Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAIP2_0001100

Sequence Length

511 nt

GC Content

0.5421

GCUGGAGUGCAAUGGAGUGAUCUUGGCUCACCGCAACCUCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGUGAUUACAGGCAUGUGCCACCACGCCCGGCUACUUUUGUGUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCUCCAUGUUGGUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGAUCUUCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCACGCCCAGCCUACCUGCCAGUUUUAUAGUGGGUCAGAAUGAGGCAUGAGCCAAAGAUAAGAUAGUAACAGAUGAGGCUGGGUGCGUUGGCUCACGCCUGUAAUCCAGCACUUUGGGAGGCCAAAGUGGGCAGAUCACCUGAAGUUGGGAGUUUGAGACCAGCCUGACCAACGUGGAGAAACUCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAGUUAGCCGGGCGUGGUGGAGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUGCUCCGGAGGCUGAGGCAGGACAAUCGUUUGAACCCAGGGGAGAUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-357.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -362.27

Frequency: 0.0006

Diversity: 33.83

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((((.....(((....)))..)))).).))..(((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((....(((((((((((((((((.(((((((((.(((((((.(.((((((((((..(((...(((((((..(((.(((..........))).)))...))))))).....)))...)))))))))).).))))))).))))))))))))))))))))))))))....))))).))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))))))))))).))))))))).)))))))))))))))....((.((((....)))).))...))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.(({({{(...{((....))),,))}).}.})..(((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((.,..(((((((((((((((((((((((((((.(((((((.(.((((((((((..(((.,.(((((((..(((.(((..........))).)))...))))))).,...)))...)))))))))).).))))))).))))))))))))))))))))))))))..,.))))).))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))))))))))).))))))))).))))))))))))))}....((.((((....)))).)}...)).,