Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAN3_0021100

Sequence Length

1112 nt

GC Content

0.4164

CAGUUCCUACAGAGGUUGACAGCUACCAUAGCCUAUUCCCUCUAGAACCACUGCCACCUCCCAACCGGAUACAGAAAUCAAGUAAUUUUGGAUAUAUUACAUCUUGCUACAAAGCUGUAAACAGCAAAGAUGAUCUGCCAUAUUGCCUUCGGAGGAUACAUGGUUUUCGUCUUGUUAACACAAAGUGCAUGGUGUUGGUCGACAUGUGGAAGAAAAUUCAACACUCAAAUAUCGUAACUUUGCGUGAAGUAUUUACCACUAAAGCAUUUGCUGAGCCCUCUCUUGUGUUUGCAUAUGAUUUCCAUGCUGGAGGAGAAACUAUGAUGAGCAGACACUUUAAUGACCCUAAUGCUGAUGCCUACUUCACCAAGAGAAAGUGGGGUCAGCACGAGGGACCAUUGCCCAGGCAGCAUGCUGGAUUAUUGCCAGAAUCUCUUAUUUGGGCAUAUAUUGUCCAACUAAGUUCUGCAUUGCGUACCAUUCAUACAGCAGGUUUGGCAUGUCGAGUUAUGGAUCCAACAAAGAUUCUGAUAACUGGCAAAACAAGGUUGCGAGUAAAUUGUGUUGGAGUUUUUGAUGUUUUAACAUUUGAUAACAGUCAAAAUAAUAAUCCAUUGGCAUUAAUGGCCCAGUACCAGCAAGCAGAUCUGAUAUCAUUAGGAAAAGUUGUGUUGGCUUUGGCUUGCAACUCUUUGGCAGGAAUUCAGCGAGAGAAUUUACAGAAAGCCAUGGAACUGGUGACAAUCAACUAUUCCUCUGACCUGAAGAAUCUGAUUUUGUAUUUGUUGACUGACCAAAACAGGAUGCGAAGUGUAAAUGACAUCAUGCCCAUGAUUGGUGCUCGAUUUUAUACUCAAUUGGAUGCUGCUCAAAUGAGAAAUGAUGUCAUAGAGGAAGACCUUGCAAAGGAGGUUCAAAAUGGAAGACUGUUUAGGCUCCUAGCAAAAUUGGGAACAAUCAAUGAGAGGCCGGAGUUUCAGAAGGAUCCCACUUGGUCAGAGACUGGAGACCGUUAUCUGUUGAAACUCUUUAGGGAUCAUCUUUUUCAUCAGGUGACAGAAGCAGGUGCUCCCUGGAUUGACCUCAGUCAUAUAAUUUCUUGUCUUAACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-304.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -326.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 228.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((.(((((...(((((((((.(((((.((((......(((((((..(((......(((.....)))...........)))..)))))))....(((((.(((......))).)))))..(((((.(((((...(((((.(..(((....)))..).)))))..)))))))))).......)).)))))))))).)))))).))))).(((((.((((((((.......(((((((((((.(((..........))).........(((((((((.......((((((((.(((.((((((........))))).....).))).))))))))..(((((.((((..(((((((.((((((((.......).))))))))))))))..))))..))))).((((........)))).....(((.((((...((((.(((((((.....))))))).))))))))))).((((((.......))).))))))))))))((((.(((((((((((.......)))))..))))))))))...))))))))))).......)))))))).)))))((.(((((((((...((((((.(((...........((((((....)))))).(((((.(((((((((...((((((...))))))....))).))))))...((((((.....(((((.((.........)).))))).........)))))).((((.((((........))))))))(((((((...........((((((((((((((..........)))).))))))))))....(((((((((((((((....))).))...........((((.((((.......)))).))))..))))))))))..(((....)))(((..(((((.((..((((((....)))))))).))))).)))....(((((.(..((..(((((........)))))))..).)))))...))))))).))))).))).)))))))))))))))))((((((((.(((((.((((.((....))..)))).))))).)))))))).((((....))))...)))).(((((....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((.({(((...(((((({((.(((((.((((......,{,{{{{,,{{({...{{(((.....}||,.,,|...,|.|||..|}}}}},....,{{((,((({,,.,.,,}.)))},..||||{{(((({...(((({.|..(({....)))..,.)))))..))))))}||,...,,,.}).)))))))))),}))))).))))),{((((,((((((((.......(((((((((((.(((,,....,}},,,,.........(((((((((.......((((((((.(((.((((((......,.)))),....,).))).))))))))..{((((.((((..(((((((.((((((((.......),})))))))))))))..))))..))))}.((((,{,...,})))).....(({{((((...((((.(((((((.....))))))).))))))))))).((((({.......})).))))))))))))((((.(((((((((((.......)))))..))))))))))...))))))))))).......)))))))).)))))((.(((((((((...((((((.(((...........((((((....)))))).(((((.(((((((((,,,((((((...}||}}}....))}.)))))),,.{(((({,,,,.(((((.((.,,....}.)).))))).,,....,.}))))).||{{.((((.....,,.})))}}}|(((((((.,,.,...,..((((((((((((((..........))))}})))))))))....(((((((((((((((....))).)).,,,,,.....{{{|.||||...,..,})}}.))))..)))))))))).,{((....))}{((..(((((.({..((((((....))))))}).))))).))}....(((((.{..((..(((((........)))))}}..).))))).},)))))))}))))).))).))))))))))))))))){{((((((.(((((.((((.({....)}..)))).))))).))))))||,(({{..,,)))}...,))).(((((....)))))