Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PDS5B_0008900
Sequence Length
1988 nt
GC Content
0.3833
AAUUUAAACAAGCAAGCAUAUGAUUUGGCAAAGGCUUUACUGAAGAGGACAGCUCAAGCUAUUGAGCCAUAUAUUACCAAUUUUUUUAAUCAGGUUCUGAUGCUUGGGAAAACAUCUAUCAGCGAUUUGUCAGAGCAUGUCUUUGACUUAAUUUUGGAGCUCUACAAUAUUGAUAGUCAUUUGCUGCUCUCUGUUUUACCCCAGCUUGAAUUUAAAUUAAAGAGCAAUGAUAAUGAGGAGCGCCUACAAGUUGUUAAACUACUGGCAAAAAUGUUUGGGGCAAAGGAUUCAGAAUUGGCUUCUCAAAACAAGCCACUUUGGCAGUGCUACUUGGGCAGGUUUAAUGAUAUCCAUGUACCAAUCCGCCUGGAAUGUGUGAAAUUUGCUAGCCAUUGUCUCAUGAACCAUCCUGAUUUAGCAAAAGACUUAACAGAGUAUCUUAAAGUGAGGUCACAUGACCCUGAGGAAGCUAUUAGACAUGAUGUUAUUGUGUCAAUAGUUACAGCUGCUAAAAAGGAUAUUCUUCUGGUCAAUGAUCACUUACUUAAUUUUGUGAGAGAGAGAACAUUAGACAAACGAUGGAGAGUACGCAAAGAAGCCAUGAUGGGACUUGCCCAAAUUUAUAAGAAAUAUGCUUUACAGUCAGCAGCUGGAAAAGAUGCUGCAAAACAGAUAGCAUGGAUCAAAGACAAAUUGCUACAUAUAUAUUAUCAAAAUAGUAUUGAUGAUCGACUACUUGUUGAACGGAUCUUUGCUCAAUACAUGGUUCCUCACAAUUUAGAAACUACAGAACGGAUGAAAUGCUUAUAUUACUUGUAUGCCACACUGGAUUUAAAUGCUGUGAAAGCAUUGAAUGAAAUGUGGAAAUGUCAAAAUCUGCUCCGACAUCAAGUAAAGGAUUUGCUUGACUUGAUUAAGCAACCCAAAACAGAUGCCAGUGUCAAGGCCAUAUUUUCAAAAGUGAUGGUUAUUACAAGAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAGGUACUCUCAUUUACACAUCCCAUCUCAUUUCAUUCUGCUGAAACAUUUGAAUCAUUACUGGCUUGUCUGAAAAUGGAUGAUGAAAAAGUAGCAGAAGCUGCACUACAAAUUUUCAAAAACACAGGAAGCAAAAUUGAAGAGGAUUUUCCACACAUCAGAUCAGCCUUGCUUCCUGUUUUACAUCACAAAUCUAAAAAAGGACCCCCCCGUCAAGCCAAAUAUGCCAUUCAUUGUAUCCAUGCGAUAUUUUCUAGUAAAGAGACCCAGUUUGCACAGAUAUUUGAGCCUCUGCAUAAGAGCCUAGAUCCAAGCAACCUGGAACAUCUCAUAACACCAUUGGUUACUAUUGGUCAUAUUGCUCUCCUUGCACCUGAUCAAUUUGCUGCUCCUUUGAAAUCUUUGGUAGCUACUUUCAUUGUGAAAGAUCUUCUCAUGAAUGAUCGGCUUCCAGGGAAAAAGACAACUAAACUUUGGGUUCCAGAUGAAGAAGUAUCUCCUGAGACAAUGGUCAAAAUUCAGGCUAUUAAAAUGAUGGUUCGAUGGCUACUUGGAAUGAAAAAUAAUCACAGUAAAUCAGGAACUUCUACCUUAAGAUUGCUAACAACAAUAUUGCAUAGUGAUGGAGACUUGACAGAACAGGGGAAAAUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-499.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -540.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 389.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.((((((.((...((((((((((....)))...(((((((......(((((((....(((((........................)))))....)))))))......))).)))).(((((((.((((((.((...(((((((((.(((........))).))))..)))))...)))))))).............(((((..(((((....(((((((.(((((.(((((((((((....((((....))))...)))....((((...((((((((.((((.....((((((........))))))...(((((((.....((((((((((((.((.((.(((((((.(((.......))).))))).))....((((..(((((((.....(((..(((((..(((((((....((((....)))).((((..((...((((....)))))).))))(((((((.((((((((...))))))))))))))).....))))))).))))).))).....(((((((.((.(((.((((......)))).))).)).)))).)))..)))))))..)))).((......)).)).)).))))))))))))........((..((((((.........(((((..........))))).........))))))..))........)))))))(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))).))))))))...................((((((((((..........((((((.((((((((..((((((.((((.....))))))))))(((((((((..(((((............)))))((((((((...)))))))).((((((...(((.(........).)))....)))))).)))))))))....)))).))))...)))))).......(((((.(((....))).))))))))))))(((....))).((((((((((.....(((.((.((.((((((...((........)).))))))..)))).)))(((......)))((((((..((((((.........))))))......(((((....))))).))))))....(((((((((.((((((......))))))...)))))))))))))))))))..........)))....))))).))))))).))))))))))..)))))))...(((((...(((((((((((((.((((.((((((......(((....(((....((((((........))))))..)))....))).....)))))))))))))..))).)))))))...))))))))))))..)).)))))).))))..((((((.((((...(((((....)))))...................(((((((((((..((((.(((((...))).....))...))))..))))))))))))))))))).))..(((......))).(((((.((((((.........((((.((((......((((((((((...((((((.((((.((((.((((...(((.....((.((((.....)))).))..)))...)))).))))....)))).......((..((.....((((((((...(((.......)))..))))))))........))..))...(((((((.((((..(((((...)))))(((((((....))).)))))))).)))))))..............(((.((((.........((((((...((((((..(((((((((....((.((((((((...)))))))).)))))))).))).......................)))))))))))))))).))).)))))).....))))))))))))))))))...)))))).)....))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(({.((((((.((...((((((((((....})}...(((((((......(((((((..,.(((((....................,,..)))))..,.)))))))......))).)))).{{{{{((|((((((.((...(((((((((.(((........))).)))),.}))))...)))))))),{{........,,{((((..{((({....(((((((.((((,.(((((((((((....((((....))))...)))....((((...(((((((((((((.....((((((........)))))).,,(((({((,,,..((((((((((({.,,.,{.(((({((,{({.,,,...}))},))})|}.....((((..(((((((.,,{,({{..(((((..(((((((....((((....)))}.||||.....,.((((....))))},,,,|.(((((((.((((((((...))))))))))))))).,...))))))).))))).,,,.,.||((({{{|.((.((({(,,,.....})))).))}.}}.}))}.))}..)))))))..)))).{{......}},}}.}),)))))))))))}........({..((((((.....,,..(((((..........))))).........))))))..))..,}....}})))},(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))).))))))))...................,,,{{{{{{{...,,.,{{.((((((.((((((((..{(((,((((((.....)))))))))}(((((((((..,((((............))))|((((((({...}))))))),((((((...(((.{........).)))....)))))).))))))))),...)))).))))...)))))).}}}...(((((.(((....))).)))))}))))}|(({....))).((((((((((,....{{{.((.{{.{{((((...((........}}.)))))}..)}}).))){|},,,|,..,}|||{((.,((((((.,,.,,....|||||....,}}||,|,.}}),}}.,)))))).,..{((((((((.((((((......))))))...)))))))))))))))))))....,,{{{.....}))))))).))))))),))))})))))},}))}}))...(((((...((((((((((((,{((((.((((((...,,.(((....(((....((((((........))))))..)))....))).,...)))))))))))))..))),}))))))...))))))))))))..}}.)))))).))},..{{((((,(({({,.(((((,,..}))))..,.....,,,,,......(((((((((((..((((.{{{((...,,,.....))...))))..))))))))))),}}.)))),,...|{{,.....}},,((({{.((((((.,.......(((,{(((({.....,(((((((((.,.((((({.{{{,.((((.((((...(((.,,,{,(.((((.....))))})),,)))...)))).))))..{{|||,..,{{.{((..(({,...((((((((...(((.......)))..))))))))..,.,,...,,,{....(((((((.((((..,{(((,,,|||},{,,,|||.,},))),)),,)))).)))))))..,,}.....,.,.||,}||}},..})}}}.((((((...((((((.,(,,{{(({{....((.((((((({...}))))))).)))))))|,|||..,{........,),.,}},...))))))))))))..,,.....))))))...,.)))))))))))))))))).,.)))))).}....)))).....,..
Back