Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0008800

Sequence Length

433 nt

GC Content

0.3834

AAUUUAAACAAGCAAGCAUAUGAUUUGGCAAAGGCUUUACUGAAGAGGACAGCUCAAGCUAUUGAGCCAUAUAUUACCAAUUUUUUUAAUCAGGUUCUGAUGCUUGGGAAAACAUCUAUCAGCGAUUUGUCAGAGCAUGUCUUUGACUUAAUUUUGGAGCUCUACAAUAUUGAUAGUCAUUUGCUGCUCUCUGUUUUACCCCAGCUUGAAUUUAAAUUAAAGAGCAAUGAUAAUGAGGAGCGCCUACAAGUUGUUAAACUACUGGCAAAAAUGUUUGGGGCAAAGGAUUCAGAAUUGGCUUCUCAAAACAAGCCACUUUGGCAGUGCUACUUGGGCAGGUUUAAUGAUAUCCAUGUACCAAUCCGCCUGGAAUGUGUGAAAUUUGCUAGCCAUUGUCUCAUGAACCAUCCUGAUUUAGCAAAAGACUUAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-93.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -101.63

Frequency: 0.0000

Diversity: 96.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.....(((((((.(((((.(((((((((....((.(((((((......(((((((....(((((........................)))))....)))))))......))).)))).))))))))))).))))).)))).)))))))(((..................((((.(((((((((((.((.((((..............)))).)).)))))......(((.((((((.((.(((..((((((......))))))...)))..)).))...((.((((((..((((((........))))))....(((((((((.....(((((((((....(((((((.((........)).))).))))...))))))))))).))))))))).)))))).)))).))).)))))).))))...)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({((,,...(((((((.(((((.(((((((((..,.,..(((((((......(((((((..,.(((((....................,,..)))))....)))))))......))).)))).,,))))))))).))))).)))).)))}}}){((....,,........,,..((((.(((((((((((.{(,(({,...,,,,,{.....,},}.,,.}))))......|{{.{{||||,((,{{{,,(({{{{......})))}}...}}}.,))}))...((,(((({{..((((((........))))))....(((((((((,....{((((((((.,,.{({((((.((........)).)))),))).,.))))))))))),}))))))}}.}))},,.)))).},,.)))))).))))...}))