Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NLGN4X_0002200

Sequence Length

2677 nt

GC Content

0.4386

AAAUGGGAUUGCUGUAUGGCAGACAUCCAAAUGUUGUCUACAGUAGAAUUCAGAGAUAGAAGCAAACACCUAAAUCAGUCAUUGGUGAGAUGCUAUUUGUCACUUUCAAAGUUAUAAUCCAGAUUUUCAGUGCGUUUUCAUCCAACUCUGGUGAACUUUUCCCAGGAUGUCAUGUACUAUGGAAUUUCCCCCCAUUGUAUUAUUGUUCUGUGAUAGAUCCAGCUCCAAUAUGUUUUAUUUAAAAAAAAAAAGCCAUGUGAUGUAUUCUGUUCAACUGAUUACUUAAAUGAAAUGGAUAAUUAUUUUCUGAUGCAGAUGCUCUGAAUAACCCACAAAAUCCUUAGAAACACAUUUGUAUAUUUUGAGUUGAAGAACAUGCUAAAGGCACCCUCCUUGCAACACCUAGUGAAAUAUUUUCUGUUCCUAGGGGAUCAUUUAACAACAUAAUGUCCAUUCCUGCACAGCAUUCUUUUAUUGUCACAGGAGCAGCGACUUAUGUAGGGAUAGUUAUAUUAUCUAUGUAAAGACAAAUUGAGGUGGUGACCCUUUAAAAGUUGACUCCAGGCUCAAUGGGAAAGUAACUCAAAUGCAGCCUCAGCUUUUUAAAUGGGCUGAAGGGUGAAGAGGAUACCCUCUAAGGCAUGCAGUGGCUUACUGGAAAGUCAGGAUAAUUGUAUCAACACUUUUAAUUAUGAAUGAAGUCUUCAAGAAACUAGCACUACAGCAUGUACUUGAAAUGCACCAUCUUGUAUAGUGUUUUACAAGGAAACUGAGAUUCAGAGCAGUGAAGUGUGUAGCCUAAAUAUAUAUGCACUUGACCAGACCAAGGAGAAUUUGUGUCCAAAGUCUACACUCUUUUCAUUUGAUGAUGUUCCCUUUGUGGCCUGAUAAAUAUCCACAUCAUGAUGCCAGAUUGACUUGGAUGCAUGCUUCCAUCUUUCUCCUACUGGAAAACUUUUAGAGCUCCAUGCAUGUCUCCUUAGGAAAAUGUGACAAUUUCCUUAAACAUUUGAGAAACAGUGUUUUGGAAGUACCCAUGUAUUGAUAACCAGUCUGGUAAACAAUAGCAAAACUGGGAGGUGUUGUUACUAUAAUCUGCAUAACCUGUAUAACUCUUGAACAUCUGUUUGAUCAUUCAACACAGAUUUGUUUAGUGUUUUCUAAAUGUCAGGCAUUGUUCAUGGUGAUAGGAUGUACAGAGGAAUUAAGACAAGUGGUGGCUGCUAGGCAUGGUGACUCAUGCCUGUAAUCCCAACACUUUGAAAGGUCGAGGGGUAGGAUCCCUUGAGGCCAGCCUGGACAACAUAGGGUGACCCAAUGUCUACAAAAAAAUCCAACGAAUUAGCCGGACAUAGUGGUGCAUGCUUGUGGUCCCAGCUACUCGGGAGGGUGAGGCGGGAGGAUGGGUUGAGCCCAGGAGUUGGAGGCUGCAGUGAGCUAUGACAGCACCACUGCACUGCAGCUUGGGCAAUAUAGCAAGACACCAUCUCUAAAAAAAACAAAAUAAAUAAAGACAGGUGAUGUUCUUGCUGUUGCCUACUAUGUGGAGAUGGCACUAUACACAUUUCUAUACAAAUGAAUAGGAAUUUCAUAGAGAGAUGUUGUGGAUUUCGUGGAAGAGCCAGCCAGUGUUCUAGGUGGUCGUUGUGUGGCUUCAUUAUUCUUGUCUGCUUUCUUCCUCUUUUAGGCUGCCUUGGAGUUUUCAUAAGAAAUUGUCCCUGGAGGUGUUGGAUGAUCACAGCUUCCUUGGAGCAUUGCAGUUGCUGGAAUCCAGUUUCAGGAUUAAGGGAGGGCUGCCUCCUUGCAAUGGGCUGCCAAGAAAACGGCUGUGCUUGUUCUUAACCUCAGGCUCUGUCUGUGAUCAGUCUGAGAGUCUCUCCCAGGUCUACUGCUCCCUGGAAAGCCCUAUCUCUCUGCAGGCUCGCCUCUGGGCUUUGUCUCCUUGGAGCCACAUCACUGGGACAGCUGUGGAUGUGGAUGCAGAUUUGAACCAUGUCACGGCCCCAGGGACUGCUAUGGCUUCCUUUGUUGUUCACCCCGGUCUGCGUCAUGUUAAACUCCAAUGUCCUCCUGUGGUUAACUGCUCUUGCCAUCAAGUUCACCCUCAUUGACAGCCAAGCACAGUAUCCAGUUGUCAACACAAAUUAUGGCAAAAUCCGGGGCCUAAGAACACCGUUACCCAAUGAGAUCUUGGGUCCAGUGGAGCAGUACUUAGGGGUCCCCUAUGCCUCACCCCCCACUGGAGAGAGGCGGUUUCAGCCCCCAGAACCCCCGUCCUCCUGGACUGGCAUCCGAAAUACUACUCAGUUUGCUGCUGUGUGCCCCCAGCACCUGGAUGAGAGAUCCUUACUGCAUGACAUGCUGCCCAUCUGGUUUACCGCCAAUUUGGAUACUUUGAUGACCUAUGUUCAAGAUCAAAAUGAAGACUGCCUUUACUUAAACAUCUACGUGCCCACGGAAGAUGGAGCCAACACAAAGAAAAACGCAGAUGAUAUAACGAGUAAUGACCGUGGUGAAGACGAAGAUAUUCAUGAUCAGAACAGUAAGAAGCCCGUCAUGGUCUAUAUCCAUGGGGGAUCUUACAUGGAGGGCACCGGCAACAUGAUUGACGGCAGCAUUUUGGCAAGCUACGGAAACGUCAUCGUGAUCACCAUUAACUACCGUCUGGGAAUACUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-783.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -836.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 722.83

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..(((...(((((((.(((((.(((....))))))))))))))).......((..(((..........)))..))(((...((((((((.((((((((((((...(((...((((((...((..((((((((((...(((((.....(((.(((...)))))))))))..)))))))...)))..)).....))))))...)))....)))))))))..)))))......(((((.(((....))).)))))((((((((((.((((((((((((.(..........((((((......))))))...(((((((((.(((((................)))))....)))))))))....).))))))......((((((((((.((((((........(((((.(((..........))))))))(((.((((.........)))))))..(((((.((((.(......).))))..)))))((((((..(((((((((((((((...))))))).(((....))).....(((((.((((((((((((((((((.....((((((.((((.......))))..)).))))))))))))..........))))))))..(((((....)))))..(((((((((((((..(((((((..((((..(..(((((..((((((...................((((((..((..((......))..)).))))))(((((......))))))))))).)))))..)..))))..))).((((.((.(((((((((...........))))))))).))....((((((((((..(((((((((.(((.....(((...((((..(((((((....(((((......))))).....)))))))))))..)))..))))))))))))...........)))))))..)))............))))...((((...(((...)))..)))).........(((((....)))))....((((((((((((((((....))))).....((((((((((((.(((((.(..........).))))))))))....((((.(((.(((((...(((..((((((..(((((((.((((.(((((...........))))).....))))))))))).)))))).))).))))).))).))))...........(((((.(((.(((.((((((((....)))))))))))...))).))))).....(((((((((((...)))))))..))))(((..((((.(((.((.(((((((.((((((........................)))))).).))).))).))))).))))..)))....(((.((((((((((((.((((((((...))))((((((((((((((((((((((...((....))...)).))))))))).((((((..(((((((((((.(((((..........................))))).)).)))))))))))))))...((((((((((..........))))))))))...(((((.......)))))...((.(((.((((((((..(((((((((..(((((..(((((.((.((((((.((((((.((((........((((((..(((.(.(((....(((((.(..(((..((((....))))...)))..)(((((...((((((.(((((((..((((((((((((((..(.(((((((...))))))).)....((((((....))))))))))))..))).))))).....))))))).))))))...)))))(((((((..(((....)))....))))))).((((((.......(((((..(((((((((...........(((....)))..))))))....)))..))))).......)))))))))))..))).).))).)))))).))))))))).))))))))).))))).....)))))..))))....)))))...)))))))).))).))...))))))).))))(((..(((..((((((((((((((..((((........((((((((...............))))))))....)))))))))).......((((((((((....((((....))))...))))))))))...)))))))))))..))))))))))..))))))))))))...((((.((((.(((((.........))))).)).)))))).)))))))..)))))))))))...))))..)))))))))))))..)).)))))((((.....))))...))))))))..)))))).((((.(((.(.(((......)))).)))..)))).....(((((..(((((...((((..((..(((((((....(((((.(((((((((....).))).))..............))).))))).....(((.((....))))))))))))....))...))))))))).)))))((((((..(((.((((((.......))))))))).))))))..))))))..(((.(((.....))).)))..)).))))))))....)))))))))))).)))).))))))...))).))))((((.....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,{((({{{(((((((.(((({{(((....))))))))))))))),...,|{({((((({((((..(({({,..{{{{{...,||||.{,.({{{((((((((...(((.{.((((((...((.,((((((((((...(((((.....(((.(({...}))))))))))..)))))))..,)))..)}.....)))))).,.}))....)))))))))..}})}},.{((((((((.(((....})).))))}}))))|,.{{{,{(,||,,.,},}}.}}}....{(((,.(((({{.{{{{..,,..{((((((((.(((((................}}}}}....))))))))}.....{{(((,,..{{{.{,,({{((({{((..(({{,,....(((((.(((,{,.....,,)))))))){{{.{{{{.....,{{{||,||||.{(((((.((((.{......,.})))..)))))}..}.}}}|||||},|((((({{..,}))}))).|||....,},...,||||,|}}}.|}})}}}.,,||||}}}}(((((((({,((({,.,,..,{((((((((.(((((((((.......))))))}})).)}.(((((....))))),{(,(((,,,|||{||}.(({(({..((((..(..(((((..((((((.,.....,,{,.{{..{{.((((((..((..((......))..)).)))))),,|}|.)}},.}}}},)))))).)))))..)..))))..))))),,,.((.(((((((((...........))))))))).)).{({(...(((.{...,,},))}...|}}}...,|},,..)))))}|,,||,|}}}}.|}|,}}}}}}}}}}.}}}}}),,)))},.{|{|||||||,.,|}|{||{{||||||,|..,}|.{{{....))}........,|||{....,}},,|||||...{{{{{{.{{...}},|||||}.{{{({{{,|.....,)))))))})))))}.,,||}}||||,,..,{||}}}))))}..}},}||||,.|||||||{((||{|||.,,,,..||||,|,..|||{{.,,((.,,(((((({((((((((....}))}.))))}..,})))}),))}.....,,}}|}}})|,.}|||,|{|||{|||}|{||}.|,||,.........|(((((.(((.(((.((((((({....}))))))))))...))).))))).,...(((((((((((...}))))))},}}))(((..((((.(((.((.(((((((.((((((.........,,....,,.......)))))).).))).))).))))).))))..)))..,,(((.((((((((((((,((((((((...)))){((((((((((((((((((({(...{{....},...}).))))))))).(((((({,,{(((((((((.((((({{....................}},.})))).)),}))))))))))))))...((((((((((..........)))))))))}...(((((.......)))))...{({(({..((((((..{(,(((,{(((((,,((((,((((.((.((((((.({((((.{{{{...,,,..((((((..(({.(.(((....(((((.(..(((..{(((....)))}...)))..}(((((...((((((.(((((((,.((((((((((((({,.,.((((({{,,.))}})}).}...,((((((....))))))))))))..))).))))).....))))))).))))))...))))){((((((..(((....))).}..))))))}.((((((.......(((((..(((((((((...........{{{....}}}..))))))....)))..))))).......)))))))))))..))).).))).)))))).})))))))}.,))))))))})))))}),..)))))}})..}}..})))))...,)))),),.)}}.,,...))))))}.))))|||,.(({..((((((((((((((..{{{,........((((((((...............))))))))....,,},)))))),......((((((((((.,..((((....)))).}.))))))))))...})))))))))),||||}}}))))..)))))))))))).,,(({{.{,(({{{,{{{.,,,.,..)}},},}}|||})}}.)},}||||.|||{{|||,||.|||||||||,{((((.(((((((({{{{...((((.....))))....,||{,...,}}},}..(({{.(((.,.{{|,,....})),.})}..))}).....(((((..(((({...((((..{(..(((((((....(((((.(((((((((....).))).))..............))).))))).....(((.((....)))))))))))).,,.})...))))))))).)))))((((((..(((.{(((((.......))))))))).)))))).})).))))))))))).}},}))))}.},.}}.}}))))).,.)))}||,...))))))),)}}))})))),,}}..,,})((((.....))))