Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NSUN2_0003000

Sequence Length

964 nt

GC Content

0.4720

GUAUCCUGAAGAACUUGCCUGGCACACAAAUUUAAGUCGAAAAAUCUUGAGAAAAUCGCCACACUUGGAAAAGUUUCAUCAGUUUCUAGUUAGUGAAACAGAAUCUGGAAAUAUUAGUCGUCAAGAAGCUGUUAGCAUGAUCCCACCACUGCUCCUCAACGUGCGGCCUCAUCAUAAGAUCUUAGAUAUGUGUGCAGCACCUGGCUCAAAGACCACACAGUUAAUUGAAAUGCUACAUGCCGACAUGAAUGUCCCCUUUCCAGAGGGAUUUGUUAUUGCGAAUGAUGUGGACAACAAGCGCUGCUACCUGCUCGUCCAUCAAGCCAAGAGGCUGAGCAGCCCCUGCAUCAUGGUGGUCAACCAUGAUGCCUCCAGCAUACCCAGGCUCCAGAUAGAUGUGGACGGCAGGAAAGAGAUCCUCUUCUAUGAUCGAAUUUUAUGUGAUGUCCCUUGCAGUGGAGACGGCACUAUGAGAAAAAACAUUGAUGUUUGGAAAAAGUGGACCACCUUAAAUAGCUUGCAGCUACAUGGCUUACAGCUGCGGAUUGCAACACGCGGGGCUGAACAGCUGGCUGAAGGUGGAAGGAUGGUGUAUUCCACGUGUUCACUAAACCCUAUUGAGGAUGAAGCAGUCAUAGCAUCUUUACUGGAAAAAAGUGAAGGUGCUUUGGAGCUUGCUGAUGUGUCUAAUGAACUGCCAGGGCUGAAGUGGAUGCCUGGAAUCACACAGUGGAAGGUAAUGACGAAAGAUGGGCAGUGGUUUACAGACUGGGACGCUGUUCCUCACAGCAGACACACCCAGAUCCGACCUACCAUGUUCCCUCCGAAGGACCCAGAAAAGCUGCAGGCCAUGCACCUGGAGCGAUGCCUUAGGAUAUUACCCCAUCAUCAGAAUACUGGAGGGUUUUUUGUGGCAGUAUUGGUGAAAAAAUCUUCAAUGCCGUGGAAUAAACGUCAGCCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-283.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -302.00

Frequency: 0.0000

Diversity: 244.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...............(((((((.(((((((.......((((((.((.....(((.(((((((...........((((((((.(((((((...(((...)))....))))))....).))))))))..((((((.......)).))))..)))).))).)))....)).))))))))))))).)))))))(((.(((((((((.((((.(((((((..........((.....)).((((....))))(((((....)))))((((((....))))))...(((((((........(((.((((.((..((((((.(((((....((((..(((((((.((((((((((.....)))))))))).((((......((((((..((....((((((((.((.((((......))))))))))).)))...(((((((((.((((((.......)).)))).))).))))))........))..))))))......))))...........((((...((((....))))...))))(((..........))))))))))..)))))))))...)))))))).).)))))).......))))))).....(((....)))...((((..(((.((((((((((((.......)))))))))))).))).)))))))).)))))))..)))...))))))))).....))))))((.....(((...)))...(((..(((((...((.(((..(((((...(.(((((((...(((((......))))).....))))).)).)....)))))...)))))((((((((((......(((.((((.......)))).)))((((.....((.......))))))..(((....)))..))))))))))(.((.(((((((.((.....)).))))))).)).)......))))))))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.......,,,.....(((((((.(((((((.......((((((.((.....(((.(((((((,..,{{{{{..((({((((.({(,,{{.,}|||,,.)))|,,,},,,,|.,..,.,))}}))}..{((({(.......}).))))..,))).))).)))....)).))))))))))))).)))))))(((.(((((((((.((({{(((((({.........,(({,{{{,,.((((....})))(((((....)))))((((((....)))))).}}||||,||.{,{((,,,|||.(((((,((((((({.{{((..,.{{(((..,{(({,{.((((((((((.....)))))))))).,,,,||....,||||}}|,,,.....,}))))}||}|}|.,{{{(.,,))))}},.,,.},...(((((((((.{(((((.......)).)))}.))).))))))....,||,...})))}||{....{{(|{,{{{{{{....,{(({.(((((....{{{{..{|||||((..........,})),)))))..,))))))))}.,)})},}}}}.}))},,,,))))},|.}}}}},....{{{...})))}},{|||,,{((.((((((((((((.......)))))))))))).))).)))))))).)))))))..)))...)))))))))...|,))))))((....|({{...})},..(((..(((((...{,.(((..(((((...,.(((((((..{(((({......))))).....))))).)).,....)))))...)))||((((((((((......(((.((((.......)))).))){{{{.....{|...,,,,}}))}}.{(((....))),.)))))))))){{((|{{{{{({,{{.....)).}))))))|}|.|......))))})))..))