Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PDS5B_0010500

Sequence Length

1257 nt

GC Content

0.3842

UUUUUUAAUCAGGUUCUGAUGCUUGGGAAAACAUCUAUCAGCGAUUUGUCAGAGCAUGUCUUUGACUUAAUUUUGGAGCUCUACAAUAUUGAUAGUCAUUUGCUGCUCUCUGUUUUACCCCAGCUUGAAUUUAAAUUAAAGAGCAAUGAUAAUGAGGAGCGCCUACAAGUUGUUAAACUACUGGCAAAAAUGUUUGGGGCAAAGGAUUCAGAAUUGGCUUCUCAAAACAAGCCACUUUGGCAGUGCUACUUGGGCAGGUUUAAUGAUAUCCAUGUACCAAUCCGCCUGGAAUGUGUGAAAUUUGCUAGCCAUUGUCUCAUGAACCAUCCUGAUUUAGCAAAAGACUUAACAGAGUAUCUUAAAGUGAGGUCACAUGACCCUGAGGAAGCUAUUAGACAUGAUGUUAUUGUGUCAAUAGUUACAGCUGCUAAAAAGGAUAUUCUUCUGGUCAAUGAUCACUUACUUAAUUUUGUGAGAGAGAGAACAUUAGACAAACGAUGGAGAGUACGCAAAGAAGCCAUGAUGGGACUUGCCCAAAUUUAUAAGAAAUAUGCUUUACAGUCAGCAGCUGGAAAAGAUGCUGCAAAACAGAUAGCAUGGAUCAAAGACAAAUUGCUACAUAUAUAUUAUCAAAAUAGUAUUGAUGAUCGACUACUUGUUGAACGGAUCUUUGCUCAAUACAUGGUUCCUCACAAUUUAGAAACUACAGAACGGAUGAAAUGCUUAUAUUACUUGUAUGCCACACUGGAUUUAAAUGCUGUGAAAGCAUUGAAUGAAAUGUGGAAAUGUCAAAAUCUGCUCCGACAUCAAGUAAAGGAUUUGCUUGACUUGAUUAAGCAACCCAAAACAGAUGCCAGUGUCAAGGCCAUAUUUUCAAAAGUGAUGGUUAUUACAAGAAAUUUACCUGAUCCUGGUAAGGCUCAGGAUUUCAUGAAGAAAUUCACACAGGUGUUAGAAGAUGAUGAGAAAAUAAGAAAGCAGUUAGAAGUACUUGUUAGUCCAACAUGCUCCUGCAAGCAGGCUGAAGGUUGUGUGCGUGAAAUAACUAAGAAGUUGGGCAACCCCAAACAGCCUACAAAUCCUUUCCUGGAAAUGAUCAAGUUUCUCUUGGAGAGGAUAGCACCUGUGCACAUAGAUACCGAAUCUAUCAGUGCUCUUAUUAAACAAGUGAACAAAUCAAUAGAUGGAACAGCAGAUGAUGAAGAUGAGGGUGUUCCAACUGAUCAAGCCAUCAGAGCAGGUCUUGAACUGCUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-331.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -355.47

Frequency: 0.0000

Diversity: 203.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....(((..((((((((((((((((.....)))(((((......(((((((.....)))))))......(((((((.((....((((....(((((((((((.((((((((........(((((..(((((....(((((((.(((((.(((((((((((....((((....))))...)))....((((...((((((((.((((.....((((((........))))))...(((((((.....((((((((((((.((.((.(((((((.(((.......))).))))).))....((((..(((((((.....(((..(((((..(((((((....((((....)))).((((..((...((((....)))))).))))(((((((.((((((((...))))))))))))))).....))))))).))))).))).....(((((((.((.(((.((((......)))).))).)).)))).)))..)))))))..)))).((......)).)).)).))))))))))))........((..((((((.........(((((..........))))).........))))))..))........)))))))(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))).))))))))...................((((((((((..........((((((.((((((((..((((((.((((.....))))))))))(((((((((..(((((............)))))((((((((...)))))))).((((((...(((.(........).)))....)))))).)))))))))....)))).))))...)))))).......(((((.(((....))).))))))))))))(((....))).((((((((((.....(((.((.((.((((((...((........)).))))))..)))).)))(((......)))((((((..((((((.........))))))......(((((....))))).))))))....(((((((((.((((((......))))))...)))))))))))))))))))..........)))....))))).))))))).)))))))))).........))))))..)).)))))))))))...))))..)).)))))))))))))))).))))))))).)))...)))((.....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((....(((..((((((((((((((,,.....,,,{((((.,{{,.(((((((.....)))))))..},,,(((((((.((....((((....(((((((((((.((((((((........(((((..(((((....(((((((.(((({.(((((((((((....((((....))))...)))....((((...(((((((((((((.....((((((........)))))).,,(((({((,,,..((((((((((({.,,.,{.(((({((,{({.,,,...}))},))})|}.....((((..(((((((.,,{,({{..(((((..(((((((....((((....)))}.||||.....,.((((....))))},,,,|.(((((((.((((((((...))))))))))))))).,...))))))).))))).,,,.,.||((({{{|.((.((({(,,,.....})))).))}.}}.}))}.))}..)))))))..)))).{{......}},}}.}),)))))))))))}........({..((((((.....,,..(((((..........))))).........))))))..))..,}....}})))},(((..(((((((....)))))))..))).(((((.....)))))..))))))))))))...)))).))))))))....................,,{((({{{....,.,{{.((((((.((((((((..{(((,((((((.....)))))))))}(((((((((..,((((............))))|((((((({...}))))))),((((((...(((.{........).)))....)))))).))))))))),...)))).))))...)))))).}}}...(((((.(((....))).)))))}})))}|(({....))).((((((((((,....{{{.((.{{.{{((((...((........}}.)))))}..)}}).))){|},,,|,..,}|||{((.,((((((.,,.,,....|||||....,}}||,|,.}}),}}.,)))))).,..{((((((((.((((((......))))))...))))))))))))))))))).....,{{{.....}))))))).))))))),)))))))))).........)))))).})).)))))))))))...))))..)).))))))))))))))))},)))))))).)))...)))((.....))