Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_OGDH_0002600

Sequence Length

1748 nt

GC Content

0.5023

UCAUGGGACAUUUUUUUUCGCAACACGAAUGCCGGAGCCCCACCGGGCACUGCCUACCAGAGUCCCCUUCCCCUGAGCCGAGGCUCCCUGGCUGCUGUGGCCCAUGCACAGUCCCUGGUAGAAGCACAGCCCAACGUGGACAAGCUCGUGGAGGACCACCUGGCAGUGCAGUCGCUCAUCAGGGCAUAUCAGAUACGAGGGCACCAUGUAGCACAGCUGGACCCCCUGGGGAUUUUGGAUGCUGAUCUGGACUCCUCCGUGCCCGCUGACAUUAUCUCAUCCACAGACAAACUUGGUGAGGGUCUGAGAGCAGUCAGCUGCGUUGCUUGAGCUCCUCUCGCUGUGCCACGACCUGUGGUAGCCAGGAUGUCCAGGCAGGAGGGAAAGGCUCUUAAGUUUCCUUUCAUUCUGAUCACUUGAAAUUUAUCGGUAUUGUAGCCUUAGUGUGUUUUGGGCAAGUUAUUUUUAUCUUACUUUUUCAGCCAGAUUGUCUUAAGUCUCAAAAUUUGAAAAUAAAAUUUUGGACAGAAAGGUUUGUGGCACAGGGAAAAAGCUUGUCCACCUGGGGCAGGUGGAUCAGAAGCACUUCAGAGUAUAGCUCUUUUGGCUUCAGGUUUUCAAAUGUCAGUGCAGCACUGCCUUCAGUGAGGCAUGUCCAUGAGGCCUUGCUCAGGAACUGCUGACACAGCCAUCCUUUUCUGAAGCCCAGUGUGGCCUGCCCUUGACUGGAGGCCAUGUCCCUUAGGGGACGAAUUCUAGAGCAAGUUGUGCAGUUGGGUCUCCUGAUUUGUAAUUGCUGGUGAUCACACUGAGGAAACUUUGGAAGGCAUUCCCACAGCGUCAGGAGGUCAGGGCCUUUGGGAGGUGCAUGUAUGGAGCACACUGGGGUUUUGUCACGGUUGCCAGAAGAUAGUCCCACCUACACCCCCUCCUCCUCAUGAAGUGAGGUGGGUGUUGUGGCUGGGCUCUCACCUGCAGUUGCUUUGCAGAGUUAGUCUGCUUUAUGUCACUGUGCUGCUAACCUGUACUAAAGAAAUGAUGAUGUGACUAAUUUUUAAAUGGCCAGGGUGUUCACAAUAGACACUGUGCAUGCUGAUGAAAUUGAUGAUCACUUACUUGCCUAAUACUCCUCUUGGGAUGGGUACGAAAUUAGCCUCCUCACAGGCACUUUUGGGGAAUGGUACAGACAGUCUCUAAGGCUCUGCAGUGCCUGGAUAUCUUUAUAGGCAUUACUAAGUUAUGUCUAGGGGAUGAGGCAUUAAUCAUCAAACAUCAUUGACUUUGGAAUUGGCAUUGAUGGUUUGUAAUUGUUUUUUUAAUACCAGCCCUUUAGCGGAUUUAGGAAGGGAGUUUAGAGAAAUCCUCUUGAAUUUUAUUGAUUAAGGCCAGUUCAGAUGGUAGACUGGGCAUGAGUUGAACCCUGCUUUUUCAUUCCGUGGUGACAACUUUGUGCUCCCAAGAAGAGGGCCUCUCUUUGCAGUGUCCCCGGAGGUCUUGGAGCCUCUUCCCUACUGCUCACCCCUUAGUACAGCAAACCUCCCUGCUGGCACCCCCAGUCCCAUCACAGCCUGUCUGCCCUGUGCCUCUCCAGCCCCCAGAGACUUCUAGACCUGUGGGAUCCUCUUCAGGUGCUCAGAGCAGGCCAAACUCCCCAGCUGGUAGACUUGCUGCUCCCUGAUGAAGAGCACAGGGACUUGCAUCUGGAAGCCACCUCUUCAGAGGAAAACCUCCCUCUGCAUUUAGGCAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-590.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -626.12

Frequency: 0.0000

Diversity: 487.70

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((.........((((.....)))).........))))...))(.(((((((.(((((.....((((.(((((((.(((...)))))))...((((((((((((.((((((((...((..(((.((((...(((((((((((.((((....))))(((......)))..((((....))))...........((((((..((.(((((.(((((((......((((((.(((((((....))))))).))).))).....(((..((...(((((.(((.((.....))))))))))...))..)))..))))))).))))).)).)).))))((.(((((((((((((((((((.(((.((....)).))).(((((((((..........)))))))))......)))))............(((......))).((((.((..(((((.((((............)))).))))).)).))))......(((.((((((((.......)))))))))))....))).))))))))))).))...)))))))))))...))))..)))..)).(((((.(...(((((...)))))...)))))).((((((((...(((((.(((((((((.((((((.((((.((((((.((((......)))))))...((((...)))))))))))..))))))..)))))....)))).).))))))))))))..(((((....))))).........((((((((...((((((((......((((((...(((((..(((.(((.(((((((......(((......((((((((.(((.(((((((.((((...((((((((((((((((((.(...(((((((...((((.(((((((.((..((.((.((((((.((((((((((((.(....).)).)))).))))))...)).)))))).))..)))))))))...(((((.((((((..((.............)).)))))))))))((((((...(((((((((.......(((((..((((((.((((((.......)))))).))...)))).)))))((((((((........((((((....((((...))))))))))........(((((.((.((((((((((((((((.((.......)).)))))))).......)))))))))).(((((..(((((((.((...)).))))))).))))))))))....))))))))))))))))).))))))....((((..((.(((((((......((((((((..((.((......))))..))))))))(((((((((((.....))).))))))))..(((((((((((((((.........))))))((((((((((.(((.((...........)).)))..)))).))))))......((((((.....))))))((((((.....((((((......))))))....)))))).....))))))).)))))))))))..)))))))).)))))))))))).)))............)))))))).))))))).....))))))).)))))))))))))))))))))))).))).)))))..)))).))))))))))...))))))))((((.........)))).))))))))))))..)))..))))).....))).)))).......)))))....))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.{(((,{.......((((.....)))}.,..}}.|,||}}..,))|.(((((((.(((,(.....,,,{.|||((((.{((...))))))),..((((((((((((.((((((((...((..(((.((((...(((((((((((...{(((((,|,,,.((((((((({,.((((.,,,||||,...,......|,(((({(,,.,({((...)))||....,,.(((((.(((((((....))))))).)))}),)))))){{{{{(....(((((.((,.{,.,...,,}))))}))},,)))))}}.)}}}))))))))))),}.).))))){(.((((((((((((((.,{{,.(((.((....)).))).((((((((,.{{{....}})))))))))..||||,|}}}|{{{,,...,,,(((......|||,,{{,..,..|||||}{{{{,|....,,.,..,}},.}}}}),}|||||...,...(((.((((((((.......))))))))))),,,.)))}}}))))))))).)}...)))))))))))...))))..)))..)).(({((.,...(((((...)))))...||||||{({,,,,,,.,,(,({({((((((.,{((({{(({{((({{,{{({.{,,{||,},,)),)))|..,||||.,,)})}}}),,,..})))))))).,}}|{|||{|,||,...,,,)))))))}|(((((....))))).........((((((((...((((((((......((((((...(((((..(((.(((.(((((((......,,,.{,...((((((((.(((.(((((((.((({...(((((((((((,,,,,((.({{.(({(((({,.,({({,(((((,{((..((.((,((((((.((((((((((((.(....}.)).)))).)))))).,,)).}))))).))..|||{{{{.|{.,|(((({{{{{{||}||.....},.,}}}}}),)}}))))}}}}|{{{{{...{(((({{{{.......,,,,...,{{{((.(((({{,......)))))).))...})}|,||,,.((((((((....,,..(((((....,((({...|||{.||,||......}},||||}||.((((((((((((((((.((.......)).)))))))).......)))))))),,.,,,,,..{((((((.((...)).))))))))))))},))))).,,))))))))}))))))),.}}}}}((((((((.{((((((({.({,{{{{....,,}}}})),}}||,..,.,,|{{{{{{{||}||{{,{({,,,|,..}}))))))))))}.....))))}.)))))))).{{{{{..{{{{((((({((((((.(((,,{...........,).)))..)))))},)))).,....((((((,...,)))))}((((((.....((((((......))))))....))))))........,.||.{((((........)))))})}.,}))))))))))}}}}|},,},.})},,)))))))).))))}}),,...))))))).)))))))))))})))))))))))).))).)))))..)))).))))))))))...))))))))||{{,||,.,}..))}).)))))))))))),.)))..))))).....|||{||,.......})))))....))))))))