Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PAN3_0010300
Sequence Length
1629 nt
GC Content
0.4359
CCAAGGAAGUAUCGCCUGGGGAUGCUGGAGGAGAGGCUAGUUCCGAUGGGAUCAAAGGCACGAAAAGCAAAGAACCCUAUUGGCUGCCUUGCUGACAGGUGUAAAUCAGGAGUACCCAUCAAUAUGGUUUGGUGGAACAGAGUCACAGAAAACAAUUUACAGACACCAAAUCCUACUGCAAGCGAGUUUAUUCCUAAAGGAGGAUCAACCUCCAGGCUGAGUAACGUGUCCCAGUCAAAUAUGUCUGCCUUCUCUCAAGUUUUCUCUCACCCAUCCAUGGGAAGCCCUGCUACUGCUGGAUUAGCGCCAGGAAUGUCGUUGUCUGCUGGGUCUUCCCCUCUUCAUUCCCCCAAGAUUACUCCACAUACUUCUCCUGCUCCCAGAAGAAGAAGUCACACUCCAAAUCCAGCAAGUUACAUGGUGCCUUCUAGUGCCUCUACAUCUGUUAAUAAUCCUGUUUCUCAGACUCCGUCUUCUGGUCAGGUGAUCCAAAAGGAAACUGUUGGUGGGACGACUUACUUCUAUACAGACACAACUCCAGCACCUUUGACUGGAAUGGUGUUUCCAAACUAUCAUAUUUAUCCUCCAACUGCACCUCACGUUGCUUAUAUGCAACCGAAAGCAAACGCACCUUCCUUCUUCAUGGCUGAUGAACUCCGACAGGAGCUGAUCAACAGACAUUUAAUAACAAUGGCUCAAAUUGAUCAAGCAGAUAUGCCAGCAGUUCCUACAGAGGUUGACAGCUACCAUAGCCUAUUCCCUCUAGAACCACUGCCACCUCCCAACCGGAUACAGAAAUCAAGUAAUUUUGGAUAUAUUACAUCUUGCUACAAAGCUGUAAACAGCAAAGAUGAUCUGCCAUAUUGCCUUCGGAGGAUACAUGGUUUUCGUCUUGUUAACACAAAGUGCAUGGUGUUGGUCGACAUGUGGAAGAAAAUUCAACACUCAAAUAUCGUAACUUUGCGUGAAGUAUUUACCACUAAAGCAUUUGCUGAGCCCUCUCUUGUGUUUGCAUAUGAUUUCCAUGCUGGAGGAGAAACUAUGAUGAGCAGACACUUUAAUGACCCUAAUGCUGAUGCCUACUUCACCAAGAGAAAGUGGGGUCAGCACGAGGGACCAUUGCCCAGGCAGCAUGCUGGAUUAUUGCCAGAAUCUCUUAUUUGGGCAUAUAUUGUCCAACUAAGUUCUGCAUUGCGUACCAUUCAUACAGCAGGUUUGGCAUGUCGAGUUAUGGAUCCAACAAAGAUUCUGAUAACUGGCAAAACAAGGUUGCGAGUAAAUUGUGUUGGAGUUUUUGAUGUUUUAACAUUUGAUAACAGUCAAAAUAAUAAUCCAUUGGCAUUAAUGGCCCAGUACCAGCAAGCAGAUCUGAUAUCAUUAGGAAAAGUUGUGUUGGCUUUGGCUUGCAACUCUUUGGCAGGAAUUCAGCGAGAGAAUUUACAGAAAGCCAUGGAACUGGUGACAAUCAACUAUUCCUCUGACCUGAAGAAUCUGAUUUUGUAUUUGUUGACUGACCAAAACAGGAUGCGAAGUGUAAAUGACAUCAUGCCCAUGAUUGGUGCUCGAUUUUAUACUCAAUUGGAUGCUGCUCAAAUGAGAAAUGAUGUCAUAGAGGAAGACCUUGCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-444.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -475.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((...((((.((.((...(((..((.(((((.((..((((((((.......((.......)).......))))))))))))))).))..)))..........((.....))........(((((((((.............................)))))))))...)).)).)))).....)))))...(((((.....))))).))((..((((.((((((((((....((((...((.((((...((((((((((...((((....)))).....(((((..(((((((((.(.((((..(((((((.((......(((....)))........((((((((.(....(((.......((.((((...((((((((.(.(((((((..........((((.((.....(((((......))))).....)).))))........)))......)))).).)))))))).)))).)).......)))...).)))).)))).......((((((((..(((.((((.(((((((.((((..(((((......)))))....(((((...((((((((....(((......(((((......))))).....((....)).............(((((.(((...((((....)))).(((((((.((.((((.......)))).))....))))))).(((....)))..(((((......(((((......((((...))))......)))))......)))))....(((.....))).........((((....)))).........((((((((((((....)))....))).))))))))).)))))..)))....)))))))).)))))................)))))))).))).)))))))....))))))))....((((((((.......(((((((((((.(((..........))).........(((((((((.......((((((((.(((.((((((........))))).....).))).))))))))..(((((.((((..(((((((.((((((((.......).))))))))))))))..))))..))))).((((........)))).....(((.((((...((((.(((((((.....))))))).))))))))))).((((((.......))).))))))))))))((((.(((((((((((.......)))))..))))))))))...))))))))))).......))))))))..((((((((((((((...)))).)))).))))))........)).)))))))..))))).))).)))))))))))..((((..((.....(((.((((((...(((....))).)))))).))).....))..)))).))))))))))..)))).))))))..))))).))).........(((((((...............((((((((((((((..........)))).))))))))))....(((((((((((((((....))).))...........((((.((((.......)))).))))..))))))))))))))))).)).))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((({..,((((,(({{{{{,(((..((.(((((.((..((((((((.{{....((.......))...}}.,))})))))))))))).))..))),||}...,,,||.,,,,{{{{{{{...,,,||||||}......{{,...........,}}...,,)}}},,}})}}.}}.}}.|}|}.....})))}...(((((.....))))).)){{.,(({{.,(((((((((....((((...((.((((.,.{(((((((((...((({....}))).....(((((..(((((((((.(.((((..(((((((.(((((((((((....})),.......((((((((.{....(((.......((.((((...((((((((.{.((((..,..........((({.{,.....(((((......)))))......,,)))}........|}}....,.)))).}.)))))))).)))).)).......)))...}.)))).)))).|,......,,.....,(((((.,.(((((((....|).)))))...))))))......{(((((({{{.(((((((...((,......(((((......))))).|,..(((((((({..........,{{{{,.,{|{,|.((((....)))).{({||{{.,{.{{{{.......}}}|,||{...}}}}}}}.(((..,.|||..(((((......(((((......((((...))))......)))))......)))))....,{(.....))},.,.,...,,.,{,...}}}}}.....,,,(({({({{|,,...|,})),...|||,{{(((({...(((({.,..(({....)))..).)))))..)))))))}},.,,.||||}|}}||}||)}}}))),...}||||||},...{||,|||{.,,,,..||||,|||||}.|||,,,..,,,.,,}}...{{{...,)))|||||......})))))))).,{{,,...,|,}},))))))).,}}.)))))))))))))))}..,{{((.((((..(((((((.((((((((.......),})))))))))))))..))))..))}||,...,|||...,}}|(((({{{((,{((((...((((.(((((((.....))))))).)))))))))),,((((((.......))).)))),||||||.(((({(((,,((((..{{.((((((((((((({(((.(({{.......)))).)))......)))))))))))))).||.}}}}..}}))))})...))))))..,}}}))))).,))))))..))))}.))).)))))))))))..((((,.,,,,,,,{{{.((((((,..(((....))),)))))).})),,,..)}..})}).)))))))))}..)))).))))))..))))).)))}.....,,.{((((((.....,,....,...((((((((((((((..........))))}})))))))))....(((((((((((((((....))).)).,,,,,.....{{{|,||||......,}))}.))))..))))))))))))))))).,},))))..})
Back