Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAN3_0018700

Sequence Length

975 nt

GC Content

0.4205

GUGAUCCAAAAGGAAACUGUUGGUGGGACGACUUACUUCUAUACAGACACAACUCCAGCACCUUUGACUGGAAUGGUGUUUCCAAACUAUCAUAUUUAUCCUCCAACUGCACCUCACGUUGCUUAUAUGCAACCGAAAGCAAACGCACCUUCCUUCUUCAUGGCUGAUGAACUCCGACAGGAGCUGAUCAACAGACAUUUAAUAACAAUGGCUCAAAUUGAUCAAGCAGAUAUGCCAGCAGUUCCUACAGAGGUUGACAGCUACCAUAGCCUAUUCCCUCUAGAACCACUGCCACCUCCCAACCGGAUACAGAAAUCAAGUAAUUUUGGAUAUAUUACAUCUUGCUACAAAGCUGUAAACAGCAAAGAUGAUCUGCCAUAUUGCCUUCGGAGGAUACAUGGUUUUCGUCUUGUUAACACAAAGUGCAUGGUGUUGGUCGACAUGUGGAAGAAAAUUCAACACUCAAAUAUCGUAACUUUGCGUGAAGUAUUUACCACUAAAGCAUUUGCUGAGCCCUCUCUUGUGUUUGCAUAUGAUUUCCAUGCUGGAGGAGAAACUAUGAUGAGCAGACACUUUAAUGACCCUAAUGCUGAUGCCUACUUCACCAAGAGAAAGUGGGGUCAGCACGAGGGACCAUUGCCCAGGCAGCAUGCUGGAUUAUUGCCAGAAUCUCUUAUUUGGGCAUAUAUUGUCCAACUAAGUUCUGCAUUGCGUACCAUUCAUACAGCAGGUUUGGCAUGUCGAGUUAUGGAUCCAACAAAGAUUCUGAUAACUGGCAAAACAAGGUUGCGAGUAAAUUGUGUUGGAGUUUUUGAUGUUUUAACAUUUGAUAACAGUCAAAAUAAUAAUCCAUUGGCAUUAAUGGCCCAGUACCAGCAAGCAGAUCUGAUAUCAUUAGGAAAAGUUGUGUUGGCUUUGGCUUGCAACUCUUUGGCAGGAAUUCAGCGAGAGAAUUUACAGAAAGCCAUGGAACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-259.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -279.06

Frequency: 0.0000

Diversity: 283.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(.((((...((...((((((((((....((((.((((((((..(((.((((.(((((((.((((..(((((......)))))....(((((...((((((((....(((......(((((......))))).....((....)).............(((((.(((...((((....)))).(((((((.((.((((.......)))).))....))))))).(((....)))..(((((......(((((......((((...))))......)))))......)))))....(((.....))).........((((....)))).........((((((((((((....)))....))).))))))))).)))))..)))....)))))))).)))))................)))))))).))).)))))))....)))))))).........(((.((((.........)))).))))))).....)))))).(((....))).....(((((..((((((((.(((.((((((........))))).....).))).))))))))........((((..(((((((.((((((((.......).))))))))))))))..))))....((((....))))...((((((((.((((((((....((((.(((((((.....))))))).)))).(((((.(((((((((((...(((.((((.((((...((((.(((((((((((.......)))))..))))))))))...)))).))))..)))....))).(((.(((.((((((((......((((((....)))))).............)))))))).))))))))))..))))))))).(((((...)))))....((((((...(((....))).)))))).)))))))).))))))))))))).....))))....)).)))).)..

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,{.(((....|}}..,,(((({.{({,.||,...{{{{{{{{..(((,({{{,((((((..,{||.,||||{..,,,,))}},....,,,,,...{{||||||,},.{{{..,...(((((......))))).|{,.((....|},..,,,.,..,{{(({{{.{||}}.((((....)))).(((((((.,{.((((.......)))).}},...))))))).(((....}}}..(((((......(((((......((((...))))......))))).,....)))))....,{(.....))}..,.,...,,,,|....})))}.,.,.,,,{(((((((({{,..,,||}....})),|||||||}}.|||||..,}|,,..}})))}}).)))))..,}}},,}|....,.}}}}}})}.|||,}}}}}}}....}||}|}}|,{,.((((((((.......(((((((((((.(({,,....,,,}}}}....,,...{{{{((({{..,,...((((((((.(((.((((((......,.)))),....,).))).))))))))..{((((.((((..(((((((.((((((((.......),})))))))))))))..))))..))))|.(({{,|,....|))}}.....(({{((((...((((.(((((((.....))))))).)))))))))}}.((((((.......}}}.))}))))))))}((((.(((((((((((.......)))))..))))))))))...))))))))))).......)))))))),}|||{(((((,,,,,,,|||||{,,,.)))))}........{{{{{{,,..}}}}))})||||}}|||||||||||,(((({||.|||}},...|}||})))}|)|}}},)})}))},.(((((.((.,....,).)).)))))..........,})}})))},,,)