Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0004200
Sequence Length
2425 nt
GC Content
0.3810
GGGUAGAAAUAUUUCUGUCAUGGCUCAUUCAAAGACUAGGACCAAUGAUGGAAAAAUUACAUAUCCGCCUGGGGUCAAGGAAAUAUCAGAUAAAAUAUCUAAAGAGGAGAUGGUGAGACGAUUAAAGAUGGUUGUGAAAACUUUUAUGGAUAUGGACCAGGACUCUGAAGAAGAAAAGGAGCUUUAUUUAAACCUAGCUUUACAUCUUGCUUCAGAUUUUUUUCUCAAGCAUCCUGAUAAAGAUGUUCGCUUACUGGUAGCCUGCUGCCUUGCUGAUAUUUUCAGGAUUUAUGCUCCUGAAGCUCCUUACACAUCCCCUGAUAAACUAAAGGAUAUAUUUAUGUUUAUAACAAGACAGUUGAAGGGGCUAGAGGAUACAAAGAGCCCACAAUUCAAUAGGUAUUUUUAUUUACUUGAGAACAUUGCUUGGGUCAAGUCAUAUAACAUAUGCUUUGAGUUAGAAGAUAGCAAUGAAAUUUUCACCCAGCUAUACAGAACCUUAUUUUCAGUUAUAAACAAUGGCCACAAUCAGAAAGUCCAUAUGCACAUGGUAGACCUUAUGAGCUCUAUUAUUUGUGAAGGUGAUACAGUGUCUCAGGAGCUUUUGGAUACGGUUUUAGUAAAUCUGGUACCUGCUCAUAAGAAUUUAAACAAGCAAGCAUAUGAUUUGGCAAAGGCUUUACUGAAGAGGACAGCUCAAGCUAUUGAGCCAUAUAUUACCAAUUUUUUUAAUCAGGUUCUGAUGCUUGGGAAAACAUCUAUCAGCGAUUUGUCAGAGCAUGUCUUUGACUUAAUUUUGGAGCUCUACAAUAUUGAUAGUCAUUUGCUGCUCUCUGUUUUACCCCAGCUUGAAUUUAAAUUAAAGAGCAAUGAUAAUGAGGAGCGCCUACAAGUUGUUAAACUACUGGCAAAAAUGUUUGGGGCAAAGGAUUCAGAAUUGGCUUCUCAAAACAAGCCACUUUGGCAGUGCUACUUGGGCAGGUUUAAUGAUAUCCAUGUACCAAUCCGCCUGGAAUGUGUGAAAUUUGCUAGCCAUUGUCUCAUGAACCAUCCUGAUUUAGCAAAAGACUUAACAGAGUAUCUUAAAGUGAGGUCACAUGACCCUGAGGAAGCUAUUAGACAUGAUGUUAUUGUGUCAAUAGUUACAGCUGCUAAAAAGGAUAUUCUUCUGGUCAAUGAUCACUUACUUAAUUUUGUGAGAGAGAGAACAUUAGACAAACGAUGGAGAGUACGCAAAGAAGCCAUGAUGGGACUUGCCCAAAUUUAUAAGAAAUAUGCUUUACAGUCAGCAGCUGGAAAAGAUGCUGCAAAACAGAUAGCAUGGAUCAAAGACAAAUUGCUACAUAUAUAUUAUCAAAAUAGUAUUGAUGAUCGACUACUUGUUGAACGGAUCUUUGCUCAAUACAUGGUUCCUCACAAUUUAGAAACUACAGAACGGAUGAAAUGCUUAUAUUACUUGUAUGCCACACUGGAUUUAAAUGCUGUGAAAGCAUUGAAUGAAAUGUGGAAAUGUCAAAAUCUGCUCCGACAUCAAGUAAAGGAUUUGCUUGACUUGAUUAAGCAACCCAAAACAGAUGCCAGUGUCAAGGCCAUAUUUUCAAAAGUGAUGGUUAUUACAAGAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-629.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -676.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 514.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((....))))))).(.(.(((((((....((..((((...(.((((...........)))).)...))))..)).......(((((...)))))...((((((((((((..(((((((....)))))))........((((((..(((..(((((..(((((((((((...((((((............))))))...)))).))))))).....((((((((.(((((((...(((((((.((.....(((((....)))))..)).))))))))))))))......((((..((((((((..((.((.....((((((((((.......)))).)))))).....))..))..))))))))..))))...(((((..((...........))..))))).....))))))))..(((((((((((((((((......(((((((((((....(..(((((..(((...(((((.((.(((.((.((((((((..((((((((..........((((....(((((.....(((((((.(.((.((((.(((((((((..((((((((....))))))))..(((((.((((....)))))))))(((.((((.....)))).))).)))))))))..))))..)).)...))))))).)))))....))))..)))))))).....((((((....))))))........................))))))))))))).)))))))))))))))..)......)))))))))))...)))))).....(((.(((((....(((((((..(((((((.((((((.((.((((..............)))).)).)))))).......(((((((((((....((((....))))...)))....((((...((((((((.((((.....((((((........))))))...(((((((.....((((((((((((.((.((.(((((((.(((.......))).))))).))....((((..(((((((.....(((..(((((..(((((((....((((....)))).((((..((...((((....)))))).))))(((((((.((((((((...))))))))))))))).....))))))).))))).))).....(((((((.((.(((.((((......)))).))).)).)))).)))..)))))))..)))).((......)).)).)).))))))))))))........((..((((((.........(((((..........))))).........))))))..))........)))))))(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))).))))))))......................(((((((..........((((((.((((((((..((((((.((((.....))))))))))(((((((((..(((((............)))))((((((((...)))))))).((((((...(((.(........).)))....)))))).)))))))))....)))).))))...)))))).......(((((.(((....))).))))))))))))(((....)))..(((((((((.....(((.((.((.((((((...((........)).))))))..)))).)))(((......)))((((((..((((((.........))))))......(((((....))))).))))))....(((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))((((((((((.....))))))..))))..........)))))))....)))))))((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...))))...........(((((((.(......(((((((((.(((.(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..)))))))))))))).)))))....)))).....((......))).)))))))..(((((..((((..(((((..(((((..((((((.....)))))...)..)))))..))))).)))).....)))))))))))))))))))))))))))))..))).))))))))))...(((....((((((((...(((.......)))..))))))))..)))(((((............)).)))..((((((...)))))))))))))).))))))).).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,.(((.((((((((((((,({..{,...,,...}),)),,))))))))).))).,.))))).((..,{{((({{{,......(((((...)))))...((((((((((((..(((((({..,,|||}}||........{(((((,.(((..(((((..(((((((((((...((((((............))))))...)))).))))))).....((((((((.(((((((...(((((((.((.....(((((....)))))..)).))))))))))))))......((((..((((((((.,({.{{.....((((((((((.......)))).)))))).....)}..}}.,))))))))..))))...,{{{,{,{..........,.|||.,}}}},,...))))))))..{((((((((((((((((...,,.(((((((((((....(..(((((..(((...(((((.((.(((.((.((((((((..((((((((..........{(((,...{{,...{{(,{((((((.{.((.((((.(((((((((..((((((((....))))))))..(((((.((({....}))))))))(((.((((.....)))).))).)))))))))..))))..)).}...))))))))))))),...))})..)))))))).....((((((....))))))........................))))))))))))).)))))))))))))))..)......))))))))))).,,)))))).....(((.(((((....{((((((.,(((((((.((((((.((.(({,...,,,..,,....}}}}.,,.)))))}..,.{{,(((((((((({....((((....)))),,{|||,...,((({{,(((({{((,((((.,,..((((((........)))))).}}|{{{{{|,||..((((((((((({..{{{(,(((({((.,{{.{{{,..|))},}}||||,....((((..(((((((.,,,,({{..(((((..(((((((....((((....)))}.||||.....,.((((....))))},,,,|.(((((((.((((((((...))))))))))))))).,...))))))).))))).,,,.,,||((({{{|.((.((({(,,,.....})))).))}.}}.)))}.)))..)))))))..)))).{{,.....}||||.,||||}}}}})))),........{{..{(((((.....,,..(((((..........))))).........)))))}..))..,|....,,}}}},(((..(((((((....}))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))),)))}}))}.......,......,,,..,}}|||,.,{,,.,{,{,..,{{|||,|(((((,{..(((({((((((.....)))))))))),,,{|||||..,||||,,,,,,,}}.,,)),|(((((({((,...}}})))}}||||||...||{.|}},,,,,,,.)))}}}}||,},|{||||||||,...,)))},)))),..,})},|{{{{...(((((.(((....))).)))))))))).{(((....))),((((((((((,....{{{.((.{{.{{((((...((........}}.)))))}..)}}).))){|},,,|,..,}|||{((.,((((((.,,.,,....|||||....,}}||,|,.}}),}}.,)))))).,..{((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))),,,((((((.....))))))..))))}}}}}}},..))))))).,..))))))}((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...))))|,,..,,,...(((((((.(......(((((({((,{{,.(((((....}))))...................(((((((((((..((((.{{{((...,,,.....))...))))..)))))))))))})}.)))),....}}},.....((.....,},).)))))))..{|||{..|{({..(((((..(((((..{(((((.....)))))...}..)))))..))))).)))}.....))}}})))))))}))))))))))})))))..))).))))))))))}}},,|....|{|{{||{,.,|{{,,,,,,,)}),,)})}}}},..{{{(((,,........,...))))))..{(((({...}))))|||||||,,..}}},))))))
Back