Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NSUN2_0000100

Sequence Length

1970 nt

GC Content

0.4426

GUGCUUUGGAGCUUGCUGAUGUGUCUAAUGAACUGCCAGGGCUGAAGUGGAUGCCUGGAAUCACACAGUGGAAGGUAAUGACGAAAGAUGGGCAGUGGUUUACAGACUGGGACGCUGUUCCUCACAGCAGACACACCCAGAUCCGACCUACCAUGUUCCCUCCGAAGGACCCAGAAAAGCUGCAGGCCAUGCACCUGGAGCGAUGCCUUAGGAUAUUACCCCAUCAUCAGAAUACUGGAGGGUUUUUUGUGGCAGUAUUGGUGAAAAAAUCUUCAAUGCCGUGGAAUAAACGUCAGCCAAAGCUUCAGGGUAAAUCUGCAGAGACCAGAGAAAGCACACAGCUGAGCCCUGCAGAUCUCACAGAAGGGAAACCCACAGAUCCCUCUAAGCUGGAAAGUCCGUCAUUCACAGGAACUGGUGACACAGAAAUAGCUCAUGCAACUGAGGAUUUAGAGAAUAAUGGCAGUAAGAAAGAUGGCGUGUGUGGUCCUCCUCCAUCAAAGAAAAUGAAGUUAUUUGGAUUUAAAGAAGAUCCAUUUGUAUUUAUUCCUGAAGAUGACCCAUUAUUUCCACCUAUUGAGAAAUUUUAUGCUUUGGAUCCUUCAUUCCCAAGGAUGAAUUUGUUAACUCGGACUACAGAAGGGAAGAAAAGGCAGCUCUACAUGGUUUCUAAGGAGUUGCGGAAUGUGCUGCUGAAUAACAGUGAGAAGAUGAAGGUUAUUAACACGGGGAUCAAAGUCUGGUGUAGAAAUAACAGCGGUGAAGAGUUUGACUGUGCUUUCCGGCUGGCACAGGAGGGAAUAUAUACAUUGUAUCCAUUUAUUAACUCAAGAAUUAUUACUGUAUCAAUGGAAGAUGUUAAGAUACUGUUGACCCAGGAAAAUCCCUUUUUUAGAAAACUCAGCAGUGAGACCUACAGUCAAGCAAAGGACCUGGCAAAGGGAAGCAUCGUGCUGAAGUAUGAACCAGAUUCUGCGAAUCCAGACGCUCUGCAGUGUCCCAUCGUCUUAUGCGGAUGGCGGGGAAAGGCCUCCAUUCGAACUUUUGUGCCCAAGAAUGAACGGCUUCAUUAUCUCAGGAUGAUGGGGCUGGAGGUAUUGGGAGAAAAGAAGAAGGAAGGGGUUAUCCUCACAAAUGAGAGUGCAGCCAGCACCGGACAGCCAGACAAUGACGUGACUGAGGGACAGAGAGCAGGAGAGCCCAACAGCCCAGAUGCAGAAGAGGCCAACAGUCCAGACGUGACAGCAGGCUGUGACCCGGCGGGGGUCCAUCCACCCCGGUGAGCAGGCCCAAGGCAGCGGGGGCCCACACCCCUCACACGCAAAACUGGCUUCUUCUGGUCACUGGUGUCUGAAACCAAAUCCAGAGCAGCCUGUGGCCUGUAAAGCAUAUAUUUCUAAUGACUGCAGACUGGUGGGAUCAUAGGAGCCUUCUGAAUGACCAGGACUGCUUUCUUUGGAGCUGAUGAAAAUGUACUCUUUUAGCGUGUUAGAAAUCACUUGUUUUAUUUUGUUUCUUUGGCCAAGCUGGGUCUAGUGUUUCUUUUGCUGGGAAUAGACUUUCAAAAGUUGUACUUCUAUCAAGAAACAAAACUGCCCUUGCAGAAAUUUCAGGUCUUUUGUUAAGCCUGUAUUGGUCUUAAGGUGCAGUAUUUUUUAAAUUAUUAUUUAUAGAAAGAAUCUAUAAAUUCUUGGGGAAGUGUGUUAUAAGCUUUAAUAAUUACAUUGAGCUGCACCUCAGUGGUGUGUCAUUAACAUGCAGUGGGGUUAAUAUCUGAGGCCUCAGAUGACUUUGUGCCUUUUGGAAUAAAGGGUAAAAUAAACUCUCCCAGAGUAAGAGCUGUAUCGUGAAUUGUCAUACUAAUUAUUGAGGGGGACUUAUGUGCUUUUAUUGAAUGGAGUGCUUUACAAUUUUUAUUUUUAAAUGGGGUUGGGAUCCUUGGAAUAUUUCAAUAAAAUUGAUAAAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-572.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -611.01

Frequency: 0.0000

Diversity: 555.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((((((((((((((.............(((.(((....((((((.......))).))).((((..(((((((.........(((..(((((...(.(((((((...(((((......))))).....))))).)).)....)))))...)))(((.((((...((.....(((.((((.......)))).)))..)))))).))))))))))))))...(((....)))(((((((((((..(.((....)).).)))))))))))...))).))).....))))))))..)))))))))))))..(((((((.(..(((.............)))..).)))))))((((......))))...(((..((((((((((...))))((((((.((..(((.........((((((((((.(((((((...((.((((((..(((((........(((((.....((((((.(((((((.(((((((.((((..((..((((((..((..(((((((.....)))))))..))..)))))).))...)))).(((.((...(((.....((((.((((((.((.(((.(((........))).))).)))))))).))))...))).....)).)))........((((((((...(((...))).)))))))).....(((((((((((..(((((.(((..((....((((((.((((.(((.......))).))))...))))))....))......))).)))))...)).)))).))))))))))))..))))))).......)))))).....((((((((((..(((((((((..................((((((((.....(((((.....))))).......))))))))(((((((((((...(((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))....(((((...)))))..((((((....))))))(((((..(....)..))))).(((((.((.(((((.(((...(((((.(.(((((..((...(((((((((((((....)))))))))))))...)).)))))).)))))..))))))..)).)).)))))......(((((((((..((((.((((((((((.(.(..(.(((((((((..((.......(((...(.((......)).)...)))........))..)))))...)))).)..)).))))))...))))(((((.........)))))((..(((((((..((((.((((((.......))))......((.......))....(((((....((((.......))))...))))))).))))..)))))))...)).......(((((.((..((((.(((((.(..(((.(((...))).))).).)))))..))))..)).))))))))).......))))))))).....(((........)))...........))))))))).)))..((.((((....(((((((..((.(((((...(((((....)))))....))))).))))))))).....))))..)).........))))))))))))....)))))..))))))..))))))))).................((((((.....))))))))))))))))..((((((((((........)))).))))))..)))))((((((.((((((.......)))).)).)))))).....)))))..)))))).))......(((((((((...)))))))))......(((((...)))))..))))))).)).))...)))))).........))))).))))))..(((((((........)))))))...((....((((....))))....)).))))))..))).((((((((((...)))))...))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((((((((((((((((.{{....},{(({((,...((...((.(.(((((....|{,{...}}||.})))}.|.})...}}..,||}}}|(((...,.(((((((..{(((({......))))).....))))).)).}....))),|{{{|||,{({(((({{{(......(((.((((.......)))).))){{{{,,,,.||...,,,}}}))}}.,(((....))),.))))})}))}.|{{{{{{{{({,{{....,)).})},))))}}))}}},.))))))))..))))))))))))).{(((((((.(..(((.............)))..).)))))))}{({.....,||||..,(((..{((((({({,...||||((((((.((.,(((,,,....,,((((((({((.(((((((...({.((((((.,(((((...,....((({{.....,(((({,(((((((.{{{((({.((((..,{..{(((((..{(..(((((((.....)))))))..))..)))))).}}...)))).{{{.,,..,{{{.,,..((((.(((((((((.(((.(((........))).))).)))))))).))))...}}......,,.)))........((((((((...{{{...}},.))))))))....,((((((((({{..(((((.({{..,{....((((((.((((.(((,,.....))).))))...})))))....|}......))).)))))..,}},}))).))))))))))))..}}))))),,.,,,,)}}}}}.,,..{{{{{,,,,,.,{{{{{({({{{{{{{{{.,..{((.(((((.,,..(((((((,.........{((((((((,,{.(({.((((((((((((.,.(((((((((((((((,,{(((.,({,((((((....)))))}....({{((,,.}}}}},,||,(((({,{..((((((.((((({{{{,.(..(((((((((.{(.(((((.(((...(((((.(.(((((..,{...(((((((((((((....)))))))))))))...,,.)))))).)))))..)))))}.})),)).)))))......,.{.((((.....))))|.....))))..}.,}}},,,))}.)})))))}.,,,|}||{,{,{{,...,.||{|{{,,||{(((((((({,.,,((({{{.{,{{....),,)))),|}|{(({((((({........)))))||}.((,{(((,..|||.||(((({......)))),.....|,.....,}))},}}|||((,,,,{(((.,,,,..}}}}...}))))}},))),)})))),||{{((((...,,,(((((,((..((((.(((((.(..(((.(({...))}.))).).)))))..))))..)).,}})}(((((.{{........))..))))){||,},}}}},,},.}))))}},..,})}}}}},}))}..|}}}})}},.,{{{{|||,,||,|{({{...{{{{|....})))}.,..)))}}.,}))))))}...}},)))}})).,......)))))))))))))..}.)))))..))))))}.,,))}}),.})))))))}.....,((((((((.....))))))))))))))))..))))).))}..,,|||},||,,.,,}}))}})))}}((((((.({{((({,.....))))})).)))))),,...)))))..)))))).)).,,{{.(((((((({...))))))))}......(((((...)))))..))))))).)).))...)))))).........))))).))))))..{{{|||{....,..,)))))))......,,,||||,,..,}}},})))}})))}))}}))}.{{{{{(((((...)))))...}}}}}.