Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0006000
Sequence Length
2210 nt
GC Content
0.3819
AUUUUUUUCUCAAGCAUCCUGAUAAAGAUGUUCGCUUACUGGUAGCCUGCUGCCUUGCUGAUAUUUUCAGGAUUUAUGCUCCUGAAGCUCCUUACACAUCCCCUGAUAAACUAAAGGAUAUAUUUAUGUUUAUAACAAGACAGUUGAAGGGGCUAGAGGAUACAAAGAGCCCACAAUUCAAUAGGUAUUUUUAUUUACUUGAGAACAUUGCUUGGGUCAAGUCAUAUAACAUAUGCUUUGAGUUAGAAGAUAGCAAUGAAAUUUUCACCCAGCUAUACAGAACCUUAUUUUCAGUUAUAAACAAUGGCCACAAUCAGAAAGUCCAUAUGCACAUGGUAGACCUUAUGAGCUCUAUUAUUUGUGAAGGUGAUACAGUGUCUCAGGAGCUUUUGGAUACGGUUUUAGUAAAUCUGGUACCUGCUCAUAAGAAUUUAAACAAGCAAGCAUAUGAUUUGGCAAAGGCUUUACUGAAGAGGACAGCUCAAGCUAUUGAGCCAUAUAUUACCAAUUUUUUUAAUCAGGUUCUGAUGCUUGGGAAAACAUCUAUCAGCGAUUUGUCAGAGCAUGUCUUUGACUUAAUUUUGGAGCUCUACAAUAUUGAUAGUCAUUUGCUGCUCUCUGUUUUACCCCAGCUUGAAUUUAAAUUAAAGAGCAAUGAUAAUGAGGAGCGCCUACAAGUUGUUAAACUACUGGCAAAAAUGUUUGGGGCAAAGGAUUCAGAAUUGGCUUCUCAAAACAAGCCACUUUGGCAGUGCUACUUGGGCAGGUUUAAUGAUAUCCAUGUACCAAUCCGCCUGGAAUGUGUGAAAUUUGCUAGCCAUUGUCUCAUGAACCAUCCUGAUUUAGCAAAAGACUUAACAGAGUAUCUUAAAGUGAGGUCACAUGACCCUGAGGAAGCUAUUAGACAUGAUGUUAUUGUGUCAAUAGUUACAGCUGCUAAAAAGGAUAUUCUUCUGGUCAAUGAUCACUUACUUAAUUUUGUGAGAGAGAGAACAUUAGACAAACGAUGGAGAGUACGCAAAGAAGCCAUGAUGGGACUUGCCCAAAUUUAUAAGAAAUAUGCUUUACAGUCAGCAGCUGGAAAAGAUGCUGCAAAACAGAUAGCAUGGAUCAAAGACAAAUUGCUACAUAUAUAUUAUCAAAAUAGUAUUGAUGAUCGACUACUUGUUGAACGGAUCUUUGCUCAAUACAUGGUUCCUCACAAUUUAGAAACUACAGAACGGAUGAAAUGCUUAUAUUACUUGUAUGCCACACUGGAUUUAAAUGCUGUGAAAGCAUUGAAUGAAAUGUGGAAAUGUCAAAAUCUGCUCCGACAUCAAGUAAAGGAUUUGCUUGACUUGAUUAAGCAACCCAAAACAGAUGCCAGUGUCAAGGCCAUAUUUUCAAAAGUGAUGGUUAUUACAAGAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-567.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -611.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 442.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((((((((...(((((((.((.....(((((....)))))..)).)))))))))))))....))))(((..((((((((..((.((.....((((((((((.......)))).)))))).....))..))..))))))))..)))...((((((((.......(((((((..(((..........(((((.(((((((((((((((((((......(((((((((((....(..(((((..(((...(((((.((.(((.((.((((((((..((((((((..........((((....(((((.....(((((((.(.((.((((.(((((((((..((((((((....))))))))..(((((.((((....)))))))))(((.((((.....)))).))).)))))))))..))))..)).)...))))))).)))))....))))..)))))))).....((((((....))))))........................))))))))))))).)))))))))))))))..)......)))))))))))...)))))).....(((.(((((....(((((((..(((((((.((((((.((.((((..............)))).)).)))))).......(((((((((((....((((....))))...)))....((((...((((((((.((((.....((((((........))))))...(((((((.....((((((((((((.((.((.(((((((.(((.......))).))))).))....((((..(((((((.....(((..(((((..(((((((....((((....)))).((((..((...((((....)))))).))))(((((((.((((((((...))))))))))))))).....))))))).))))).))).....(((((((.((.(((.((((......)))).))).)).)))).)))..)))))))..)))).((......)).)).)).))))))))))))........((..((((((.........(((((..........))))).........))))))..))........)))))))(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))).))))))))......................(((((((..........((((((.((((((((..((((((.((((.....))))))))))(((((((((..(((((............)))))((((((((...)))))))).((((((...(((.(........).)))....)))))).)))))))))....)))).))))...)))))).......(((((.(((....))).))))))))))))(((....)))..(((((((((.....(((.((.((.((((((...((........)).))))))..)))).)))(((......)))((((((..((((((.........))))))......(((((....))))).))))))....(((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))((((((((((.....))))))..))))..........)))))))....)))))))((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...))))...........(((((((.(......(((((((((.(((.(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..)))))))))))))).)))))....)))).....((......))).)))))))..(((((..((((..(((((..(((((..((((((.....)))))...)..)))))..))))).)))).....))))))))))))))))))))))))..)).....)))))..........)))..))))))).......)))))..)))...(((((((....((((((..............))))))..((((((...))))))...(((....))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(......|{,..{(((((((((...(((((((.((.....(((((....)))))..)).))))))))))))),...}))|(((..((((((((.,({.{{.....(((((({(((.......)))).)))))).....)}..}}.,))))))))..)))}...,{{({((,,.....,{{,{,{||.,,....{(((((.(((((.(((((.(((((((((.(((({...})))),})))}{{{{,..,,|||}..{{,..|||||.(({(((.((.((((((((..((((((((..........{(((,...{{,...{{(,{((((((.{.((.((((.(((((((((..((((((((....))))))))..(((((.((({....}))))))))(((.((((.....)))).))).)))))))))..))))..)).}...))))))))))))),...))})..)))))))).....((((((....))))))........................))))))))))))),))),,,,{{(((((|...((((((({((((((.((...(((((((((.(((........))).)))),.}))))...)))))))},,{........,,|((((..{(({{....{((((((.((((,.(((((((((((....((((....))))...)))....((((...(((((((((((((.....((((((........)))))).|,(((({((,,,..((((((((((({.,,.,{.(((({((,{({.,,,...}))},))|}|}.....((((..(((((((.,,{,({{..(((((..(((((((....((((....)))}.||||.....,.((((....))))},,,,|.(((((((.((((((((...))))))))))))))).,...))))))).))))).,,,.,.||((({{{|.((.((({(,,,.....})))).))}.}}.}))}.))}..)))))))..)))).{{......}}|}}.}},)))))))))))}........{{..{(((((.....,,..(((((..........))))).........))))))..))..,}....}}})}},(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))).))))))))...................,,,{{{{{{{...,,.,{{.((((((.((((((((..{(((,((((((.....)))))))))}(((((((((..,((((............))))|((((((({...,)))))))}((((((...(((.{........).)))....)))))).))))))))},...)))).))))...)))))).}}}...(((((.(((....))).)))))})))),|(({....))).((((((((((,....{((.((.{{.{{((((...((........}}.)))))}..)}}).))){|},,,|,..,}|||{((.,((((((.,,.,,....|||||....,}}||,|,.}}),}}.,)))))).,..{((((((((.((((((......))))))...)))))))))))))))))))....,{{{{.....}))))))).))))))),))))})))))),})))))).})})))),..((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))..{{{..(((({(((...(((((((.(......(((((({((,{{,.(((((....}))))...................(((((((((((..((((.{{{((...,,,.....))...))))..)))))))))))})}.)))),....}}},.....((.....,},).)))))))...)))..))))).)))})))).))))).))))).)))))}((((.((((.((((...(({.,,,{,(.((((.....))))})),,)))...)))).))))....)))).....,{,...})}....{{((((({...{((.......)))..)))))))}..((((((.....,........))))))..|{{{{{..,}))))|||(({{....))},)))}))
Back