Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0003800

Sequence Length

981 nt

GC Content

0.3741

GGGUAGAAAUAUUUCUGUCAUGGCUCAUUCAAAGACUAGGACCAAUGAUGGAAAAAUUACAUAUCCGCCUGGGGUCAAGGAAAUAUCAGAUAAAAUAUCUAAAGAGGAGAUGGUGAGACGAUUAAAGAUGGUUGUGAAAACUUUUAUGGAUAUGGACCAGGACUCUGAAGAAGAAAAGGAGCUUUAUUUAAACCUAGCUUUACAUCUUGCUUCAGAUUUUUUUCUCAAGCAUCCUGAUAAAGAUGUUCGCUUACUGGUAGCCUGCUGCCUUGCUGAUAUUUUCAGGAUUUAUGCUCCUGAAGCUCCUUACACAUCCCCUGAUAAACUAAAGGAUAUAUUUAUGUUUAUAACAAGACAGUUGAAGGGGCUAGAGGAUACAAAGAGCCCACAAUUCAAUAGGUAUUUUUAUUUACUUGAGAACAUUGCUUGGGUCAAGUCAUAUAACAUAUGCUUUGAGUUAGAAGAUAGCAAUGAAAUUUUCACCCAGCUAUACAGAACCUUAUUUUCAGUUAUAAACAAUGGCCACAAUCAGAAAGUCCAUAUGCACAUGGUAGACCUUAUGAGCUCUAUUAUUUGUGAAGGUGAUACAGUGUCUCAGGAGCUUUUGGAUACGGUUUUAGUAAAUCUGGUACCUGCUCAUAAGAAUUUAAACAAGCAAGCAUAUGAUUUGGCAAAGGCUUUACUGAAGAGGACAGCUCAAGCUAUUGAGCCAUAUAUUACCAAUUUUUUUAAUCAGGUUCUGAUGCUUGGGAAAACAUCUAUCAGCGAUUUGUCAGAGCAUGUCUUUGACUUAAUUUUGGAGCUCUACAAUAUUGAUAGUCAUUUGCUGCUCUCUGUUUUACCCCAGCUUGAAUUUAAAUUAAAGAGCAAUGAUAAUGAGGAGCGCCUACAAGUUGUUAAACUACUGGCAAAAAUGUUUGGGGCAAAGGAUUCAGAAUUGGCUUCUCAAAACAAGCCACUUUGGCAGUGCUACUUGGGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-240.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -260.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 287.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.(((.((((((((((((.((.............)))).)))))))))).))).).)))))((((((((((..((..(((((..(((((((((((.......)))))((...(((((((....)))))))....)))))))).)))))...))..)))(((((((((((...((((((............))))))...)))).))))))).....((((((((.(((((((...(((((((.((.....(((((....)))))..)).))))))))))))))......((((..((((((((..((.((.....((((((((((.......)))).)))))).....))..))..))))))))..))))...(((((..((...........))..))))).....))))))))(((((((.((((.((((((......(((((((((((....(..(((((..(((...(((((.((.(((.((.((((((((..((((((((..........((((....(((((.....(((((((.(.((.((((.(((((((((..((((((((....))))))))..(((((.((((....)))))))))(((.((((.....)))).))).)))))))))..))))..)).)...))))))).)))))....))))..)))))))).....((((((....))))))........................))))))))))))).)))))))))))))))..)......)))))))))))...))))))(((((((((((((((.((((((...........(((.(((..((((........((((..............))))...))))..))).)))(((....((((....))))...)))...))))))))))))......)))))))))(((((........))))))))).)))))))...)))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((({.(((.((((((((((((,({..,,...,,...}),)),,))))))))).))}.,.))))}((((((({({..{({,{{{{{((,{{..,{{(({....,{{|{||{{({{{(((({{,..,,||}|||}....,},,},.|||,,,,...))},|{.(((((((((((...((((((............))))))...)))).))))))).,,},,}}|}}|{||||||,,...|||||||.{{,,...(((((....)))))..})})))))))))||)},....,.|(((..((((((((.,{,.{{...,.(((((({{((.......}))}.)))))).....}}..}},|))))))))..}}}}..,..,,|{(({{{{{{{{,,{(((((....,,,.))})))|}},,||||,,|||}|{((({((,,....|||||{|||||.,,,{..(((((,,|((...{((({.((.(((.((.((((((((..((((((((..........{(((,...{{,...{{(,{((((((.{.((.((((.(((((((((..((((((((....))))))))..(((((.((({....}))))))))(((.((((.....)))).))).)))))))))..))))..)).}...))))))))))))),...))})..)))))))).....((((((....))))))........................))))))))))))).))))))}}}}}))))..}.....,)}|||||}}}|.,,}}}}}},{{.{|||.|||||,}}}.,}}},,,||||{,.}}||||||.|{,||||,,,{.{{{{......,,,.,,.}))))}.,},,..||||||||(((....((((....))))...)))....,,,|||||}}}......}}}}}|,.|{||||,,,,....}}||||.,,}))),,}}}}.))})))).,