Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PAN3_0023200

Sequence Length

499 nt

GC Content

0.3808

GUCAGCACGAGGGACCAUUGCCCAGGCAGCAUGCUGGAUUAUUGCCAGAAUCUCUUAUUUGGGCAUAUAUUGUCCAACUAAGUUCUGCAUUGCGUACCAUUCAUACAGCAGGUUUGGCAUGUCGAGUUAUGGAUCCAACAAAGAUUCUGAUAACUGGCAAAACAAGGUUGCGAGUAAAUUGUGUUGGAGUUUUUGAUGUUUUAACAUUUGAUAACAGUCAAAAUAAUAAUCCAUUGGCAUUAAUGGCCCAGUACCAGGUGAGUAAGAAUUAACAUGGAUAUUUACUUGUUUUCCUUUAUUAAAGACAAAUUUUGUUCAUUUUAAAGUAUUUCAGUGUUUUAAGCCUAGAUUUUAAUUUAUUUUGGGGUGGUGUCUAUGCAGACUUUGAACAUGUAUCUCCCCCUCCCCUCCCUCUCUUUUCUUCCUUUCCUUUCCCCUCUCUAUUUCUUUCUCUCUCUUUUCCUUUCUAUUCUUUUGCUUCUGUCUUGCUCUGUCACCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-99.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -108.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 70.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...(.((..(((.((((((((..((((...))))(((((((((.(((((...((((.(((((((.....))))))).)))))))))..(((((((.......))).)))).((((((.((((((((..((((..((.(((((((((((((((((.((((.......)))).)))......)))))))))))))).)).))))..))))))))...)))))).)))))))))...))))...))))))).)).))((((((((((((......(((((((.....(((((((.........)))))))....)))))))((((((((((....))))))))))..(((((....)))))....((((.((.....(((((...........))))).....)).))))...........................................................................))))))....))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(...{.((..(((.((((((({.,,{({...||}{(((((((((.(((((...((((.(((((((.....))))))).)))))))))}.{((((((.......))).)))}.((((((.((((((((..{(((..((.(((((((((((((((((.((((.......)))).)))......)))))))))))))).)).}))}..))))))))...)))))).,})))))))}..)))}..,))))))).)).,)((((((((((((.,{{{.(((((((.....(((((((.........)))))))....))))))).}}||{{,,....{{.{{,..,|},.|{||,....,...,....((((.((.{...(((((...........)))))...,.)).))))....................................................................,......))))))},..,}))))