Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAN3_0017000

Sequence Length

2053 nt

GC Content

0.3726

GAAUGUCGUUGUCUGCUGGGUCUUCCCCUCUUCAUUCCCCCAAGAUUACUCCACAUACUUCUCCUGCUCCCAGAAGAAGAAGUCACACUCCAAAUCCAGCAAGUUACAUGGUGCCUUCUAGUGCCUCUACAUCUGUUAAUAAUCCUGUUUCUCAGACUCCGUCUUCUGGUCAGGUGAUCCAAAAGGAAACUGUUGGUGGGACGACUUACUUCUAUACAGACACAACUCCAGCACCUUUGACUGGAAUGGUGUUUCCAAACUAUCAUAUUUAUCCUCCAACUGCACCUCACGUUGCUUAUAUGCAACCGAAAGCAAACGCACCUUCCUUCUUCAUGGCUGAUGAACUCCGACAGGAGCUGAUCAACAGACAUUUAAUAACAAUGGCUCAAAUUGAUCAAGCAGAUAUGCCAGGUAAAAAGCAAGUUGAUCCUUCCUUUCUUUUAAAGGCUGUUAUAAUUCUUACGUGGUAGUACAUGUUUUAUGCAUUAUUAAGAAGAGUUCCAGGCUGGGCCUGGUGGCUCAUACCUGUAAUCCCAGCAGUUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUUGCUUGAGCCCAGAAGUUUGAGACUAGCCUGAGCGAAAUAGUGGGAACCUGUCUCUACAAAAAAUAAAUUAGCUGGGAGUGGUGGUGCAUAUUUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCACUUGAGCCUUGAAGGUUAAGACUGCAGUGAGCUGGCUAUAAUCGCCCCACUGCACUCCAGCCGGGGUGACAGAGUGAGACCCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGACAGUCCCAAGGUACUACUGAUCAUCUAGUUUAUUUCUGUUAAUUCUACAUAUGACAGUAUUCUAGUUCACAAAAAAAGUAUAUAAUUUUAGAAUUCAUGGUGAUUUACUUUACUGUGCACCAGAAUAUUUUUAUCUCCUGAAACUUAAUGAAGUAUGGGUUCUUAAGCAGGAGAGGAUGGUAAUUAUUAGGCCUAUUUGUGAGACUACUGUGUGCCAGACAGUAUACUAAUUAAAUACUUUACAUGUCUUACUUUAUUUCUCACAAACAUCCUGUGACAUAUUAUUUUCAUUUCCAUUUUACAUAUGAGGAAUACUGAAGUUGACAGGUUAAGUAACUUAACCUUCAGGACCAAUGGCUGGUAAACAGCUGACUGAUUCCAGACUUAAAACUAGGUUGUUCUAACUGUACCACAAUAUUUCUUAAAGCGUAUUAAAGUAUCUUUCCUUAGCUUACUCUGUAUAAAUGAAAUAUGAUAUAAUUUAGUAAAAUUUCAUAAAUAAUACAGUAGGAAUACAUUUGCCAUAAAGAUCUCAAAAUGCCUGCUUGUAAUCAGAAAUUCAGCAUCGUCUAGUGAGUGUUGUCUCUUGAUUGCUAAAGAAUUAAAAGAAAUAUGUCUGGCUGUUACACCUUAAGAUGGAUCUUUCCAGGUAAGGUGGGAAGGAACUUACUUGUCAUAACCUUUGAAAUAUUCAUCUUGGAAUUUUUCUUAACUGUUUAAUAUUGUAUUUGAGGCUUUAGCCAGGUUUUGCAAAAGUUUAAAAAGAAAAAAAAAUGGAAGGCACAAAGACCGGAAAGGAGAAAAUAAACCUACCAUCUAUAAAUCAUGUGACUGCAGAUUAGACAUUAUUUGAAAUAACAAACUGUAGAAAAUGGCUGGAUGUAAGAUUAAUACAUCAGUUGCAUUUCUGUAGGCCAGUACCCAGUUAACUUCAAAAUAUAAUUAAAAGCAAAUGCUACUUAAAAUGGUUUUGCAAUAUCAGUAUGUAGGAAUAAAUAACAACAAAAGAUAGGUAAGAUUUCAGCAGGGGAGAUUUAUUUAUUACGCAGUAUUAAAUAAUAUAAAUGAAAUACUGUAGAUUAGUAGAGGUUACUCAUGAUUAGGAAGACAGAACAAGUAAGAUGUCAAUUUUUCUGAACUGACAUGUAGAUCCAGUAGAAUUCCAGUCAAAGCAUAACUUCCAGUCAAAUCUUUUCAUGGAGUAUGAUAAAAUGUAUCAAAGAAUAAAGGGCCACGACCAUCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-500.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -543.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 446.24

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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