Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAN3_0015000

Sequence Length

288 nt

GC Content

0.4028

GGAACAAGCUACCCUCUGAGUCAGCACUGGACUUGAAGAUAAAUCCUACAAUUCAUGAAACUGACUGAUUCGACUAAAGGAUGGAUAGUUUGGGCAGCGUUGGACAGCUCUAUGAGGGGUUGCGAGUAAAUUGUGUUGGAGUUUUUGAUGUUUUAACAUUUGAUAACAGUCAAAAUAAUAAUCCAUUGGCAUUAAUGGCCCAGUACCAGGAAUUCAGCGAGAGAAUUUACAGAAAGCCAUGGAACUGGUGACAAUCAACUAUUCCUCUGACCUGAAGAAUCUGAUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-57.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -63.23

Frequency: 0.0001

Diversity: 71.06

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...(((((((((.(((((((((((((..((.(((.((.......)).))).))..)....)).))))))).......))).)).)))))))..)((.(((((((((((((....)))))))(((.....)))....(((((..((((((((......((((((....))))))........((((((....)))))).(((((.(((((..(((................)))..)).))).))))).))).)))))..)))))(((.......))).)))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{,..((((((({({((((((((((((,,,({.{((.({.......}}.}}}}))}.}....)).))))))).......))).)).)))))))..)((.(((((((((((((....}))))}},,{,...,|||,.,,(((((..((((((({.,,...{(((((....))))))........((((((....)))))).(((((.(((((..(((.,.{{.....,}}.}.)))..)).))).))))).}))}})}})..)))))|||,,.,,}.,,,.)))))).})