Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAIP2_0002100

Sequence Length

344 nt

GC Content

0.4012

GUUAAAAACGACAACCAACAUCAGCCAUGAAAGAUCCAAGUCGCAGCAGUACUAGCCCAAGCAUCAUCAAUGAAGAUGUGAUUAUUAACGGUCAUUCUCAUGAAGAUGACAAUCCAUUUGCAGAGUACAUGUGGAUGGAAAAUGAAGAAGAAUUCAACAGACAAAUAGAAGAGGAGUUAUGGGAAGAAGAAUUUAUUGAACGCUGUUUCCAAGAAAUGCUGGAAGAGGAAGAAGAGCAUGAAUGGUUUAUUCCAGCUCGAGAUCUCCCACAAACUAUGGACCAAAUCCAAGACCAGUUUAAUGACCUUGUUAUCAGUGAUGGCUCUUCUCUGGAAGAUCUUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-69.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -78.61

Frequency: 0.0000

Diversity: 61.93

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...................)))(((..((((((..(((.((....)))))........((((.(((.(((.((.((((((......)))))))))))))).))))....((((((((((.......))))))))))...((((......)))).((((......((((((..(((((.((((.(((...(((((((((((.(((((...)))))))(((..((((.....((((..(((((...)))))..))))....))))))).......((((.....))))......))))))))).))).)).)).)))))..))))))))))...)))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...................)))(((..{(((((..,{{,{{.,..}.,}}.}}....,((((.((,{(({,((.((((((......)))))))))))))).)))).,..((((((((((.......))))))))))...((((......)))).,,{,.....{((((((,,(((((,{,((.(((...(((((((((,,.{{(((((.,.....,))))}{,((.....((((..(((((...}))))..))))....)))))}.....,,.((((.....)))),}....))))))))).))).)).}).,)})).,))))))))))...)))))))))