Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAIP2_0002700

Sequence Length

814 nt

GC Content

0.3784

AUCCAAGUCGCAGCAGUACUAGCCCAAGCAUCAUCAAUGAAGAUGUGAUUAUUAACGGUCAUUCUCAUGAAGAUGACAAUCCAUUUGCAGAGUACAUGUGGAUGGAAAAUGAAGAAGAAUUCAACAGACAAAUAGAAGAGGAGUUAUGGGAAGAAGAAUUUAUUGAACGCUGUUUCCAAGAAAUGCUGGAAGAGGAAGAAGAGCAUGAAUGGUUUAUUCCAGCUCGAGAUCUCCCACAAACUAUGGACCAAAUCCAAGACCAGUUUAAUGACCUUGUUAUCAGUGAUGGCUCUUCUCUGGAAGAUCUUGUGGUCAAGAGCAAUCUGAAUCCAAAUGCAAAGGAGUUUGUUCCUGGGGUGAAGUACGGAAAUAUUUGAGUAGACGGGGCCCUCUUUUGGUGGAUGUAGCACAAUUUCCACACUGUGAAGGCAGUAUUAGAAGACUUAAUUGUAAAAGCUCUCUUGUCACUGUGUUACACUUAUGCAUUGCCAAAGUUUUUGUUAGUCUUGCAUGCUUAAUAAAAGUGCUGAGACUGUUACUAAGUAAAAAGCUGUCAAACAUUUACUGAAAAUAGAAUUGGCCCCAUGGCUUGAUGUGAAGACAGCAAGGAAAGAAGCACCAGUCAAGUUGUGAACAAGCACCAAAUUAAAAGACCUAAACCUUACCAAAUUGUCUUUUUUUGAGGCUAAUCUAUCACUUGUUAAUGUCUAAACUUUAAAAUCAGUACAUUUAAUUUGAGUUCCAACUGUUAAGCAUAUUUCUCAGACUUAAAUUUGAUUAUGUCCCCAUCAAAAAGAAUCUCCAUUUUCUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-174.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -192.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 200.63

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((....))(.(((..(((((.((((...((((.(((.(((.((.((((((......)))))))))))))).))))....((((((((((.......))))))))))...((((......))))..........(((((((..(((((.((((.(((...(((((((((((.(((((...)))))))(((..((((.....((((..(((((...)))))..))))....))))))).......((((.....))))......))))))))).))).)).)).)))))..))))))).((((((((((((....)))))....)))...)))).......((((......)))).))))..)))))(((....(((((...(((((((((.(((((((((((((((..((((..........))))..((((((........(((((...((((.((.((((..(.((((.(((((....((((((..((((((...))))...))..))))))..)))))..))))).)))))).))))))))).....))))))..))))))))))))...)))...)))))).....((((.((..((((((((((((.(((..(((.(......).)))....(((..((((..(((((((.................)))))))))))..)))..))).)).)))))...)))))..)).))))((((((...((((((((((((......((....)).......)))))).))))))))))))..)))....))))).......))).....)))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.,,,||{....,.(((((.((((..,((((.((,{(({,((.((((((......)))))))))))))).)))).,..((((((((((.......))))))))))...((((......)))).{{{,....,(((((((,,(((((,{,((.(((...(((((((((,,.{{(((((.,.....,))))}{,((.....((((..(((((...}))))..))))....)))))}.....,,.((((.....)))),}....))))))))).))).)).}).,}})),,)))))))))}...{,(({{{.,,,)}|||,,,.}}}...,|},...,,..{{{{|.,,,})))).))))..))))),,.....|{{{{,..,,,((((((.(((((((((((((((.,(({{..........||||,,,(((((.,.,,,,{((((,...,{{,|||.|||||.{.{|||}|{||,,,,.,{|{{{.,|{||||,,,,}}}.||||{{|||||}.,|},}}..})))).)))))),}}}}}}})).....)))))}..))))))))))))...)))...))))))...}}|||{.((..((((((((((((.(((.,(,,,,.....,,,|}}....(((..((({..(((((((.................)))))))})))..)))..))).)).)))))...)))))..)).,,,.((((((...((((((((((((......{(,...}).......)))))).))))))))))))..}},..,,)}},,.{{{|,.,.,...}}))}..)