Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PAN3_0004900
Sequence Length
2273 nt
GC Content
0.4281
AUUCCUAUUUUAGCACCAGCUUUAUUGGAGUCAAUGGAUUUGGAAGCCCUGUAGAAACAAAAUAUCCCCUGAUGCAGAGAAUGACUAAUAGUAGCAGCUCCCCAAGCCUUCUAAAUGACAGUGCCAAGCCAUAUUCAGCCCAUGAUCCUCUAACAUCACCUGCUUCAUCCUUGUUUAAUGACUUUGGUGCCCUCAACAUCUCUCAGAGACGAAAGACACCAAAUCCUACUGCAAGCGAGUUUAUUCCUAAAGGAGGAUCAACCUCCAGGCUGAGUAACGUGUCCCAGUCAAAUAUGUCUGCCUUCUCUCAAGUUUUCUCUCACCCAUCCAUGGGAAGCCCUGCUACUGCUGGAUUAGCGCCAGGAAUGUCGUUGUCUGCUGGGUCUUCCCCUCUUCAUUCCCCCAAGAUUACUCCACAUACUUCUCCUGCUCCCAGAAGAAGAAGUCACACUCCAAAUCCAGCAAGUUACAUGGUGCCUUCUAGUGCCUCUACAUCUGUUAAUAAUCCUGUUUCUCAGACUCCGUCUUCUGGUCAGGUGAUCCAAAAGGAAACUGUUGGUGGGACGACUUACUUCUAUACAGACACAACUCCAGCACCUUUGACUGGAAUGGUGUUUCCAAACUAUCAUAUUUAUCCUCCAACUGCACCUCACGUUGCUUAUAUGCAACCGAAAGCAAACGCACCUUCCUUCUUCAUGGCUGAUGAACUCCGACAGGAGCUGAUCAACAGACAUUUAAUAACAAUGGCUCAAAUUGAUCAAGCAGAUAUGCCAGCAGUUCCUACAGAGGUUGACAGCUACCAUAGCCUAUUCCCUCUAGAACCACUGCCACCUCCCAACCGGAUACAGAAAUCAAGUAAUUUUGGAUAUAUUACAUCUUGCUACAAAGCUGUAAACAGCAAAGAUGAUCUGCCAUAUUGCCUUCGGAGGAUACAUGGUUUUCGUCUUGUUAACACAAAGUGCAUGGUGUUGGUCGACAUGUGGAAGAAAAUUCAACACUCAAAUAUCGUAACUUUGCGUGAAGUAUUUACCACUAAAGCAUUUGCUGAGCCCUCUCUUGUGUUUGCAUAUGAUUUCCAUGCUGGAGGAGAAACUAUGAUGAGCAGACACUUUAAUGACCCUAAUGCUGAUGCCUACUUCACCAAGAGAAAGUGGGGUCAGCACGAGGGACCAUUGCCCAGGCAGCAUGCUGGAUUAUUGCCAGAAUCUCUUAUUUGGGCAUAUAUUGUCCAACUAAGUUCUGCAUUGCGUACCAUUCAUACAGCAGGUUUGGCAUGUCGAGUUAUGGAUCCAACAAAGAUUCUGAUAACUGGCAAAACAAGGUUGCGAGUAAAUUGUGUUGGAGUUUUUGAUGUUUUAACAUUUGAUAACAGUCAAAAUAAUAAUCCAUUGGCAUUAAUGGCCCAGUACCAGCAAGCAGAUCUGAUAUCAUUAGGAAAAGUUGUGUUGGCUUUGGCUUGCAACUCUUUGGCAGGAAUUCAGCGAGAGAAUUUACAGAAAGCCAUGGAACUGGUGACAAUCAACUAUUCCUCUGACCUGAAGAAUCUGAUUUUGUAUUUGUUGACUGACCAAAACAGGAUGCGAAGUGUAAAUGACAUCAUGCCCAUGAUUGGUGCUCGAUUUUAUACUCAAUUGGAUGCUGCUCAAAUGAGAAAUGAUGUCAUAGAGGAAGACCUUGCAAAGGAGGUUCAAAAUGGAAGACUGUUUAGGCUCCUAGCAAAAUUGGGAACAAUCAAUGAGAGGCCGGAGUUUCAGAAGGAUCCCACUUGGUCAGAGACUGGAGACCGUUAUCUGUUGAAACUCUUUAGGGAUCAUCUUUUUCAUCAGGUGACAGAAGCAGGUGCUCCCUGGAUUGACCUCAGUCAUAUAAUUUCUUGUCUUAACAAGCUAGAUGCUGGUGUGCCAGAAAAAAUAAGCCUGAUUUCCAGAGAUGAGAAGAGUGUACUUGUGGUGACCUACAGUGACUUAAAGCGCUGCUUUGAAAAUACUUUUCAAGAACUGAUUGCAGCUGCAAAUGGUCAGUUGUAGUAUUUGCUAAAAAAGCACGCAGGACAUGGCUAAAGACCUUAACCAAUAGCAAAUUGCACUACAGCUGAACUUUUCAUCAUCUCAUUCACAUUUGGGAAACGAACAGGAGAUGAGCAAAGCUGCUUGCACUUCAGUCAGGUACACUGUUACUUGAAAGGAAGAAUGUUUCACUUACCCAAGAGCUAUGGCUGCCAUUGGAGGCUGUUAUCUGUGAAGAAUUUAUUUUAGAUUUAGGAGCACCAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-617.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -662.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 569.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......(((....))).....)))))(.((((....(((.....(((....))).....)))(((((..(..(((((((((.(((((((((((.(.((((((((((.....)).)).))..(((((((.((((((..(((((((((..........((((....(((((.....((.((((((((..((....((((...)))).))..).))))))))).....))))).))))...........))))))))).......))))))((((((.(((((((((..........((.((((...((((((((((...((((....)))).....(((((..(((((((((.(.((((..(((((((.((......(((....)))........((((((((.(....(((.......((.((((...((((((((.(.(((((((..........((((.((.....(((((......))))).....)).))))........)))......)))).).)))))))).)))).)).......)))...).)))).)))).......((((((((..(((.((((.(((((((.((((..(((((......)))))....(((((...((((((((....(((......(((((......))))).....((....)).............(((((.(((...((((....)))).(((((((.((.((((.......)))).))....))))))).(((....)))..(((((......(((((......((((...))))......)))))......)))))....(((.....))).........((((....)))).........((((((((((((....)))....))).))))))))).)))))..)))....)))))))).)))))................)))))))).))).)))))))....))))))))....((((((((.......(((((((((((.(((..........))).........(((((((((.......((((((((.(((.((((((........))))).....).))).))))))))..(((((.((((..(((((((.((((((((.......).))))))))))))))..))))..))))).((((........)))).....(((.((((...((((.(((((((.....))))))).))))))))))).((((((.......))).))))))))))))((((.(((((((((((.......)))))..))))))))))...))))))))))).......))))))))..((((((((((((((...)))).)))).))))))........)).)))))))..))))).))).)))))))))))..((((..((.....(((.((((((...(((....))).)))))).))).....))..)))).))))))))))..)))).))...((((.((((........))))))))(((((((...........((((((((((((((..........)))).))))))))))....(((((((((((((((....))).))...........((((.((((.......)))).))))..))))))))))..(((....)))(((..(((((.((..((((((....)))))))).))))).)))....(((((.(..((..(((((........)))))))..).)))))...))))))))))))).))))))))).........(((((((((((.(((((((((..(((((((((((...((((.....))))(((((....))))).........(((((....))))).......((((....)))).........((((((((....((((((((((((((....((((((((..(((((((((((....(((((((((((((((...))))))))........))))).))....))))).))))))....((((.....))))...........((((..(........)..))))......))))))))....))))))).))))))).......((((.....))))..((((.((((((....))))))..))))))))))))...))))))))))).)))))).)))..)).))))...))))).)))))))....)))).)))))))).))))..))...))))))).)..)))))....))))..)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((......(((....)))..,..)))))(.((((....(({....,(((....})).....}}}(((((..(..(((((((((.(((((((((((({,,,,,{{{{({.....||,||{||,.(((((((.((((({..{(((((({{.....,,,,,(((({.,,(((((.....((.(((((((...(,..,.((((...)))).},..).))))))))).....))))).))},....,,,,...||||}}|||,,.....}}}})}{(((((.(((((((((..........((,((((.,,((((((((((.,.((({....}))).....(((((..(((((((((.(.((((..(((((((.(((((((((((....})),.......((((((((.{....(((.......((.((((...((((((((.{.((((..,..........((({.{,.....(((((......)))))......,,)))}........|}}....,.)))).}.)))))))).)))).)).......)))...}.)))).)))).|,......,,.....,(((((.,.(((((((....|).)))))...))))))......{(((((({{{.(((((((...((,......(((((......))))).|,..(((((((({..........,{{{{,.,{|{,|.((((....)))).{({||{{.,{.{{{{.......}}}|,||{...}}}}}}}.(((..,.|||..(((((......(((((......((((...))))......)))))......)))))....,{(.....))},.,.,...,,.,{,...}}}}}.....,,,(({({({{|,,...|,})),...|||,{{(((({...(((({.,..(({....)))..).)))))..)))))))}},.,,.||||}|}}||}||)}}}))),...}||||||},...{||,|||{.,,,,..||||,|||||}.|||,,,..,,,.,,}}...{{{...,)))|||||......})))))))).,{{,,...,|,}},))))))).,}}.)))))))))))))))}..,{{((.((((..(((((((.((((((((.......),})))))))))))))..))))..))}||,...,|||...,}}|(((({{{((,{((((...((((.(((((((.....))))))).)))))))))),,((((((.......))).)))),||||||.(((({(((,,((((..{{.((((((((((((({(((.(({{.......)))).)))......)))))))))))))).||.}}}}..}}))))})...))))))..,}}}))))).,))))))..))))}.))).)))))))))))..((((,.,,,}},}|{{.((((((,..(((....))),)))))).|||.||.,},..}},),)))))))}}}..)))).))},.((((.((((,.......))))))))(((((((..,.,......((((((((((((((..........))))}})))))))))....(((((((((((((((....))).)).,,,,,.....{{{|,||||......,}))}.))))..)))))))))).,{((....))}|((..(((((.({..((((((....))))))}).))))).))}....(((((.{..{{..(((((........)))))}}..).))))).,,))))))))))))).))))))))},.,,,},..|||||||||||,((((({{{{..{{|||||{{{|,,,||||,,...}}}){{{((,,..}})))......{{{(({((....||}||,.....}||{|,..,)})),,.......((((((((,{{,((((((((((((((.,{.((((((((..((((({(((((....(((((((((((((({...})))))))........))))).))....))))).}))))).,,,((((,....}}},..,,,,...,{({{{..,.......,)..)))),,,}.,)))))))).}}.))))))).)))))))........,||}},..,,,...{{{(.{(((((....)))))}..)))),)))))))...))))))))))).|})}}},,}}.,)).))},..,))))).))))))),.,,}))).)))))))).))))..))...))))))).)..)))))....))))..)
Back