Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_OGDH_0008400

Sequence Length

1048 nt

GC Content

0.5725

GGCUGAGCCGGAUCUUGAAGACUCGUGGGGAAAUGGUGAAGAACCGGACUGUGGACUGGGCUCUAGCGGAGUACAUGGCGUUUGGCUCGCUCCUGAAGGAGGGCAUCCACAUUCGGCUGAGCGGCCAGGACGUGGAGCGGGGCACAUUCAGCCACCGCCACCAUGUGCUCCAUGACCAGAAUGUGGACAAGAGAACCUGCAUCCCCAUGAACCAUCUCUGGCCCAAUCAGGCCCCCUAUACUGUGUGCAACAGCUCACUGUCUGAGUACGGCGUGCUGGGGCUUGCUGGGCUUCGCAUGGCCAGUCCUAAUGCCCUGGUCCUCUGGGAAGCCCAAUUUGGUGACUUCCACAACACGGCCCAGUGUAUCAUCGACCAGUUCAUCUGCCCGGGACAAGCCAAGUGGGUGCGGCAGAAUGGCAUCGUGUUGCUGCUGCCCCAUGGCAUGGAGGGCAUGGGUCCAGAACAUUCCUCCGCCCGCCCAGAGCGGUUCUUGCAGAUGUGCAACGAUGACCCAGAUGUCCUGCCAGACCUUAAAGAAGCCAACUUCGACAUCAAUCAGCUAUAUGACUGCAAUUGGGUUGUUGUCAACUGCUCCACUCCUGGCAACUUCUUCCACGUGCUACGACGCCAGAUCCUGCUGCCAUUCCGGAAGCCGUUAAUUAUCUUCACCCCCAAAUCCCUGUUGCGCCACCCCGAGGCCAGAUCCAGCUUUGAUGAGAUGCUUCCAGGAACCCACUUCCAGCGGGUGAUCCCAGAAGAUGGCCCUGCAGCUCAGAACCCAGAAAAUGUCAAAAGGCUUCUCUUCUGCACCGGCAAAGUGUAUUAUGACCUCACCCGGGAGCGCAAAGCACGCGACAUGGUGGGGCAGGUGGCCAUCACAAGGAUUGAGCAGCUGUCGCCAUUCCCCUUUGACCUCCUGCUGAAGGAGGUGCAGAAGUACCCCAAUGCUGAGCUGGCCUGGUGCCAGGAGGAGCACAAGAACCAAGGCUACUAUGACUACGUGAAGCCAAGACUUCGGACCACCAUCAGCCGCGCCAAGCCCGUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-380.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -398.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 199.99

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..((.((.(((((..(.(((.(((((.....(((((((..(((..(.((((.(((....((((((.(....(((((((((((.(((((((((((((.....)))...)))))..)))))(((((((.((((((((((((((((...((....))....))))))))).((.(((.....))).))(((((.....(((....))).....)))))((((......)))).........(((.((....)).))).(((((.(((.(((((.(((((......((((((((.((.((((((..(....)..))))))...)).))))))))...(((......)))..((((......)))).((((((....((.(((((((..(((((..((((..((((.(((((((((((......)))).)))))))))))))))..((((((.(((.........)))))))))...(((.....)))))))).))))))).))..)))))))))))))))).))))))))......((((....))))((((.(((((.((.........)).....))))).))))....))))))))))))))..............)))).)))))))...)))))))))).)))).)..))).......))))))))))))....((((..((((((......((((((.(.((((.(((....((((((.((.......(((((...((.((((....(((((((.((((.((((..((........))...)).))...))))..))))))))))).)).))))).....((.(((((((..(..(((.......)))..)..))))))))))).)).))))....(((.((.((.......)))).)))..(((((((((((.....))))))).)))).......))).)))).)))))))))))))))))..)))).))))).))..((((...(((......(((((......)))))......))).))))..))..))))(....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((..(((((.(((((..{.(({.(((({....{((((((({.(((..(.((((.({(,{..,(((((.{....(((((((((((.((((((((((,{,{{....))...)))))..)))))(((((((.((((((((((((((((...((....))....))))))))).{{.(((.....))).},(((((.....(((....))).....)))))((((......)))).........(({.(({{{{||{||,.(((((.(((.(((((.(((((......((((((((.((.((((((..(....)..))))}),..)).))))))))...{{(,,....})),.((((......)))).((((((....((.(((((((..(((({..((({.,((((.(((((((.,,({{....)))).))))))))))))))).,((((((.(((.........)))))))))}.{(((.....)))))))).))))))).))..)))))))))))))))).))))))))......((((....)))),,,,.{{,{({{,....,}..,),...}))))))})))}..,.))))))))))))))..............)))).)))))))..})))))))))).)))).)..))).,.....)))))))))))}....((((..((((({.....{((((((.(.((((.(((..{.(.(((({(,.{{{{.,{,((|,,.((,(({(..,.{(({{((,((((.{(({,.{(,,......||...}},|,...))))..)})))))}}}}.)).,,}}}.....{(.(((((((..(..(((.......)))..)..))))))))}}|,|}},}}),,..(((.((.((.......)))).))).,|{{{(((((((.....))))))).)}))))}}...))).)))),.)))))))))))))))),})}},.))))).}}..((((...(((....,}||,||}}....}}}}|,....,),,.}}))).))..))))(....)