Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NSUN2_0004900

Sequence Length

1384 nt

GC Content

0.4292

GGUGUGAGCCACCACGCCCGGCUGCAGAUGGUGUUUCUUUAUCAAGCCUACUUACAGAAGAUAGAUUUCACUGUUUGAAUUUUUAGUAACAAUUUCCCCUUUCCCCCACCUUUGUUCAUUAUUAUUACUAUUAUUAUUAUUAUUAUUACUUACUGCCUUACAUGAAGGGUAGUAGUGUGUAGUUAAAAGCUACCAUCAGACUCCCUGGGUUCAAAUCCUAAUCGGCAAGUUACUUACAGUGUUAGACAUCCCAUGUGAAAUGGGACGAAUCAGUAUGUAGCUUGCGAGGUGCUCAGGAAAUGUUAGCUGUUAUAGUGACACCACGCCCCUUUCUCUUAAGUGGAAACAAAUACCCAUCGUGAUGUUUUAGAGUCAGCUUUCAUCUCGUCCUAUCUUUGUUCAGGCAAACUUCUCUAGUUCUGUUUUAAUAGGCAUAUUUGUUAGGUCUGUUUUUUGAAAUCCUCUUUUUUACAUUGUUUAAAGAUAAUGCCUUGGCUAAAAAGCCUGCUUCACUUUUCCCUGUUUUUAGUUGUUUUCUCCACAUUGGCAGUAAAGAGCCUUGGCGUCCCAGUAGCAGCAGGUUCUCCUUUUUGUAUUGUGGAUGUUUUGCAUUUCAUACUGUUGUGAAGAGUGGCUUUGAUCAUACAUGUUGUUGGUAUAUUUGCCUUUUUGCUGGGGGUGUGAGAAGAACCAGAGAUGAGCAGAGGUACACCCAGUAGACUUCCCAGCCUGCAGAGCCUCCCGGGAAGAGCUUCCGUGUUCAGGUGCUUGGGGCCCCACCCUAGGAGCCUGACUCACAGUCAGAGCAGGGUCCCGGCUUGUGUUCAGGAUUUUGAAACAUUUGUAAGGUGAUUUUGUUGUUUCUACACCUUUCUCCUCAUCUUUUUUUUUUGUAGUUAAUCGUUACUAAUAACAGAAAAGACAUUUUUGGCAUGGUAAUUGGCACAAAGUGAAUAAUUGUUGAAUAGAUGACUUUUGAGGCUUUCAAAAUUCGAGUGUCCAUAAAAUCCAUCCAGAGCCACCUGGUUCCUUUUUUUGAACCACUUAACGUAAUUCUGGAAAACCUUGACUGUGGGUCUUAAGUUUGGUGGAUUGCUGCUUCUCACUGGCUGACCUUUGGAGGUCGCAUAUUUCAGGAUGUGAUUCCACUUAGGCUCCAUUUCACCUGACACUGCAAUUCUGUGCCUUCAGAGGGAUUUGUUAUUGCGAAUGAUGUGGACAACAAGCGCUGCUACCUGCUCGUCCAUCAAGCCAAGAGGCUGAGCAGCCCCUGCAUCAUGGUGGUCAACCAUGAUGCCUCCAGCAUACCCAGGCUCCAGAUAGAUGUGGACGGCAGGAAAGAGAUCCUCUUCUAUGAUCGAAUUUUAUGUGAUGUCCCUUGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-383.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -411.67

Frequency: 0.0000

Diversity: 425.23

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((......))))))(.((..(((((((((....((((((................))))))...))))))))).((((.(((((((((..((((.........(((((((((((((..............................(((((((((......)))))))))(((.((((((...)))))))))(((.....)))(((((...((((.(((.(((((((((.(((..((.......((((((.....)))))).....))))).)))))))))..)))....))))..(((((.(((...)))))))).(((((((((.......(((.(.(((...(((((((.(((((((..(((((((((..((((((.......((((((((..((((((((((.....)))).))))..(((((((.((.....)).)))))))...(((((.......)))))...))..))))))))..((...((((....)))).))...........(((....)))................((((((((((.((...((((((((((((..((.(((....))).))..))))).)))))))..)).)))..)))))))))))))..))))))))).))).)))).))..))))).))).))))......)))))))))....)))))...)))))))))))))......(((...((((((((.((....)).))...)))))).)))...((((.((((((..((((((((((((....((((..(((((((((((((((((.(((....)))..))))).((((((((..(((((((.((((((...............)))))).....((((((.((((((((((.((((........)))).))))))))))((((((((.((.......)).)).))))))..............)))))).((((((.....))))))..)))))))...)))))))).(((((((..((.((((((........))))))......))..)))))))......))))))))))))....)))))))))..(((.(((((.((..((....))..))))))).))).......(((......))).....)))))))...))))))))))......((((......)))))))).))))))))).)))).....(((((.(((((...))).(((((.(((((((........(((.(((.(..((....((((((((((.....)))))))))).....))...).))).))).........)))))))))))).(((((...))))).(((((.......))))))).)))))...)).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((......))))))(.((..(((((((((....{{({{{.,,.,........,..))}}}}...))))))))).{{{{.(((((((((..{{({.........{((((((((((((....,,,,,,........,.,,....,,,,(((((((((......)))))))))|{(.((((({...}))))))}}.......{||((((.....,||...{(.(((((((((.(((.,,(,,...,.((((((.....))))))..,,,}.))).)))))))))}}}}|||}}}}}|,,{(({,.((({,{|||||||,.(((((((((.......,(({({((({{{(((((((.(((((((..(((((((((.,((({{,...,...,,,,,,{{,..(((((((((.....)))).))}}}.|||{(((,{{.....}},)}}}}}}...,{{{{.......,,,..{{{||||,}}}))))}})|...((((....)))).,,...,,......,,|,....}},.,.......,||,..|(((((({{(,((...((((((((((((.{((.(((....)))..)}}))))).)))))))..)).))}..))))))})))}))},))))))))).))).)))).))..))))).}))},,))}}})}}))))))))).,,,|||..,,,||||||}||||||.......((,,.((((((,(.{,,,..,),,,...)))))).}|,...(((,(((((({,,(((((,,,,,||}}}||{||||||{{{|{(({{({((((((((,,,.||,,,|||||,({{{{{||..{|||{{|,,,||,|}},,,|,,.,..,,,)))))},...,||||||,|{{||||{{{.{{{{...}||||||,},}||||||.}}||}))}}},||}}}}}}}})})),})))})},,,,,.,.,}},,)))}}|.{((((({...,)))))}.,))}}}||,,,|}}}}||}.(({{((({,...((((((........))))))......}}..,}}})}}......}}}}}}})))))....}}}}|||||.,(((,(((((,,,.,(({,..||,.||||||}{|||.....,,({{.|,|,.}}),....))})))}...)))))))}}).,.,..,,||,,,,,,)))))))}.|})))))}),))))...{,(((({.{,(((...}}}.{((({.{(((({|,.||||.,|||||{,,|,}||,.,.((((((((((.....)))))))))).,,,,)}.,.,.,,)})))..},,.,,,)))))))))))).{{(((...})))},|,{|{.......}},}}}}.})))},..)).)