Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_OGDH_0009400

Sequence Length

2827 nt

GC Content

0.4503

GAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGGUGGACGUUGCAGUGAGCUGCUAUCACGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAAUAAGAGCAAAACUCCGGCACAAAAAAAAAAAAAAAAGUCCCAUGAUACCAGAUGAGGGAGGUCACAGCUUACAUUCACGUUGGUCAAAUGACAUGUCUUAACAUGCAGCCCAGGAGCUGUUGCCUCUCACCUGCAAAUGCCCCCAAGGACUCCACUAGAGGCAAUUAAGUAUGUCCAAGAUUGAGGGUUAGUGCCGCUGCCUGCGGCCUCCUUCAGCAGGUGAGUGGCAGCUCACCACUGGCUCAGAGGCCCAGCCCCAAAGCAAGCCCUUCAGGACAGAGAAAAAAACACUGGACGGCAGGUCCUGCCAAGUCACAUGCCAGCUGCACUUGUGUGAAGGGAGACCCAUAACAUUGAGAUUUCUAUAGGGACAGUGGAGUGCAGGAUGUUGACACAGCCUUUACCACCCACCAGGGGUCACCAGGCCAGGAAGCCUGCAUCCCACCAGUCACCAAACCCCCUUUAGUCUUCAAUCAAGGUGAGCCCCUUGUUUUUUGGGGGUUUUUUCCCAAUCUUUUUUUAUUUUUAAUUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUAUCGCUCAGGCUGGAGUGUGGUGGCACAAUCUCGACUCACUGCAAGCUCCACCUCCCGGGUUCACGCCAUUCUCCCACCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUGCAGGCGCCCGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUGUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUGUCAAUCUCCUGACCUCAUGAUCCACCCAUCUUGGCCUCCUAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCAUGCCCAGCCCCCAGUCUUUUUUUAUUAUGGUAAAAUACACAACAUAAAAUUUACCAUUUUGACCAUUUUUAAGUAUCCAGUUCAGUGUGUUACUGCCUCUAUAAAUUUGACUACUCUAUGGAACUCAUAAGUGAAAUCAUACAGUCUUUGUCCCUUGCGACUGGCUUGUUUCAUUUAGUAUAAUGUCUGCGAGGUCCAUCCAUGUUGUGUAGCAUGUGUCAGAAUUUCUUUUUUUUUAAGACUGAAUAGCCAGGCAUGGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGUUCGAGGCAGGUGGAUCACUUGAGGUCACAAGUUUGAGACGAGCCUGGCCAACAGGGUGAAACCCCGUCUCUAUUAAAAAUACAAAAAUUAGCAGGGUGUGGUGGUGCACGCCCUGCUACUCUGGAGGCUAAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUUGCACCACUGCACUACAGCCUGGGCAACAGAGUAGGACUCCAUCUCAAAACAAAACAAAACAAAAAAGACUGAAUAGGCUGGGCCCAGUGGCUUACACCUGUAAUCUCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGUCGAUCACUUGAGGUCACGAAUUUGAGACCAGCUUGACCAAUAUGAUGAAACCCCAUCUCUACGAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCAUGGUGGCGCGCACCCGUAAUCCCAGCUACUCAGGAUGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCGCCACUGCAUUCCAGCCUGGGUGACAGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAUAAAUAAAUAAACUAGCCGGGGGUGGUGGCGCAUACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACAUGGGAGGCAGAGGUUGUGGUGAGCCAAGAUCACGCCGUUGCACUCCAGCCUGGACAACAAGAGCGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAGACUGAAUAAUACUCCAUUAUAUGUGUAUGCCACAUUUUGCUCAUCCAUUCAUCUGUCGAUGGACACUUGGGUUGCUUCCAUGUUUCAGCUAUUAUGAUUAGAGGAGCUGCUAUGAACAUUGGUGUACAAAUAUUUCUUUGAGUCCCUGCUUUCAGUUCUUUUGAAUAUGUACUCAGAAGUGGAAUUGCUGGACCAUAUGGUAAUUCUAUUUUUAGUUUUUUGAGGAACUGCCAAACUUUCCACAGUGGCUGCAUUUUACAUCCCACCAACAGUAUAUGAGGAUCCCACCAUCUCUACAUCCUCAUCAGCACCUACUAUUUUCUGGUUUUUUCAUAGUAGCCAUCUUAAUGGGUGUGAGAUGAUAUUUCAUUGUGGCUUUGAUUUAUAUUUCUGUAAUGAUUAAGUGAUGUUGAGCAUCUUUUCAUAUGCUUAUUGGCCACUUGUAUAUCUUCCUUGGAGAACUGUCUAUUAAAAUCCUUUUUUUUUUUAAUUUAAUUUUUUUUAAGAGACAGGAUCUCUCUAUGUUGCCCAGGCUAGUCUUGAACUCCUGGGCUCAAGGAAUCCUCCUACUUUGGCCUCAAAGUAUUGAGAUUACAGGCAUGAGCCACGGUACCCAGCCUAUUCAAAUUAUUUGCCCAUUUUUGAAUCUGGUUGCUUGUUUUUGAGUCUUAAGAGUUCUCUGUAUAUUCUAGAUAUUAAUUCCUUAUCAGAAAUAUAAUUUGCAAAUAUUUUCUCCCGUUCUAUGGGUUGUUCUUUUAUUCUGUUGUUAGUAUCUUUGGUUUUGGUUUUGGGUUUGGGUGUUUUUUUUGUUUGUUUUUUGUUUUUUUCCGAGAUGGAGUCUUACUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGCAUUAGUGCAAUCUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1157.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1202.08

Frequency: 0.0000

Diversity: 568.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.((.(((((((.(((((((((..((((((((((.((.......((((((((((((((((((((((.(((.((((...((((((...(((((((((.((((((((..((.((((...(((((((((.(((..(((((..(((.....((((.....((.(((((....)))))))...(((((.((((((((.(((((((((............((((...(((.((.....)).)))..)))).....((((((..((.(((((.....)))))))))))))))))))))).)))))).........(((..(.(((...))).)..)))..(((.(((((................))))).))))).))))))))).....)))..)))))(((....)))...(((((.(((......)).).)))))...(((((.((((.(((((((...(((.....((((.....((((.....))))....)))))))....))))))).))))..))).))..))))))))..))))...)))).)).((((((((........)))))))).........)))))))).))).............................))))))...))))))...))))))).)))))))))))))))))))))).......)).))))))))))..))))))))).))))))).)).))))))(..(((.(((((((..((((((.(((..(((........((((((((((((.((((.....((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.((((((.(.((.((((.((..(((((((((((((((((..((((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..((...(((((((...(((..((((((((...............))))))))..))).........((((.(((......)).).))))...........((((((......(((((.(((.((((((((((....(((((............)))))....))))))))))(((.......)))))).))))).((((((....)))))).))))))..............)))))))....))..))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))..)))))))))..))))))))..)).)))).)).).)))))).)))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..))).))))))..))))))).)))((((.......)))).....((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((..(((((((((((((.(((((..((((((((((.(((..(((..((((((.(((.((.((((((((...............((((......))))....................((((((((((.((((((((.((((....(((((.(((((((((....)))))((((.....)))).((.((((...((((.(.((.(((((((.((((....)).))))))))).))).))))))))..))(((((...))))).....................))))..))))))))))))).))))))....))))))))(((((....))))).((((.......))))......((((((((.(((.(((((........)))))))).)))).))))(((((((.(((((((((.((...((((((((..((((((((((((((((((....((((....((((.(((((((((......((..(((((((((((....))))))....))))).))....(((((((((((.(((....)))...)))))....))))))))))))))).))))......)))).......))))).)))))(((........)))(((((((((((((((.......)))))))))))))))(((((((((((((((....((((....(((((((((...(((((((((.((((......((..((((((((..............))))))))..))..(((((((..............))))))).........))))))))))))).....))))))))).))))..(((((....))))).(((((((((....(((((((........))))))).....))))))...))))))))))))))))))...(((((((..........)))))))....))))))))..))))).))))).)))).))))).))))))).)))))))).)).))).))))))..)))..))).))))))))))))))).)))))))))))))..))))))))))..)))))))))))))........(((((.....(((((.((.((((.......((((...((((((....(((((.((((.((((.........)))))))))))))....))...........(((((...)))))....))))..)))).......)))).))..)))))......)))))......)))))))))))))...))))))))).....))))))))))))))))))))).))))))))).))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,,,,.{{.(((((((.(((((((((..((((((((((.((.......((((((((((((((((((((((.((,{((((.,.((((((.,.(((((({((,((((((((,,((.((({...(((((((((.(((..(((((,.,......,{{((,,...{(.(((((....)))))}|{{|||{||||||{((((.(((((((((...,{{{.....((,{...,||.|,}}},.,,.,,,..}}}}.....((((((..((.(((((.....)))))))))))))))))))))).)))))),,.,..,|}|||..{.{|{...}|,.,..,))..{((,(((((................)))}},|||,{,|,}})}}...|{{{|||{.,,,,)}},.,}})))},}|||||}}|,......}|,|.,..},...(((((.((((.(((((((...(((.....((((.....,(((....}))}}....)))))))....))))))).))))..))).))..}))))))}..))))...)))).)).||((((((........))))))},.........)))))))}.,},,,.........,,..........,...,.}))))).,.)))))).,.))))))).)))))))))))))))))))))).......)).))))))))))..))))))))).))))))).||.||||||(..(((.(((((((..((((((.(((..{{{.,{,,..|((((((((((((.((((({,...,{(((((((((((((((((((((((((((((((.((((.((((((.{.((.((((.((..(((((((((((((((((..((((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..((...(((((((...{{{..{(((((((...............}))))))}..|||,......,,{{{,.,{({,.,{{||.}.}))))......,,}},{|||{......(((({.(((.((((((((((.,..(((((..........,.)))))....)))))))))){{{.......})}))).})))}.((((({....)))))).))))}},.............)))))))....))..))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))..)))))))))..))))))))..)).)))).)).}.)))))).)))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))}},,))).))))))..))))))).)))..|}}}}}}.}),,,..,|.((((((((((((((((((((((((((((((((((.,.((((({.(((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((({,((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((..(((((((((((((.(((((,.{(((((((((.{((,,(({..(({{{(,(({.({.{{{|{|||,||.||},,|.....((((......))))....................((((((((.({((((,,,,.||||.,,..{|||}||||(((((....))))){{((,,,.,||}||{{{.((({(((({(,(.((.(((((((.((({....)).))))))))).,)){||||||||{{{{((((,{{{|||||,,{{{{{,,............||||.||||||||||},,,.)))).,...}))),)))),(((({{{{||((((((((.{{.{{,,,,{{,{{,,((((((((.(({,(((((........)))))))).)))).}|||{,,,|||,{,,,,,((({((,..((,((((,...,,,,.....||||,||{,,,,,,,,.,,,||(({((,,,,,||}}},}}||}},{({((((({{.,,.}}}})).,..))))}.,},}}}}|||||(({({.,,,,...,.,}..)))}}...,},|,,.}}}}))})}.,},,.....})),)}}}))},)))))}})))))}}.........,|(((((((((((((((.......)))))))))))))))|((((((((((((((....{{{,....(((((((((...(((((((((,(({{......((..((((((((..............))))))))..))..((((((,....,{{.......})))))).........})))))))))))).....))))))))).,}}}..,{{{{....,}}},.||{{(((((.,,.(((((((........))))))).,}..))))))...,,,))))))))))))))}...,,{((((..........})))})),,.,))))))))..))))).))))}}))}}.)))))}))))))).})))))}},)),))),}))))).,))},,))).))))))))))))))).)))))))))))))..))))))))))..)))))))))))))........(((((..,,,((({(,,,..((({,....,||||....((({,...,,....}}}},((((((((((.....,.(((({,{{,{,...((((.........(((((...)))))))))...,,)))))))..))))))))))..}}}.,.)).,})))),.})))))))))))))))))}},}}))))))).....))))))))))))))))))))).))))))))).})))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))).)