((((((.((((,{(({{{{,{,(,(,,.,,,(((..((((....))))..))}.,,...,.,,,.,)}}..}))),))).,.}))),)})),))|}|||(({{.((.{,,((.(((,(((.{(.{((({(.{{((..{{....}),,),}))}})))},)).))).})).)).}..,,.....((((.((((.(((....))).)))).)))).,}.}},,((((.....))))..{.(((.(((((..((((((((((..,....{((((.(((((,,.||}}}..,))))).,((((.(((.....))).))))(((((((((.((((..(((.......,{{.(((((...))))).}},((((((((.,,.(.((((((.....)))))))))))))))...)))..))))...}.))))))))..........((((((((((....((..((((({{(({..((((.,,...{((((.....(((((...))))}......}))}),.....))}}.,,))}{{{{.,,.))}}...},..(((((...))))).....}..)))))..))...)))))))))))))))).))))..)).))).))).)|||{,,...))}}...