Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_NLGN1_0007500
Sequence Length
2710 nt
GC Content
0.3255
GUCCCCUUACAAAGAAACAGACAGAUGAUUUAGGUGAUAAUGACGGUGCUGAAGAUGAAGAUAUUCGGGACAGUGGGGGUCCCAAACCAGUGAUGGUGUAUAUCCAUGGUGGCUCAUAUAUGGAAGGUACUGGAAAUUUAUAUGAUGGAAGUGUCUUGGCAAGUUAUGGCAAUGUGAUCGUCAUCACAGUCAACUAUCGACUUGGAGUACUCGGUAAGAAGAGUCUCUCUUUUGUUUUCACCAUGAAUCCAUGAAGUAUGUGAUGGUUUUGUUUUGACUUGUUUUGUUCUGCUUUGCUUUGUUUCACCCAUUUUUUUAUGCGUGUUGACAUUCUCGAGCCCAAAUUUUUUAUAGUUUCAAUGAAUUCUAUAGGUUGGUUUUAAGAUGUGAAACUAAAAGGUGAUGAAAUUAUUCACAUUGUCAUGGAAUGUACUUCCUGGUUUAUAAACUAUGAAAGACAAAAUGGCAGGGCCUUAUUGAAGAAGAGUACAUCUUUGAACAAAUAUUUCCUUCUUCUGCUUUUCUGUUUACAAUACUCUAAGUUUCCCUGAGGUUUGGCGUGAGCUAAGACUAAGUUUACAUUCUCUUCUGGAGUAUGUAUAUGGACUCGCUUUUGGGAAUGAUUGUUUGCCAUUGUGAUGGAGGUUUCUUUGGUUUGUUGUUGUUAUUUUGGUUCCAUAAUAAUUAGUAAUAUUUUUCUGAAUGUAUUCUGAUUGAAUUAUUUAAUUUGAAAAAACAUGCAUUGAUUUUAUAAAGUAACAAAGAAUUCAGUUCAAUGAUGUAUACUCUUGCCAAAAGAAUGAUAAAUACAAAGUGGAGAUUUUUAGCUUUGAUAAAAAGUAUAGAGACAUAUUACUUAUAAAAUAACUUAGGUAUUCUGAGAUAGGCAUGUUAUCUUAUACAAUAACCAGUUUUUAAAAGAUAAACUUGCUAUUCUAGCAUAUAUUUGUUUGUUAUAGUAUUACCACAAUUUGAGGAGUAAAAUUACUGUAUGAUUUAGUAAAACAUCUUUAUCUGUGAUGUAUUUAAUUAACAGAAUUUGCUAAAAGAGCACAAUGCAUCCACAAAAUACUUAACUUUUUAAUCUUAAUUGUCCUCCAAGUCUUAUCCCAUACUAUAGACUUGAAGAAGCGUAAAUUAUAAUUUUGUUUAUACACAAAGAAGCGCCUCACUCUUUCAUUCUAUUAUCUAAAAGAUUCUGAAAAAGGAAUUUGUAUUAUAUUCCUUCCUUGGUAGUAUCAUAUCUUUUAUCCACGUUGAGAAUCAGAAUUUUUCCCCUUCAGUGUUAUUGUAACUCCUAUGUAAUCAUAAUUCUGUGUUUAUGCUUAUCACAAAAUAUUUUAAAAGGUAGAAUAAUUUUUGUGAAUCAAGUUUAUAGUCUGGGGGAAGGAGACAUUUUACCAAUGUGAAGGUUAAGUCUCAGUCAUUUUCUAGUUUGCUUUUUUGAAAUUUGGAGUGUGGUGAAUGACCAUAGAUGCACUGCGUAAGUGUAGGUAUAAAAUAUUCUGUAGCACUGAUCGAAUACACAUGAGUUCCUCCAUAGUGUCUAAUCAUCCAUUGCUUCAAACAUUCAUAUGAUUUCUGUGGGCUGGGAUGAGUGUCUUUCCACCAGUGAAAACUCUGUGUAUUUAAGACAUAUAAAUAAUUGCUCAUAAUAAUUCUUGAAUCUUAAACCUUGAAUUCUUAAAUCUUAAUGUUGUCAUUUGUUUCCUAUGGAACAUUUUCAUUGGAAGGAGGGUUUUUAAUAUUUUCAUGCAUUGAAUCUUAAUGGUAGUAUUGUUGAGAGCUCAGUUGUUUUUGCUGAUUAUUAUUCUUAUAUUUUUCUAAUUUUUAAGUUGAAAAUCCUGAGCAGUGGCCAGUUUGCCAGAUGAAACUUUAAAUUGAAAUGCUAAAUUAUGGUAACAGUGUUUUUAAGGACUUGAACAUCCAGUUAUUCAUAUUUAUCUAUUUUAUUUAAGAAAUGCUUUGGCCACAAGUUUUUUUGCCUCUUUCUGUUAUUGGUUCUGUUUAUAUAAAGCAAGAUUUCAUAACAUAAACUUUGUUGUUAUGUUAACAAAAACUUUACCCAUUCUUUUUCUUUUUAUGUGUUCAGAACUGAUGAGGACUUGACUUUGACCUGAUUUUAAUCCUAUAUUCAUGCCCAUACCCCAUUUUAAAUGCCGCACUGUGAGGAUUGGAUUGCAAGGCAAUGGAUUAACUCGCUAAAAUAUAAAGCACUCAGUCAAUCACUUGGUUUAGAUAGUAGCAGAGAGCAGACAGUAUUGAUAUUAUCAAAGUAUGAUUUCCCAGUGUUAAAUAUUUGUUCUGGCUCUACUGUACCCUAGAAUAUAACAUUUAGUUGUCUCCUCUCCUUUAUUUCUCUUAAACACAUUAUACACUGAUAACAAGCCAAAGGCUGUCCUUGAUAGGCCUCCUCUCAACGUGACAAAACAUAAACUCUGUGAAACAUUGUUUAGGUAGACUUUAAGACAUUGGUUCUCGAACAGAGGUAUUCUGGUCACUUUUUUCCAAAAAUAUGUGUUGGGUAUUGUGAAAAUGUAUUUAAAUAAAUUAAUUCAUAAAAAAGAAAUUAUCAGAACAUUUGUUUCAGCAUACUUUGCAUGAGUGCCGCACCACAGCAAGAUCAACAGCUCAUCGGACAGAACUGCAACAAUAAAGACUGUAGACUUUUGAGAUUGAUGUUGUGAAUAGUUUGUCUAACAGUAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-589.31 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -645.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 805.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(...)(((..........((((((((.(((((((((((..((((((((((......(((....)))(((((.......)))))..((((....))))...........(((((......((((..((((.(((..((.((((.(((.((((((((..((((((((((((((((((((...(((((((((((.......)))).((((.((((........))))))))((((((.((((((.(((((.((((.(......).)))).)))))...(((.......)))..((((.....((((.(((.(((......))).)))..)))).....))))((((....(((((((.(((...)))..))))))))))).........)))))).)))))))))))))......))))))))))))((((.....))))(((((....))))).(((((((((((((((((.(.(..((((((((((....((((..(((((((.(((((((.......((...(((((.((((.(((((((.........((((......(((((((.......))))))).....))))))))))))))).)))))...))....))))))).)))))...))....))))....))))))))))..).).))))))))))).....((((((((((((((..((((((((((((.((((.....))))))))))....))))))((((.((((((..........................))))))))))....((((.....)))).........(((..((((((.(((((((((((.....))))).)))))).................(((((((((((((((((((((.....))))))))........((((.((((((((((((((((((((.((.(((((.((.((((((.((((.(((((...((((...((((((......((((((.......))))))....))))))..))))..))))))))).)))))))).))))).)).)))).................(((((((((((.......((.((((.(((...(((...((((.(((((((((((((..((((((((((......(((((......)))))((((.(.....).))))..............(((((((((((..(((((((.........)))))))....((((......))))(((((.......))))).)))))))))))......(((.(((((.((.((......)).)).))))).))).)))))))))).(((((((((((((((.....)))))))..)))))))).))))))))))))).))))))).))))))).)).........)))))))))))..............)))))).)))))))))).))))(((((...(((((...(((..((((((.....))))))..)))....)))))....)))))....)))))).).)))))).))))))..)))....((((((...((((.......((....)).......))))..))))))(((((((...(((((........))).))....)))))))..((((((((((((.(((((((.((..........(((((((((((.........(((((((...(((.(((((.((((((...)))))).))))).))).....)))))))..........)))).)))).))))).))))))).))))..)))))))))))))))))))))).((((...(((((.((((....)))))))))...))))..(((((((((((........))))(((((((.((((((.(((((.((((((((.((((((..........))))))...)))).)))))))))..)))))))))))))........))))))).............))))))..((((((((((((..((((((((..((((..........((((.(((((((......)))))))...))))...........))))))))))))..)))))))))))).)))))).))..)))...))))).))).))))...))..))))))))))).......)))))...(((((......(((((...))))).......)))))..........))))))..)))))))))))(((.(((.(((.(((..((((((((.....((((((((((((.....)))).....))))))))...)))))))).))))))))).)))(((((((((........((((((....................................)))))).((((...))))((((((((.(((...))).)))).).)))..........((((((((..((.(((((((.....))...))))).))..))....)))))))))))))))...................((((.(((((((((((.(((.((((((((((((((...(((((((........))))..))).)))))))).)).))))))).))).)))))).)).))))((((.(((((...((((..((((((..((..........)).))))...))..)))).))))).)))))))).)))))))).........)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,,,|(({.{,,.,,...{((((((({{((((((,(((,,((((((({{,.{((((.(({{.,|||(((((.......)))))..((((....))))((((.((((({{((...,,}.})))))..)))).((((({,{((((((,(((((({,..,((((..((((((((((((((...(((((((((((.......)))}.((((.((((........))))))))((((((.{((((({((({,.{|||,{,,,...},)))),},,,,...|||,......|,,..(({{.,...((((.(((.(((......))).)))..)))).....)))){{{{....{((((((.{({...}})..)))))))}))),|||.....)))))),)))))))))))))......))))))))))))}|..,}}..|||}{((({....})))).||,(((((..((((.((((.(((((,{.(((((((({.......{{{.......}}},.,,.,.}}}}}}}}}((((((.((((((((((((((...((((({((((....))))}|,,|.,{{,(((((.((((...)))).)))))..,,}}}},||....(((((((((((..{({{((((((,({((((((((({{(.(((((..(((((((((((((.......,{{{{((.,(((({{....}}}})},|{|}|||||{|,,,}}}},,,.}},...((((.((((((..........................))))))))))........))))},,,})))))))..))))).})))))}||||}|{{{{.....}}|||,,|,,,....,.|||||,........{((((|,,.}}))}|,,.((((.((((((((.{{.{{........}}.}}.)))))}}}).))))..|,(((((.{{.((((((.((((.(((((...((((...((((((,,....((((((.......)))))).,,.))))))..))))..))))))))).))))))}}.)))))....,,))))))))}..........(((((((((((.......{{.((({{(((...(((..,((((.(((((((((((((..((((((((((.,,,,.,,{{{,,,,,.},|||(({{.,.....,,}}}}..............{((((((((((..{((((({..,,...,.})}}})}....{{{|,.,,..)))},,,,,,,,....}}))}.))))))))))}......(((.(((((.((.((......)).)).))))).))).)))))))))).(((((((((((((((.....)))))))..)))))))).))))))))))))).))))))).))))))).,}......,..)))))))))))..))))))))))).})},.)))))...)))))))))))))).)))))).,,,,,,..((((((.....))))))},)}}....,{{{{,{|,.,.....,.}}}}}},.))))).))))))))..)))))..||||||,.,||}}}...}},|}}}))))}}}}|{(((({.,|,{{|,(((((((...(((((......,.))).))....))))))).....,....}}}}}},..,,,||,,,,,},,,..,,}.,}})))})),,}}},,.,||}}}}}}}}|}||{{|.|,||||},.})))}),)}}))}|||||{{{{,,,...{(((.,{{{||||((((({|{(({{{.|||||||||(((,,(({(.((((((((,........,,,{...{{{{{.|{{,....}))})))))..,)))),{((((((((..((({........,{(((((,,((((((.((((,{((((((((.((((((..........))))))...))))}}))))}))}..})))))))))))}....,{{|||||,,|,{{{,....,,||{,..,,,.{(((((((((((..(((((((({.{(((...,,((((({{{,,..,..|)))))),}}..,,,..................))))))))))))..)))))))))))}|||,|||,|,,{|.|,{,|.,{{{{{{{|.,|,,{,{{{||||.,|,|||.....,,}..}},.,}|||)}}}}))|{{||.,})))),}}}}},,,},||{.........))),,||{||},,},,,,||(((((({.(((((,,(((((,(((((({{(((({{{{{{|{.....}}}}.....}||||||,,},,,{|{{|{{{,,|,.,,),...}})))))}}}}}}},..,}))))).)))))..}}}}}..}},,}}}}.,,......}}}}},.,,.,|||..,)))|((({((((.(((...))).)))).}.))),.........{(((((((,.((.((((({({....}}}..))))).)).,))....)))))))))..))))))))}........,.....,((({{{(((((((((,,{{.(((({,{(((((({...{{{|{{{........}))}..}}}.)))))))).}|,})}}}}},))),)))))),)),}}))}}}}}}.}}}}}}}}}.}}||}}}}.}||}}.........,.,}}},,.},.,))))})))))})}))))),.}}}}))))..,.,,..,)))
Back