Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAN3_0017800

Sequence Length

279 nt

GC Content

0.4158

CUAGAUGCUGGUGUGCCAGAAAAAAUAAGCCUGAUUUCCAGAGAUGAGAAGAGUGUACUUGUGGUGACCUACAGUGACUUAAAGCGCUGCUUUGAAAAUACUUUUCAAGAACUGAUUGCAGCUGCAAAUGGUCAGUUGUAGUAUUUGCUAAAAAAGCACGCAGGACAUGGCUAAAGACCUUAACCAAUAGCAAAUUGCACUACAGCUGAACUUUUCAUCAUCUCAUUCACAUUUGGGAAACGAACAGGAGAUGAGCAAAGCUGCUUGCACUUCAGUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-70.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -75.91

Frequency: 0.0001

Diversity: 55.99

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((((.(((((((...........)))((((((.((((((((((((((....((((((((..(((((((((((....(((((((((((((((...))))))))........))))).))....))))).))))))....((((.....))))...........((((..(........)..))))......))))))))....))))))).))))))).......((((.....))))..))))))(((((....))))))))).)))).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((((((.((((,((.........,,|||((((((.((((((((((((((.,{.((((((((..((((({(((((....(((((((((((((({...})))))))........))))).))....))))).}))))).,,,((((,....}}},..,,,,...,{({{{..,.......,)..)))),,,}.,)))))))).}}.))))))).)))))))........,{|,,...},},..)))))),|||,....}}))})))).}))).)).