Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NLGN1_0003300

Sequence Length

813 nt

GC Content

0.4354

GAUAUAGACCUGCAGCUAACUGGAUUUGAUUUAUAAGAGAGAAAUCUGCAGUCAAUGCCCACUCUUGCCACACUGCUAAUAUGGAAAACAGAAUGUUCAAUAGGAUAUGGUCUGAUAAAUAGUGAUGAUUGAAGAUGCUGCUCCAAUACAUGUGAAAUCAAUGGGAGAUAUCUGCUGUCUGAAGAUCUUUCAGAGCUUUUCUCGACAAGCUCCCCUGUAAGAAAUCGGAGGUAUAUUCUACCAUUAUACAGUCUUUCUCAAGUGGAUAUAAAUACGUUUGCCUCACUGUAACCAGACAACUAGACAACUAAUGUGGGACCAUGGCACUGCCCAGAUGCACGUGGCCAAAUUAUGUUUGGAGAGCAGUGAUGGCAUGCUUGGUACACCGGGGAUUGGGUGCCCCAUUGACUCUCUGUAUGUUGGGAUGUUUGCUUCAGGCUGGCCAUGUGCUAUCACAAAAAUUGGAUGAUGUGGACCCACUGGUGGCUACCAACUUUGGAAAGAUAAGAGGGAUUAAGAAGGAACUCAAUAAUGAAAUUUUGGGGCCUGUUAUUCAAUUUCUUGGGGUUCCAUAUGCAGCCCCACCAACAGGGGAACGUCGUUUUCAGCCUCCAGAACCACCAUCUCCCUGGUCAGAUAUCAGAAAUGCCACUCAAUUUGCUCCUGUGUGUCCCCAGAAUAUCAUUGAUGGCAGAUUGCCAGAAGUCAUGCUUCCUGUGUGGUUUACUAAUAACUUGGAUGUGGUUUCAUCAUAUGUGCAAGACCAGAGCGAAGACUGCCUAUAUUUAAAUAUAUAUGUCCCGACUGAGGAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-211.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -227.45

Frequency: 0.0000

Diversity: 318.82

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((....((((((..((((.((((.(.((((.((..((((((.(((.((((...........(((((((........((((...(((.((.((((((....(((.(.(((.....)))).))))))))).)).))).))))(((((.(.((..((((((((..(((((((((....((((((......((((((........))))))..(((........))).((((.....))))........))))))....)))))))))......((.(((((((((((..(((((((..........((((...((.((((((((((....)).))).)))))))..)))))))))))...))))))).)))).))...((((.(((.....))))))))))))))).)).))))))...((((.((.((((((....((((.((.((((((((........(((.(((((((.....((((.((((...(((..(((((...(((((((((.(((..(((..(((((..........))))).))).))).))..)))))))...))))).......((((.......))))......)))...)))).))))..))).)))))))((((...((((((((....((..........))..))).))))).))))........)))))))).)).)))))))).)).)).)))))))))))...........)))).))))))))).)).)))).))))).)))).....)).)))))))))))(..........(((((....).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((({.,,{,(((,...|}|,{{{{,,{,{.,.,{{,,,,||})}((({((.,{{({,..(({(((((((,,,{,....{|{,...(((,((((((....})))}}..}}}}.....,,|||{{{||||||.|,{|||{||||{,{{{.{{{{,,{{((((({{{(({({((((.,{{(({{,{{{|.|{((((((........))))))..{||.,}},..,}}||{({{.,.,,}.}}|.|,|||||},,,,.,,.|||||}},,......{{.{{{{{{||{((..(((((((..,,,,,...{{({.,,((.((((((((((....)).))).)))))))..}))})))))))..,))))))},)))).}}..(({{(.(({|,.,,}})})))}}}}))}},,,.))))}}}.}))|,.||,|||||}|||(((((.((,(({{((({,.......(((,(((((({.,,,.((((.((({.{{{....|||,,...,,{((({((.(((..(((..(((((..........))))).))).})}.))..}))))}{{{{{|,|....}.)))))),||....})||{||,,,))}}}})))).}}))..)))}}}))))){||{...{{{||||{..,,|{,,.,,,,,,,}}..})).))))}.))))........)))))))).}}.))))},||||,,||}}},})},)))}}}.,.......|}}}|,}}}}},})}))}),})}}))))),,,).))}..))))))}}||||,,....,,,,.,|{{({....}.)))))