Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_NLGN4X_0003600
Sequence Length
2680 nt
GC Content
0.4250
GCGUGAGCGACCACUACCAGCCCUUGGCACAGUUUUUAAUGGGGUUAUUUGGAAACUCAGUUUUUAUGCUAAGGUUCAACUAACUGUGGACAACCCAGUAGAAAUAGGGUUGGACAAAAAGGGCCUGAUCUAAAGCUAAUGGACUGAGUGGGGAAACCCAGCCAGGUCUGUCUGCCUAGAUUCUUCUUGGCCUCUCUGAGCAGCAUUCCUUCUGGGUGUGAGGUAGGACCCUCUGUGGAAUGGGGGGUCUUAGGACCUACAGUCAAAAAGGCAGGUCAGAGGAUUUAUUUAUGGCCAGUGUUUACAGAAAGGCAGGGGAAAGUUGAGGUCAUCUUUUUUUGGUUUCAUGGGUGCUUUGUGGGGAAGGGGUCUGGUUUGUAUGACCUGCUUUAGGGAGGAGGGAUUCCAGUUCCUAUGGCCAGCCUUCGGGGAGAAUGGAAUUGAGAGACAACAGGUCAGGGGAGGGUCAGAGAAAAACCUUUUGCCUCUGAGGCUGCUGAAGCCUUCAUUUUGUGGUAUCAUUCUCUGAGCCCCAACAACACAAAUUUUUUUAACUUCAUGCAAAACUCUUAGGUCAGUUGAGCCUAGAAUACAGGUUUCUACGCUGUGUGGCUAAAGUACGGUCCUUCCCUCCUCUCCACAGGGAGCAGAUGAAAUUUAUUUUGGAGGAAGUUAACUCAGAAUAGAAGGACCCAGAGAUGUCAGAGAGUGGAGUGGGGGCGAGAGCCCAGACUCCGUAUCUGUCCUGAGAAAGUUAGGACAUAAGGACCCACAGACAUCAGAGAGUGGAGUAGGGGUGAGGGCCCACGCUCUGUGUCUGUAAGGGAAUUGUCUACACUCUGCAUACUCACAGCCAUCAGCUUUCUUGUUCUUCCUUCCAAGUUGAAAGUCACUGGACUCCUUCAAGUCCAUCCUGGAGGAUCCCUUUCUUGGUAAACUGAACUGGCAGAGAAAAGUAUUCCAUAACUGGCAUUUGGAGGCCAUUUGGGCCUAUUACUUAUUUACUGUACAAUAUGUUCACCUGCUGAGGAAGGACCCCUGGCUAUCCACACAGACCUGAUUCUUAAGUGAGAAAAGACAGUCUUACAUCCUAGAUAUUUUUGAGAAGCUUUCAAUAAGAAAUUCUUUUUAAAAAUUGAAAAAAGAAUCAUCUGGAGGUAGCACAGACAACACCAACCAAGAAAACAAGAGACAAAAUUUCUAAUCUGUAACUUGUAGGAGAUAUGAUGAAAUAGUGACUCAUAAAAAACAUGGGAAUUCUAUUAAAAUGUGACAUAUUAGGCAAAUUAAAUAAUCAGAUUGGAGAACGAUUAUGAGGAUAUCUCCAAUGGACAAAACUUUAAUGAGAGAGAGAUAGCAAAAUGGAAAGGAACGAAUAUGGAGACUCUAGGAAUCUGACAUUCGAAGAGUAUUUUCAGGAAGGACAACAGAAUACAAAUAAGCAAAAGUGACUUAUGAAUAAUUUUUAAAAUAAUCCCAGCAUUGAGGGAUCUACACUUCCAGGCUUAUGAAACAACACUCAGGGCUCACCAUAGUGAAUGAAUUGAAACUCCAAACUACAAAAGCACAUUGCGAGAUUUCAGAAGAACAAAUAUAUAGGGAAGAUCCUAAGAGCUUGGAGGCUGUAUUAGGCCGUUCUUGCAUUGAUAUAAAGAAAUACCCGAGACUGGGUAAUUUACAAAGAAAAGAGGUUUAAUUGGCUCAUGGUUCUGCAGGCCGUACAGGAAGCAUGGCGGCUCCUGGGGAGGCCUCAGGAACGUGUCAAUCAUGACAGAAGGUGAAGGGAAAGCAGGCACAUCUUACAUGGCUGGAGCACGAGGAAGAGAGAGAGAGGACGUGCUACAGCCUUUCAAACCACCAGGUCUCCUGAGAACUCACUCACUAUACAGUACCAAGGGGUGUGUACAGUACCAUUCAAGAGAACUCUGCUCCCCAUGAUGCCAUCACCUCCCACCAGGCCCCAUCUCCAACACUGGGGAUUACAAUUCAAUAUGAGAUUUGGGCAGGGACACAGAUCCAAAUCAUAUCAGAGGCAAAGAAAAAAAACUUAUUAAGAAUCAAGAAUUUGUAAUGUCAUAGAAUGCUUCAUGUCUUCACUGAACGUUAAAAGAUAGAAACUUUCACAAUUCUAAGAAAAAACAAUUUACUACGUAGAACUCUUGGAGCAAACUGUCCAUGGGCAGGCAGGGUCAAGGCAUUUACACUGAUGUAGCAUUUCCGAAAAUUUACCUUUUGUGCACCCUUUCUUGGAAAGCUGUGUGAUUAUGUCUUCCUUCAAACAGCGGAAUAAAUGACAAAUAGAAAGAUGGGGAAUCCAAGGAACAGUGGCCUUCACAGAAGAGAGCUGAAAGAAUGCAGGUCUCAGAUUAAUGCCCAGAGCAGGCUGGGACAGCUGGAAUCCUAGAGUGAGACUUCAAGGAGAAAGUACAUAAAAGAAAAGGAAAUGAGCCAUUUGACCAUGUAGAAAUAGUACUUGAGAUGGGCUUUAGUUCCCUUGGAACAUUCAGAAAAAUUGAACAAUAGACACACAGAAAAGCAUGAAAUGAAAAUGUGAAGUUGUUGUUGUCUCCAGAUAAAACAGGAGGCAAUUCAAUGAAGGAGAUUUAAUUAGAGUAGAAUGCUUCAUUCAGGAGUGAUUAUUAAUUGCACAGUUACAAUAAAGUUAAAGAGAGAAGGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-756.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -806.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((....))((((.((.((.((((.(((.(((((((......(((((.......)))))(((((((((..(((.(((((........((..((((((..........))))))..))....(((((.((((((..((..((((((((..((((....))))..)).))))))..)).))))))......)))))((((((.(.((....(((.(((.(((.((((((((((((((((...))))))))))))...))))))).)))..))))).).)))))).............((((((((.........((((((.(....((((((((........))))))))....).))))))(((((.(((((((((((((((((((((.(((....))).)))(((((((.(((((..((....))....)))))..)))))))....(((.....)))...((.((.((((((((..(((..........((((((.....))))))........)))....)))))))).))))......................)))))))).((((((..(((((.....((((((......(((((((.((((.((((((..((((.((((((((.((.(((((....))))).))........(((((((.((........)))))))))))))))))(((((.(((.(((.((((((((..((((....))))..))))).....((((((((.....))))))))......((((((((((.(((((.((((.((..........)))))).))))))))))))..))).))).)))))))))))..))))...)))))))))).....((((((((((((((..(((((((((....))))..)))))((((((..(((((((((((((((((((((...((((((((((((((.(((((..(((...........)))(((((.....)))))..))))).))).)))).))....)))))..))))))))))).....(((((((((....((((..((((((((..((((((........)))))).........((((((((((((.((((.....))))..))))))))))))......))))))))))))..)))))).)))...............................((((((((((((((.((((....((((((((..(((((...(((((.......)))))....)))))...))....))))))..)))).)))......)))))))))))..........)))).))))))))))))....((((......))))...........))).)))))).))))))))))))))))))...))))).....)))))).......(.((((((..(..((((((.(((((((....)).))))).................(((((........))))).....(((((((((((.........((((..((.....))..)))).......(((((((((((..............))).))).)))))..............((((......)))).))))))))))).))))))..)..)))))).)...........(((.((((((....)))))).)))..........(((((.....((((((((((((((..(((((...(((((.((......)))))))....)))))..))))).(((((....))))).........((((..(((((....((((..((((..((((.((..((........((((((.(........)))))))......))..)))))).(((......)))(((.((((.((((....)))))))).))).))))..))))....)))))))))))))).))))..)))))..)))))))))).)))))))))))))((((....)))).......((((((((...(....)...))))))))......(((((((((..........(((((.((((.....)))).)))))..........)))..))))))...))))).)))....))))))))).......((((((((.......................)))))))).)))))))))).)))).)).))))))...(((((......)))))..................((((((.(.....((((.(((...(((((((((((((.((((.((((((.............................((((...((((((((((...(((((((((....((((.(((........))).)))).......(((((((......))))).)).((((....)))).))))...((((((.......(((((.....(((.((.......)).)))....))))).........))))))..)))))...))).)))))))...)))).........((((((((...((((......(((...)))....))))...))))))))((((((..........)))))).......)))))))))).((((((.....(((((...))))).....)))))).))))))))))))).))).))))......).))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
({,{{.|,{{{|.|{.{(.((((.(((,(((((({.,...{{((({,,(((({,{(({(((({.,..{{(.|{(|{{{.{{..,..((..((((((..........))))))..))....,}|..|}||||..}||..|.|||||}}}|(((....)))}{{|.|||||||(({{{{|{{{{{({(({,((((((((((.(.((...{(((.(((.(((,{(((((((((((((((...))))))))))))...})))))).)))..}}))}.).))))}||..........,,||{|{{{|.......,,|({{{{,{,...(((({{({.,,,,,..))|}})}}.,,,}.}}}}||(((((.(((((((((({{({{(({(((.(((....}}).)))(((((((.(((((..((....))....))))}..)))))))....(({.....)))...((.((.((((((((..{,,...,,,|.,|((((((.....))))}}}}....,.)))....)))))))).))))............,,,,,,....|}}||}|},((({{{.{(((((,,,,,((({((,,.,,{(((((({.((((.((((((..,{{,.((((((((.{{,((((({...,)))).})........(((((({{((........))))))))))))))))){{(((,(({,(((,{(((((((..((((....))))..))))).....((((((((.....))))))))......((((((((((.(((((.((((.((..........)))))).))))))))))))..))).,}}.)))))}))))),,)})),..)))))))))),{{{,((((((((((((((..(((({((((....))))..}))}}((((((..(((((((((({(((((((((,...((((((((((((((.(((((.,(((...........})){((((.....))))}..))))).))).)))).}}....))))){{|,,,,))),})}....((((((({(,.,.((((..((((((((..((((((........)))))).........((((((((((((.((((.....))))..))))))))))))......)))))))))))),.)))))).))).........}}}}}}}},.............((((((((((({{{.((((....((((((,{..(((((...(((((.......)))))....)))))...,}.,..))))))..)))}.})}......))))))))))}........,.)))).))))))))))))....((({....,,}}}}......,....)))}}})))).))))).))))},}}))))}},)))}},,}}.}}}}}}.,|,||,(,((((((..,..((({{,.(((((((....)).)))))........,,.......(((((........))))).....(((((((((((.........((((..((.....))..))))......,(((((((((((.........,....))).))).))))),.............((((,....,)))).))))))))))).))))}}.,},.)))))).)..,},......{{{.((((({....}))))).}}}..........{||||},,,,|||||{{{{{(((({.(((((...((((,,((......)))))))....)))))}})))}).(((((....)))))..,,,|,,.{({,.,{{{({....{{{{..((((,,({(((({(,{.....,...({({((.|||,,..},)))})}}..,{{..,.}))}})}|(((......)))(((.((((.((((....)))))))).))).,,,}..,}}},..,)))))))))))))}.)))}..})))),,)))))))))).)))))}})}})))|,||...,|}||...,{{,((((((((,..{....).,.)))))))).}}}..}}}}}.,}},.......,,,....,}}}}}..|,|,|||||||{{{,..(((,({{{{.,||,||},.}},,}))},.,}}))}|}}.,.,},...,|||||,||........,||,|...}}}}},.}},}||},.,,}}}))))).)))),)),)))})}..|||,,({{{,..,,)))}|,,,|}}}},,.....,}|||||||||...((((((({,..{((((((((((((.((({(((({{,.......,,......,.,...........{|{{...((((((((((.,.(((({{{,|....((((.(((........))).)))).......{((((((......))))).)},{{....((((.(({,....,})}.))))...|||{{.,.........{{,{{{{..|),})}..,},,|||......,}})})},)}.)))))...)))))))))))...}}}|.......,,|(((((((...((((......(({...}))....))))...)))))))|((((((.,......,.))))))},,,,,,|||||}|}||{{,,,.....},||,|,}}})})),,}))}}}}},..})))))))))))}.,......,,,.}}))})),,}))},}
Back