Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NSUN2_0003900

Sequence Length

558 nt

GC Content

0.4803

AUCUUAGAUAUGUGUGCAGCACCUGGCUCAAAGACCACACAGUUAAUUGAAAUGCUACAUGCCGACAUGAAUGUCCCCUUUCCAGAGGGAUUUGUUAUUGCGAAUGAUGUGGACAACAAGCGCUGCUACCUGCUCGUCCAUCAAGCCAAGAGGCUGAGCAGCCCCUGCAUCAUGGUGGUCAACCAUGAUGCCUCCAGCAUACCCAGGCUCCAGAUAGAUGUGGACGGCAGGAAAGAGAUCCUCUUCUAUGAUCGAAUUUUAUGUGAUGUCCCUUGCAGUGGAGACGGCACUAUGAGAAAAAACAUUGAUGUUUGGAAAAAGUGGACCACCUUAAAUAGCUUGCAGCUACAUGGCUUACAGCUGCGGAUUGCAACACGCGGGGCUGAACAGCUGGCUGAAGGUGGAAGGAUGGUGUAUUCCACGUGUUCACUAAACCCUAUUGAGGAUGAAGCAGUCAUAGCAUCUUUACUGGAAAAAAGUGAAGGUGCUUUGGAGCUUGCUGAUGUGUCUAAUGAACUGCCAGGGCUGAAGUGGAUGCCUGGAAUCACACAGUGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-174.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -185.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 151.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((......((((((((((.(((((((((.((((.(((((((..........((.....)).((((....))))(((((....)))))((((((....))))))...(((((((........(((.((((.((..((((((.(((((....((((..(((((((.((((((((((.....)))))))))).((((......((((((..((....((((((((.((.((((......))))))))))).)))...(((((((((.((((((.......)).)))).))).))))))........))..))))))......))))...........((((...((((....))))...))))(((..........))))))))))..)))))))))...)))))))).).)))))).......))))))).....(((....)))...((((..(((.((((((((((((.......)))))))))))).))).)))))))).)))))))..)))...)))))))))).................))))))..)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{,{,,,.,,({({({((((.(((((((((.((({{(((((({.........,(({,{{{,,.((((....})))(((((....)))))((((((....)))))).}}||||,||.{,{((,,,|||.(((((,((((((({.{{((..,.{{(((..,{(({,{.((((((((((.....)))))))))).,,,,||....,||||}}|,,,.....,}))))}||}|}|.,{{{(.,,))))}},.,,.},...(((((((((.{(((((.......)).)))}.))).))))))....,||,...})))}||{....{{(|{,{{{{{{....,{(({.(((((....{{{{..{|||||((..........,})),)))))..,))))))))}.,)})},}}}}.}))},,,,))))},}.}}}}},....{{{...})))}},{|||,,{((.((((((((((((.......)))))))))))).))).)))))))).)))))))..)))...))))))))))....|.,,,.}},,..,|}}}}}..,,...